Locus 5720

Sequence ID	3L_DroMel_CAF1
Location	15,598,698 – 15,598,898
Length	200
Max. P	0.998060

overview

Window 4

Location	15,598,698 – 15,598,818
Length	120
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	90.10
Mean single sequence MFE	-31.68
Consensus MFE	-23.74
Energy contribution	-24.42
Covariance contribution	0.68
Combinations/Pair	1.17
Mean z-score	-1.86
Structure conservation index	0.75
SVM decision value	0.43
SVM RNA-class probability	0.735320
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 15598698 120 - 23771897
AAAAUGAGAUGGGUGUGUGCUUCAAGACUCGGAAAAGCCUCUGAUUGAGGGUUAGGUUACGCCUAUCUAGUUGUCAGUUGAUCGAAUUUAAAUAAAUCAAAUAGGCAUUAUUAUUGAUUG
......(((((((((((..((((((...(((((......))))))))))).......)))))))))))...((((..(((((.............)))))...))))............. ( -26.52)
>DroSec_CAF1 21928 116 - 1
AAAAUGAGAUGGGUGUGUGCUU-AAGACUCGGAAAAGCCUCUGAUUGUGGGUUACGUUACGCCCAUCUAGUUGUCAGUUGAUCGAAUUUGAAUAAAUCAAAUAGGCAUU---AUUGAUUG
..(((.(((((((((((.((((-(....(((((......)))))...))))).....))))))))))).)))((((((((.((..((((((.....)))))).))))..---)))))).. ( -31.50)
>DroSim_CAF1 21663 117 - 1
AAAAUGAGAUGGGUGUGUGCUUCAAGACUCGGAAAAGCCUCUGAUUGAGGCUUAAGUUACGCCUAUCUAGUUGUCAGUUGAUCGAAUUUGAAUAAAUCAAAUAGGCAUU---AUUGAUUG
..(((.(((((((((((.((((............(((((((.....)))))))))))))))))))))).)))((((((((.((..((((((.....)))))).))))..---)))))).. ( -33.40)
>DroEre_CAF1 21882 115 - 1
AAAGUGAGAUGGGU--GUGCUUUAAGACUCGGAAAACCCUCUGAUUGAGGGUUAAGUUACGCCUAUCUAGUUGUCAGUGGAUCGAAUAUGAUUAAAUCGAAUGGGCAUU---ACUGACUG
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>DroYak_CAF1 23316 117 - 1
AAAAUGAGAUGGGUGUGUGCUUCAAGACUCGGAAAAGCCUCUGAUUGAGGGUUGAGUUACGCCUAUCUAGUUGUCAGUGGGUCGAAUAUGAUUAUGGCGAAUAGGCAUU---AAUGAUUG
..(((((((((((((((.(((.(((..(((((...((...))..)))))..)))))))))))))))))..((((((...((((......)))).)))))).....))))---........ ( -32.10)
>consensus
AAAAUGAGAUGGGUGUGUGCUUCAAGACUCGGAAAAGCCUCUGAUUGAGGGUUAAGUUACGCCUAUCUAGUUGUCAGUUGAUCGAAUUUGAAUAAAUCAAAUAGGCAUU___AUUGAUUG
..(((.(((((((((((..((((((...(((((......))))))))))).......))))))))))).)))((((((.((((..((((((.....))))))..).)))...)))))).. (-23.74 = -24.42 +   0.68)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 5

Location	15,598,738 – 15,598,858
Length	120
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	95.67
Mean single sequence MFE	-28.36
Consensus MFE	-21.66
Energy contribution	-22.42
Covariance contribution	0.76
Combinations/Pair	1.07
Mean z-score	-2.48
Structure conservation index	0.76
SVM decision value	0.69
SVM RNA-class probability	0.822343
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 15598738 120 + 23771897
CAACUGACAACUAGAUAGGCGUAACCUAACCCUCAAUCAGAGGCUUUUCCGAGUCUUGAAGCACACACCCAUCUCAUUUUAUGGCAGACGACUGUUCUAUAUUUAGAACAGCUUCAAUAA
.....(((.......((((.....))))..((((.....)))).........)))(((((((......((((........))))........(((((((....))))))))))))))... ( -28.10)
>DroSec_CAF1 21965 119 + 1
CAACUGACAACUAGAUGGGCGUAACGUAACCCACAAUCAGAGGCUUUUCCGAGUCUU-AAGCACACACCCAUCUCAUUUUAUGGCAGACGACUGUUCUAUAUUUAGAACAGCUUCAAUAA
...(((.((...(((((((.((...((.....)).....(((((((....)))))))-......)).))))))).......)).)))..(.((((((((....)))))))))........ ( -28.80)
>DroSim_CAF1 21700 120 + 1
CAACUGACAACUAGAUAGGCGUAACUUAAGCCUCAAUCAGAGGCUUUUCCGAGUCUUGAAGCACACACCCAUCUCAUUUUAUGGCAGACGACUGUUCUAUAUUUAGAACAGCUUCAAUAA
.................(((.......(((((((.....)))))))......)))(((((((......((((........))))........(((((((....))))))))))))))... ( -31.12)
>DroEre_CAF1 21919 118 + 1
CCACUGACAACUAGAUAGGCGUAACUUAACCCUCAAUCAGAGGGUUUUCCGAGUCUUAAAGCAC--ACCCAUCUCACUUUAUGGCAGACGACUGUUCUAUAUUUAGAACAGCUUCAAUAA
(((.(((.....((((.((.((.....(((((((.....)))))))......((......))))--.)).))))....))))))..((.(.((((((((....))))))))).))..... ( -27.90)
>DroYak_CAF1 23353 120 + 1
CCACUGACAACUAGAUAGGCGUAACUCAACCCUCAAUCAGAGGCUUUUCCGAGUCUUGAAGCACACACCCAUCUCAUUUUAUGGCAGACGACUGUUCUAUAUUUAGAACAGCUUCAAUAA
.............((((((.((......)))))..))).(((((((....)))))))(((((......((((........))))........(((((((....))))))))))))..... ( -25.90)
>consensus
CAACUGACAACUAGAUAGGCGUAACUUAACCCUCAAUCAGAGGCUUUUCCGAGUCUUGAAGCACACACCCAUCUCAUUUUAUGGCAGACGACUGUUCUAUAUUUAGAACAGCUUCAAUAA
.....(((.......((((.....))))..((((.....)))).........)))(((((((......((((........))))........(((((((....))))))))))))))... (-21.66 = -22.42 +   0.76)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 6

Location	15,598,738 – 15,598,858
Length	120
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	95.67
Mean single sequence MFE	-37.94
Consensus MFE	-32.36
Energy contribution	-32.72
Covariance contribution	0.36
Combinations/Pair	1.08
Mean z-score	-2.73
Structure conservation index	0.85
SVM decision value	3.00
SVM RNA-class probability	0.998060
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 15598738 120 - 23771897
UUAUUGAAGCUGUUCUAAAUAUAGAACAGUCGUCUGCCAUAAAAUGAGAUGGGUGUGUGCUUCAAGACUCGGAAAAGCCUCUGAUUGAGGGUUAGGUUACGCCUAUCUAGUUGUCAGUUG
..(((((.(((((((((....)))))))))............(((.(((((((((((..((((((...(((((......))))))))))).......))))))))))).))).))))).. ( -35.00)
>DroSec_CAF1 21965 119 - 1
UUAUUGAAGCUGUUCUAAAUAUAGAACAGUCGUCUGCCAUAAAAUGAGAUGGGUGUGUGCUU-AAGACUCGGAAAAGCCUCUGAUUGUGGGUUACGUUACGCCCAUCUAGUUGUCAGUUG
..(((((.(((((((((....)))))))))............(((.(((((((((((.((((-(....(((((......)))))...))))).....))))))))))).))).))))).. ( -37.40)
>DroSim_CAF1 21700 120 - 1
UUAUUGAAGCUGUUCUAAAUAUAGAACAGUCGUCUGCCAUAAAAUGAGAUGGGUGUGUGCUUCAAGACUCGGAAAAGCCUCUGAUUGAGGCUUAAGUUACGCCUAUCUAGUUGUCAGUUG
..(((((.(((((((((....)))))))))............(((.(((((((((((.((((............(((((((.....)))))))))))))))))))))).))).))))).. ( -39.30)
>DroEre_CAF1 21919 118 - 1
UUAUUGAAGCUGUUCUAAAUAUAGAACAGUCGUCUGCCAUAAAGUGAGAUGGGU--GUGCUUUAAGACUCGGAAAACCCUCUGAUUGAGGGUUAAGUUACGCCUAUCUAGUUGUCAGUGG
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>DroYak_CAF1 23353 120 - 1
UUAUUGAAGCUGUUCUAAAUAUAGAACAGUCGUCUGCCAUAAAAUGAGAUGGGUGUGUGCUUCAAGACUCGGAAAAGCCUCUGAUUGAGGGUUGAGUUACGCCUAUCUAGUUGUCAGUGG
.((((((.(((((((((....)))))))))............(((.(((((((((((.(((.(((..(((((...((...))..)))))..))))))))))))))))).))).)))))). ( -38.00)
>consensus
UUAUUGAAGCUGUUCUAAAUAUAGAACAGUCGUCUGCCAUAAAAUGAGAUGGGUGUGUGCUUCAAGACUCGGAAAAGCCUCUGAUUGAGGGUUAAGUUACGCCUAUCUAGUUGUCAGUUG
..(((((.(((((((((....)))))))))............(((.(((((((((((..((((((...(((((......))))))))))).......))))))))))).))).))))).. (-32.36 = -32.72 +   0.36)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 7

Location	15,598,778 – 15,598,898
Length	120
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	97.75
Mean single sequence MFE	-24.94
Consensus MFE	-23.04
Energy contribution	-23.64
Covariance contribution	0.60
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-1.54
Structure conservation index	0.92
SVM decision value	1.14
SVM RNA-class probability	0.921245
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 15598778 120 + 23771897
AGGCUUUUCCGAGUCUUGAAGCACACACCCAUCUCAUUUUAUGGCAGACGACUGUUCUAUAUUUAGAACAGCUUCAAUAACAGUCAAUUAGGCCGCUUGUUUUCAGCAUCUAUAAACAUU
.(((((....((.(.(((((((......((((........))))........(((((((....))))))))))))))....).))....)))))(((.......)))............. ( -26.40)
>DroSec_CAF1 22005 119 + 1
AGGCUUUUCCGAGUCUU-AAGCACACACCCAUCUCAUUUUAUGGCAGACGACUGUUCUAUAUUUAGAACAGCUUCAAUAACAGUCAAUUAGGCCGCUUGUUUUCAGCAUCUAUAAACAUU
.(((((....((.(.((-(.........((((........))))..((.(.((((((((....))))))))).))..))).).))....)))))(((.......)))............. ( -23.00)
>DroSim_CAF1 21740 120 + 1
AGGCUUUUCCGAGUCUUGAAGCACACACCCAUCUCAUUUUAUGGCAGACGACUGUUCUAUAUUUAGAACAGCUUCAAUAACAGUCAAUUAGGCCGCUUGUUUUCAGCAUCUAUAAACAUU
.(((((....((.(.(((((((......((((........))))........(((((((....))))))))))))))....).))....)))))(((.......)))............. ( -26.40)
>DroEre_CAF1 21959 118 + 1
AGGGUUUUCCGAGUCUUAAAGCAC--ACCCAUCUCACUUUAUGGCAGACGACUGUUCUAUAUUUAGAACAGCUUCAAUAACAGUCAAUUAGGCCGCUUGUUUUUAGCAUCUAUAAACAUU
..(((((...(((((.(((((...--..........))))).))).((.(.((((((((....))))))))).))........))....)))))...(((((.(((...))).))))).. ( -22.52)
>DroYak_CAF1 23393 120 + 1
AGGCUUUUCCGAGUCUUGAAGCACACACCCAUCUCAUUUUAUGGCAGACGACUGUUCUAUAUUUAGAACAGCUUCAAUAACAGUCAAUUAGGCCGCUUGUUUUCAGCAUCUAUAAACAUU
.(((((....((.(.(((((((......((((........))))........(((((((....))))))))))))))....).))....)))))(((.......)))............. ( -26.40)
>consensus
AGGCUUUUCCGAGUCUUGAAGCACACACCCAUCUCAUUUUAUGGCAGACGACUGUUCUAUAUUUAGAACAGCUUCAAUAACAGUCAAUUAGGCCGCUUGUUUUCAGCAUCUAUAAACAUU
.(((((....((.(.(((((((......((((........))))........(((((((....))))))))))))))....).))....)))))(((.......)))............. (-23.04 = -23.64 +   0.60)

alignment

secondary structure

dotplot

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