Locus 5708

Sequence ID	3L_DroMel_CAF1
Location	15,592,483 – 15,592,797
Length	314
Max. P	0.998640

overview

Window 7

Location	15,592,483 – 15,592,603
Length	120
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	99.67
Mean single sequence MFE	-26.67
Consensus MFE	-26.59
Energy contribution	-26.43
Covariance contribution	-0.16
Combinations/Pair	1.03
Mean z-score	-1.44
Structure conservation index	1.00
SVM decision value	0.76
SVM RNA-class probability	0.843600
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 15592483 120 - 23771897
CAUAAUUGGGCAGCAUAUUUCAAUAAUUGAAGCGCGCUAUAUUUUUAAUUAGUUAAAUGCGCGUUUAAUUAGCUUUAUAAAUUAUGCACAUUCAGCGGUUAGUUGCAGUCCAUCUCGCUC
......(((((.(((((......((((((((.(((((......(((((....))))).)))))))))))))...........))))).....((((.....))))..)))))........ ( -26.33)
>DroSec_CAF1 15880 120 - 1
CAUAAUUGGGCAGCAUAUUUCAAUAAUUGAAGCGCGCUAUAUUUUUAAUUAGUUAAAUGCGCGUUUAAUUAGCUUUAUAAAUUAUGCACAUUCAGCGGUUAGUUGCAGUCCAUCUCGCUC
......(((((.(((((......((((((((.(((((......(((((....))))).)))))))))))))...........))))).....((((.....))))..)))))........ ( -26.33)
>DroSim_CAF1 15829 120 - 1
CAUAAUUGGGCAGCAUAUUUCAAUAAUUGAAGCGCGCUAUAUUUUUAAUUAGUUAAAUGCGCGUUUAAUUAGCUUUAUAAAUUAUGCACAUUCAGCGGUUAGUUGCAGUCCAUCUCGCUC
......(((((.(((((......((((((((.(((((......(((((....))))).)))))))))))))...........))))).....((((.....))))..)))))........ ( -26.33)
>DroEre_CAF1 15891 120 - 1
CAUAAUUGGGCAGCAUAUUUCAAUAAUUGAAGCGCGCUAUAUUUUUAAUUAGUUAAAUGCGCGUUUAAUUAGCUUUAUAAAUUAUGCACAUUCAGCGGUUAGUUGCAGUCCAUCUCGCUC
......(((((.(((((......((((((((.(((((......(((((....))))).)))))))))))))...........))))).....((((.....))))..)))))........ ( -26.33)
>DroYak_CAF1 17095 120 - 1
CAUAAUUGGGCAGCAUAUUUCAAUAAUUGAAGCGCGCUAUAUUUUUAAUUAGUUAAAUGCGCGUUUAAUUAGCUUUAUAAAUUAUGCACAUUCAGCGGUUAGUCGCAGUCCAUCUCGCUC
......(((((.(((((......((((((((.(((((......(((((....))))).)))))))))))))...........))))).......((((....)))).)))))........ ( -28.03)
>consensus
CAUAAUUGGGCAGCAUAUUUCAAUAAUUGAAGCGCGCUAUAUUUUUAAUUAGUUAAAUGCGCGUUUAAUUAGCUUUAUAAAUUAUGCACAUUCAGCGGUUAGUUGCAGUCCAUCUCGCUC
......(((((.(((((......((((((((.(((((......(((((....))))).)))))))))))))...........))))).......((((....)))).)))))........ (-26.59 = -26.43 +  -0.16)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 8

Location	15,592,603 – 15,592,717
Length	114
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	91.44
Mean single sequence MFE	-35.30
Consensus MFE	-28.82
Energy contribution	-28.42
Covariance contribution	-0.40
Combinations/Pair	1.19
Mean z-score	-1.61
Structure conservation index	0.82
SVM decision value	0.67
SVM RNA-class probability	0.816932
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 15592603 114 - 23771897
GUAUACGCCACGUUGAGCAUUCGAUUCGGCGUAAUUCGGCUAGGGAAUCGAAUCUGUUCAUGU--AU----GUGUGUGUGCACUGCAUAUAUUUUAAUUGCAAAUUUCCUCCGACUGCAU
(((((((((..((((......))))..))))))..((((..(((((((.(((....)))((((--((----(((((....))).))))))))...........))))))))))).))).. ( -32.10)
>DroSec_CAF1 16000 118 - 1
GUAUACGCCACGUUGAGCAUUCGAUUCGGCGUAAUUCGGCUAGGGAAUCGAAUCUGUGCAUAU--AUGUAGGUGUGUGUGCACUGCAUGUAUUUUAAUUGCAAAUUUCCUCGGACUGCAU
...((((((..((((......))))..))))))...((((..(((((........((((((((--((......))))))))))((((...........))))...)))))..).)))... ( -35.70)
>DroSim_CAF1 15949 118 - 1
GUAUACGCCACGUUGAGCAUUCGAUUCGGCGUAAUUCGGCUAGGGAAUCGAAUCUGUGCAUAU--AUGUAGGUGUGUGUGCACUGCAUGUAUUUUAAUUGCAAAUUUCCUCCGACUGCAU
(((((((((..((((......))))..))))))..((((..(((((((.......((((((((--((......))))))))))((((...........)))).))))))))))).))).. ( -37.90)
>DroEre_CAF1 16011 118 - 1
GUAUGCGCCACGUUGAGCAUUCGAUUCGGCGUAAUUCGGCUAGGGAAUCGAACCUGUGUAUGUAGGUGUAG--GUGUGUGCACUGCAUAUAUUUUAAUUGCGAAUUUCCUCCGACUGCAU
(((((((((..((((......))))..))))))..((((..(((((((((.....((((((((((.((((.--.....))))))))))))))........)).))))))))))).))).. ( -38.12)
>DroYak_CAF1 17215 118 - 1
GUAUACGCCACGUUGAGCAUUCGAUUCGGCGUAAUUCGGCUGGGGAAACGAAUCUGUGUACUCGUAUGUAG--GUGUGUGCACUGCAUAUAUUUUAAUUGCAAAUUUCCUCCGACUGCAU
(((((((((..((((......))))..))))))..((((..(((((((((.(((((..((....))..)))--)).)))....((((...........))))..)))))))))).))).. ( -32.70)
>consensus
GUAUACGCCACGUUGAGCAUUCGAUUCGGCGUAAUUCGGCUAGGGAAUCGAAUCUGUGCAUAU__AUGUAGGUGUGUGUGCACUGCAUAUAUUUUAAUUGCAAAUUUCCUCCGACUGCAU
(((((((((..((((......))))..))))))..((((..(((((((.......((((((((............))))))))((((...........)))).))))))))))).))).. (-28.82 = -28.42 +  -0.40)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 9

Location	15,592,643 – 15,592,757
Length	114
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	91.95
Mean single sequence MFE	-28.66
Consensus MFE	-25.40
Energy contribution	-25.48
Covariance contribution	0.08
Combinations/Pair	1.07
Mean z-score	-2.28
Structure conservation index	0.89
SVM decision value	3.17
SVM RNA-class probability	0.998640
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 15592643 114 + 23771897
CACACACAC----AU--ACAUGAACAGAUUCGAUUCCCUAGCCGAAUUACGCCGAAUCGAAUGCUCAACGUGGCGUAUACGUAACGCUAAUCAAAGUGUAUAUUACGUAUACGACAGUUU
.........----..--.((((...(((((((((((....((........)).))))))))).))...)))).(((((((((((((((......)))))....))))))))))....... ( -30.10)
>DroSec_CAF1 16040 118 + 1
CACACACACCUACAU--AUAUGCACAGAUUCGAUUCCCUAGCCGAAUUACGCCGAAUCGAAUGCUCAACGUGGCGUAUACGUAACGCUAAUCAAAGUGUAUAUUACGUAUACGACAGCUU
.........((((..--....(((....((((((((....((........)).))))))))))).....))))(((((((((((((((......)))))....))))))))))....... ( -28.80)
>DroSim_CAF1 15989 118 + 1
CACACACACCUACAU--AUAUGCACAGAUUCGAUUCCCUAGCCGAAUUACGCCGAAUCGAAUGCUCAACGUGGCGUAUACGUAACGCUAAUCAAAGUGUAUAUUACGUAUACGACAGCUU
.........((((..--....(((....((((((((....((........)).))))))))))).....))))(((((((((((((((......)))))....))))))))))....... ( -28.80)
>DroEre_CAF1 16051 118 + 1
CACACAC--CUACACCUACAUACACAGGUUCGAUUCCCUAGCCGAAUUACGCCGAAUCGAAUGCUCAACGUGGCGCAUACGUAACGCUAAUCAAAGUGUAUGUUACGUAUACGACAGCUU
.......--.(((....((((((((..(((((((((....((........)).)))))))))((...(((((.....)))))...))........))))))))...)))........... ( -26.40)
>DroYak_CAF1 17255 118 + 1
CACACAC--CUACAUACGAGUACACAGAUUCGUUUCCCCAGCCGAAUUACGCCGAAUCGAAUGCUCAACGUGGCGUAUACGUAACGCUAAUCAAAGUGUAUAUUACGUAUACGACAGCUU
.......--........(((((....((((((........((........))))))))...)))))...((..(((((((((((((((......)))))....))))))))))...)).. ( -29.20)
>consensus
CACACACACCUACAU__ACAUGCACAGAUUCGAUUCCCUAGCCGAAUUACGCCGAAUCGAAUGCUCAACGUGGCGUAUACGUAACGCUAAUCAAAGUGUAUAUUACGUAUACGACAGCUU
...........................(((((((((....((........)).))))))))).......((..(((((((((((((((......)))))....))))))))))...)).. (-25.40 = -25.48 +   0.08)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 0

Location	15,592,677 – 15,592,797
Length	120
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	97.58
Mean single sequence MFE	-33.12
Consensus MFE	-30.96
Energy contribution	-31.16
Covariance contribution	0.20
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-1.21
Structure conservation index	0.93
SVM decision value	0.16
SVM RNA-class probability	0.614024
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 15592677 120 + 23771897
GCCGAAUUACGCCGAAUCGAAUGCUCAACGUGGCGUAUACGUAACGCUAAUCAAAGUGUAUAUUACGUAUACGACAGUUUGACAUGUGUGAGGGUACAAGCUAAUUCUGGUAGCUGUUAU
(((((((((.((((...)).((.(((((((((.(((((((((((((((......)))))....)))))))))).........))))).)))).))....)))))))).)))......... ( -32.90)
>DroSec_CAF1 16078 120 + 1
GCCGAAUUACGCCGAAUCGAAUGCUCAACGUGGCGUAUACGUAACGCUAAUCAAAGUGUAUAUUACGUAUACGACAGCUUGACAUGUGUGAUGGUACAAGCUAAUUCUGGUAGCUGUUAU
(((((((((.((...((((.(((.((((.((..(((((((((((((((......)))))....))))))))))...)))))))))...)))).......)))))))).)))......... ( -33.90)
>DroSim_CAF1 16027 120 + 1
GCCGAAUUACGCCGAAUCGAAUGCUCAACGUGGCGUAUACGUAACGCUAAUCAAAGUGUAUAUUACGUAUACGACAGCUUGACAUGUGUGAUGGUACAAGCUAAUUCUGGUAGCUGUUAU
(((((((((.((...((((.(((.((((.((..(((((((((((((((......)))))....))))))))))...)))))))))...)))).......)))))))).)))......... ( -33.90)
>DroEre_CAF1 16089 120 + 1
GCCGAAUUACGCCGAAUCGAAUGCUCAACGUGGCGCAUACGUAACGCUAAUCAAAGUGUAUGUUACGUAUACGACAGCUUGACAUGUGUGAGGGUACAUGCUAAUUCUGGUAGCUGUUAU
.........(((((....((....))....))))).((((((((((((......)))....)))))))))..(((((((.((((((((......)))))).....))....))))))).. ( -29.00)
>DroYak_CAF1 17293 120 + 1
GCCGAAUUACGCCGAAUCGAAUGCUCAACGUGGCGUAUACGUAACGCUAAUCAAAGUGUAUAUUACGUAUACGACAGCUUGACAUGUGUGAGGGUACACGCUAAUUCUGGUAGCUGGUAU
(((((((((.((........(((.((((.((..(((((((((((((((......)))))....))))))))))...)))))))))(((((....))))))))))))).)))......... ( -35.90)
>consensus
GCCGAAUUACGCCGAAUCGAAUGCUCAACGUGGCGUAUACGUAACGCUAAUCAAAGUGUAUAUUACGUAUACGACAGCUUGACAUGUGUGAGGGUACAAGCUAAUUCUGGUAGCUGUUAU
(((((((((((((...(((.(((.((((..((.(((((((((((((((......)))))....)))))))))).))..)))))))...))).)))....).)))))).)))......... (-30.96 = -31.16 +   0.20)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 1

Location	15,592,677 – 15,592,797
Length	120
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	97.58
Mean single sequence MFE	-30.31
Consensus MFE	-27.81
Energy contribution	-28.09
Covariance contribution	0.28
Combinations/Pair	1.05
Mean z-score	-1.51
Structure conservation index	0.92
SVM decision value	1.01
SVM RNA-class probability	0.900082
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 15592677 120 - 23771897
AUAACAGCUACCAGAAUUAGCUUGUACCCUCACACAUGUCAAACUGUCGUAUACGUAAUAUACACUUUGAUUAGCGUUACGUAUACGCCACGUUGAGCAUUCGAUUCGGCGUAAUUCGGC
..........((.((((((((((((......))).((((..(((((.((((((((((((................)))))))))))).)).)))..)))).......))).)))))))). ( -27.29)
>DroSec_CAF1 16078 120 - 1
AUAACAGCUACCAGAAUUAGCUUGUACCAUCACACAUGUCAAGCUGUCGUAUACGUAAUAUACACUUUGAUUAGCGUUACGUAUACGCCACGUUGAGCAUUCGAUUCGGCGUAAUUCGGC
..........((.(((((((((((...(((.....))).))))))(.((((((((((((................)))))))))))).)(((((((((....).))))))))))))))). ( -30.59)
>DroSim_CAF1 16027 120 - 1
AUAACAGCUACCAGAAUUAGCUUGUACCAUCACACAUGUCAAGCUGUCGUAUACGUAAUAUACACUUUGAUUAGCGUUACGUAUACGCCACGUUGAGCAUUCGAUUCGGCGUAAUUCGGC
..........((.(((((((((((...(((.....))).))))))(.((((((((((((................)))))))))))).)(((((((((....).))))))))))))))). ( -30.59)
>DroEre_CAF1 16089 120 - 1
AUAACAGCUACCAGAAUUAGCAUGUACCCUCACACAUGUCAAGCUGUCGUAUACGUAACAUACACUUUGAUUAGCGUUACGUAUGCGCCACGUUGAGCAUUCGAUUCGGCGUAAUUCGGC
...((((((..........((((((........))))))..)))))).(((((((((((................)))))))))))((((((((((((....).)))))))).....))) ( -32.09)
>DroYak_CAF1 17293 120 - 1
AUACCAGCUACCAGAAUUAGCGUGUACCCUCACACAUGUCAAGCUGUCGUAUACGUAAUAUACACUUUGAUUAGCGUUACGUAUACGCCACGUUGAGCAUUCGAUUCGGCGUAAUUCGGC
..........((.((((((((((((......))))((((..(((((.((((((((((((................)))))))))))).)).)))..))))........)).)))))))). ( -30.99)
>consensus
AUAACAGCUACCAGAAUUAGCUUGUACCCUCACACAUGUCAAGCUGUCGUAUACGUAAUAUACACUUUGAUUAGCGUUACGUAUACGCCACGUUGAGCAUUCGAUUCGGCGUAAUUCGGC
..........((.(((((((((((.((..........))))))))(.((((((((((((................)))))))))))).)(((((((((....).))))))))))))))). (-27.81 = -28.09 +   0.28)

alignment

secondary structure

dotplot

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