Locus 5702

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 15,590,097 – 15,590,254
Length 157
Max. P 0.999733
window9014 window9015 window9016

overview

Window 4

Location 15,590,097 – 15,590,215
Length 118
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 96.40
Mean single sequence MFE -35.28
Consensus MFE -33.84
Energy contribution -34.16
Covariance contribution 0.32
Combinations/Pair 1.05
Mean z-score -2.30
Structure conservation index 0.96
SVM decision value 3.97
SVM RNA-class probability 0.999733
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 15590097 118 - 23771897
CUGGCUGCGCUUUUGUUUGAGAGCCAGAACUAAAUAAAUUGUCAUUGCUGCUGCCAGAUGAUAAGCAUAUGGCCAAAUCAAGCGAA--GCAAAAGAAAUUGGCUUUUGUUUAGACCGGAA
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>DroSec_CAF1 13354 120 - 1
CCGGCUGCGCUUUUGUUUGAGAGCCAGAACUAAAUAAAUUGUCAUUGCUGCUGCCAGAUGAUAAGCAUAUGGCCAAAUCAUGCGAAGAGCAAAAGAAAUUGGCUUUUGUUUAGACCGGAA
(((((((.((((((....)))))))))..(((((((((((((((((((....))..))))))))......((((((.((.(((.....)))...))..))))))))))))))).)))).. ( -38.00)
>DroSim_CAF1 13314 120 - 1
CCGGCUGCGCUUUUGUUUGAGAGCCAGAACUAAAUAAAUUGUCAUUGCUGCUGCCAGAUGAUAAGCAUAUGGCCAAAUCAUGCGAAGAGCAAAAGAAAUUGGCUUUUGUUUAGACCGGAA
(((((((.((((((....)))))))))..(((((((((((((((((((....))..))))))))......((((((.((.(((.....)))...))..))))))))))))))).)))).. ( -38.00)
>DroEre_CAF1 13320 118 - 1
CGGGCUGCGCUUUUGUUUGAGAGCCAGAACUAAAUAAAUUGUCAUUGCUGCUGCCAGAUGAUAAGCAUAUGGCCGAAUCAUGCGAA--GCAAACGAAAUUGGCUUUUGUUUAGACCGGAA
(((.(((.((((((....)))))))))..(((((((((((((((((((....))..))))))))......((((((.((.(((...--)))...))..))))))))))))))).)))... ( -33.20)
>DroYak_CAF1 14642 118 - 1
CCGGCUGCGCUUUUGUUUGAGAGCCAAAACUAAAUAAAUUGUCAUUGCUGCUGCCAGAUGAUAAGCAUAUGGCCAAAUCAUGCAAA--GCAAAAGAAAUUGGCUUUUGUUUAGUCCGGAA
((((.((.((((((....))))))))..((((((((((..(((.(((((..(((...(((((..((.....))...)))))))).)--))))((....))))).)))))))))))))).. ( -33.00)
>consensus
CCGGCUGCGCUUUUGUUUGAGAGCCAGAACUAAAUAAAUUGUCAUUGCUGCUGCCAGAUGAUAAGCAUAUGGCCAAAUCAUGCGAA__GCAAAAGAAAUUGGCUUUUGUUUAGACCGGAA
(((((((.((((((....)))))))))..(((((((((((((((((((....))..))))))))......((((((.((.(((.....)))...))..))))))))))))))).)))).. (-33.84 = -34.16 +   0.32)

alignment

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secondary structure

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Window 5

Location 15,590,135 – 15,590,254
Length 119
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 97.92
Mean single sequence MFE -30.00
Consensus MFE -27.62
Energy contribution -27.50
Covariance contribution -0.12
Combinations/Pair 1.10
Mean z-score -1.90
Structure conservation index 0.92
SVM decision value 2.09
SVM RNA-class probability 0.987584
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 15590135 119 + 23771897
UGAUUUGGCCAUAUGCUUAUCAUCUGGCAGCAGCAAUGACAAUUUAUUUAGUUCUGGCUCUCAAACAAAAGCGCAGCCAGGGAA-AAAUGCUAAAAUCAGCGAAUAACAGAGGCCAAAUA
..((((((((...((((........))))...((..(((.....(((((..(((((((((.(........).).))))))))..-)))))......)))))..........)))))))). ( -30.20)
>DroSec_CAF1 13394 120 + 1
UGAUUUGGCCAUAUGCUUAUCAUCUGGCAGCAGCAAUGACAAUUUAUUUAGUUCUGGCUCUCAAACAAAAGCGCAGCCGGGGAAAAAAUGCUAAAAUCAGCGAAUAACAGAGGCCAAAUA
..((((((((...((((........))))(((....)).)...((((((..(((((((((.(........).).)))))))).......(((......)))))))))....)))))))). ( -29.50)
>DroSim_CAF1 13354 120 + 1
UGAUUUGGCCAUAUGCUUAUCAUCUGGCAGCAGCAAUGACAAUUUAUUUAGUUCUGGCUCUCAAACAAAAGCGCAGCCGGGGAAAAAAUGCUAAAAUCAGCGAAUAACAGAGGCCAAAUA
..((((((((...((((........))))(((....)).)...((((((..(((((((((.(........).).)))))))).......(((......)))))))))....)))))))). ( -29.50)
>DroEre_CAF1 13358 120 + 1
UGAUUCGGCCAUAUGCUUAUCAUCUGGCAGCAGCAAUGACAAUUUAUUUAGUUCUGGCUCUCAAACAAAAGCGCAGCCCGGGAAAAAAUGCUAAAAUCAGCGAAUAGCAGAGGCCAAAUA
......((((...((((..((.((((((((.((((((((....)))))..))))))((.((........)).))...))))).......(((......)))))..))))..))))..... ( -26.50)
>DroYak_CAF1 14680 120 + 1
UGAUUUGGCCAUAUGCUUAUCAUCUGGCAGCAGCAAUGACAAUUUAUUUAGUUUUGGCUCUCAAACAAAAGCGCAGCCGGGGAAAAAAUGCUAAAAUCAGCGAAUAGCAGAGGCCAAAUA
..((((((((...((((..((.((((((.((.(((((((....)))))...(((((.........))))))))).))))))........(((......)))))..))))..)))))))). ( -34.30)
>consensus
UGAUUUGGCCAUAUGCUUAUCAUCUGGCAGCAGCAAUGACAAUUUAUUUAGUUCUGGCUCUCAAACAAAAGCGCAGCCGGGGAAAAAAUGCUAAAAUCAGCGAAUAACAGAGGCCAAAUA
..((((((((...((((........))))..............((((((..(((((((((.(........).).)))))))).......(((......)))))))))....)))))))). (-27.62 = -27.50 +  -0.12)

alignment

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secondary structure

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Window 6

Location 15,590,135 – 15,590,254
Length 119
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 97.92
Mean single sequence MFE -32.76
Consensus MFE -31.82
Energy contribution -31.62
Covariance contribution -0.20
Combinations/Pair 1.06
Mean z-score -2.17
Structure conservation index 0.97
SVM decision value 3.33
SVM RNA-class probability 0.999022
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 15590135 119 - 23771897
UAUUUGGCCUCUGUUAUUCGCUGAUUUUAGCAUUU-UUCCCUGGCUGCGCUUUUGUUUGAGAGCCAGAACUAAAUAAAUUGUCAUUGCUGCUGCCAGAUGAUAAGCAUAUGGCCAAAUCA
.((((((((..((((..((((((....))))....-....(((((.((((((((....))))))..((.(..........)))......)).)))))..))..))))...)))))))).. ( -33.20)
>DroSec_CAF1 13394 120 - 1
UAUUUGGCCUCUGUUAUUCGCUGAUUUUAGCAUUUUUUCCCCGGCUGCGCUUUUGUUUGAGAGCCAGAACUAAAUAAAUUGUCAUUGCUGCUGCCAGAUGAUAAGCAUAUGGCCAAAUCA
.((((((((..((((....((((....)))).............(((.((((((....)))))))))............(((((((((....))..)))))))))))...)))))))).. ( -31.50)
>DroSim_CAF1 13354 120 - 1
UAUUUGGCCUCUGUUAUUCGCUGAUUUUAGCAUUUUUUCCCCGGCUGCGCUUUUGUUUGAGAGCCAGAACUAAAUAAAUUGUCAUUGCUGCUGCCAGAUGAUAAGCAUAUGGCCAAAUCA
.((((((((..((((....((((....)))).............(((.((((((....)))))))))............(((((((((....))..)))))))))))...)))))))).. ( -31.50)
>DroEre_CAF1 13358 120 - 1
UAUUUGGCCUCUGCUAUUCGCUGAUUUUAGCAUUUUUUCCCGGGCUGCGCUUUUGUUUGAGAGCCAGAACUAAAUAAAUUGUCAUUGCUGCUGCCAGAUGAUAAGCAUAUGGCCGAAUCA
.((((((((..((((....((((....))))..........(..(((.((((((....)))))))))..).........(((((((((....))..)))))))))))...)))))))).. ( -35.70)
>DroYak_CAF1 14680 120 - 1
UAUUUGGCCUCUGCUAUUCGCUGAUUUUAGCAUUUUUUCCCCGGCUGCGCUUUUGUUUGAGAGCCAAAACUAAAUAAAUUGUCAUUGCUGCUGCCAGAUGAUAAGCAUAUGGCCAAAUCA
.((((((((..((((..((((((....))))...........(((.((((((((....))))))................((....)).)).)))....))..))))...)))))))).. ( -31.90)
>consensus
UAUUUGGCCUCUGUUAUUCGCUGAUUUUAGCAUUUUUUCCCCGGCUGCGCUUUUGUUUGAGAGCCAGAACUAAAUAAAUUGUCAUUGCUGCUGCCAGAUGAUAAGCAUAUGGCCAAAUCA
.((((((((..((((....((((....)))).............(((.((((((....)))))))))............(((((((((....))..)))))))))))...)))))))).. (-31.82 = -31.62 +  -0.20)

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