Locus 5686

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 15,570,116 – 15,570,236
Length 120
Max. P 0.648575
window8991

overview

Window 1

Location 15,570,116 – 15,570,236
Length 120
Sequences 4
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 90.14
Mean single sequence MFE -58.65
Consensus MFE -52.44
Energy contribution -52.12
Covariance contribution -0.31
Combinations/Pair 1.18
Mean z-score -1.43
Structure conservation index 0.89
SVM decision value 0.24
SVM RNA-class probability 0.648575
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 15570116 120 + 23771897
GCAUGCGCACCCGCUCCGAGUGGUUCCUGGGUCCCCGGGAUGCGGUGGUCACGUUGCAAUUGCCGGCGGACACGUGCAGCAAUUGCUGUCUUGCCGCAGCCGCUGGAUAUUUGGGUGGCG
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>DroEre_CAF1 32828 120 + 1
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>DroYak_CAF1 52449 120 + 1
GCAUGCGCACCCGCUCCGAGUGGUUCCUGGGUCCCCGGGACGCGGUGGUCACGUUGCAGUUGCCGGCGGACACGUGCAGCAAUUGCUGUUUGGCCGCAGCCGCUGGAUAUUUGGGUGGCG
....((.((((((.(((.((((((((((((....))))))....(((((((..(.((((((((.((((....))).).)))))))).)..))))))).)))))))))....)))))))). ( -59.10)
>DroAna_CAF1 32311 120 + 1
GAAUGCGCACCCGUUCCGAGUGGUUCUUGGGUCCUCGGGACGCUGUUGUGACGCUGCAGUUGCCGGCGGACACGUGCAGCAACUGCUGCCUGGCGGCUGCCGCCGGCUACCUCGGAGGCG
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>consensus
GCAUGCGCACCCGCUCCGAGUGGUUCCUGGGUCCCCGGGACGCGGUGGUCACGCUGCAAUUGCCGGCGGACACGUGCAGCAAUUGCUGUCUGGCCGCAGCCGCUGGAUAUUUGGGUGGCG
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