Locus 5684

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 15,565,685 – 15,565,805
Length 120
Max. P 0.774947
window8989

overview

Window 9

Location 15,565,685 – 15,565,805
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 93.61
Mean single sequence MFE -47.34
Consensus MFE -43.24
Energy contribution -43.88
Covariance contribution 0.64
Combinations/Pair 1.05
Mean z-score -1.23
Structure conservation index 0.91
SVM decision value 0.54
SVM RNA-class probability 0.774947
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 15565685 120 - 23771897
CCACGGAAACGCCCAGCGCCUCGCUGGUCAUUCCGGUGGAGGCGUGGGCCGCAUUGCUCGCGAUAACCCGGAAUGUGCCGAACAGUAGAACUAAUAGAUGCUGUGUGUAUUUCGGCAGCG
....(....)(((((.(((((((((((.....))))).)))))))))))(((((((....))))...((((((((..(...((((((...........)))))))..))))))))..))) ( -50.70)
>DroSec_CAF1 27987 120 - 1
CCACGGAAACGCCCAGCGCCUCGCUGGUCAUUCCGGUGGACGCGUGGGCCGCAUUGCUCGCGAUAACCCGGAAUGUGCCGAACAGUAGAACUAAUAGAUGCUGUGUGUAUUUCGGCAGCG
....(....)((((((((...)))))).((((((((.(....(((((((......)))))))....)))))))))((((((((((((...........)))))).......)))))))). ( -48.91)
>DroSim_CAF1 28463 120 - 1
CCACCGAAACGCCCAGCGCCUCGCUGGUCAUUCCGGUGGAGGCGUGGGCCGCAUUGCUCGCGAUAACCCGGAAUGUGCCGAACAGUAGAACUAAUAGAUGCUGUGUGUAUUUCGGCAGCG
..........(((((.(((((((((((.....))))).)))))))))))(((((((....))))...((((((((..(...((((((...........)))))))..))))))))..))) ( -48.90)
>DroEre_CAF1 28299 120 - 1
CCACGGAAACGCCCAGCGCCUCGCUGGUCAUUCCGGUGGAGGCGUGGGCAGCAUUGCUUGCGAUAACCCGGAAUGUGCCGAACAGUAAGACUAAUAGAUGCUGUGUGUAUUUUGGCAGCG
....(....)(((((.(((((((((((.....))))).))))))))))).((((((....))))...((((((((..(...((((((...........)))))))..))))))))..)). ( -48.00)
>DroYak_CAF1 48539 120 - 1
CCACGGACACGCCCAGCGCCUCGCUGGUCAUUCCGGUGGAGGCGUGGGCCGCAUUGCUCGCGAUAACCCGGAAUGUGCCGAACAGUAAGACUAAUAGGUGCUGUGUGUAUUUCGGCAGCG
..........(((((.(((((((((((.....))))).)))))))))))(((((((....))))...((((((((..(...((((((...(.....).)))))))..))))))))..))) ( -49.30)
>DroAna_CAF1 28117 120 - 1
CCACCGAGACGCCCAGGGCCUCGCUGGUCAUUCCGGUGGAGGCGUGGGCCGCAUUGCUGGCUAUGACCCGGAAUGUUCCAAACAACAGAACCAACAGAUGCUGUGUGUACUUUGGCAGCG
.......(..(((((.(.(((((((((.....))))).))))).)))))..)...((((.(........(((....)))..(((((((...(....)...)))).))).....).)))). ( -38.20)
>consensus
CCACGGAAACGCCCAGCGCCUCGCUGGUCAUUCCGGUGGAGGCGUGGGCCGCAUUGCUCGCGAUAACCCGGAAUGUGCCGAACAGUAGAACUAAUAGAUGCUGUGUGUAUUUCGGCAGCG
..........(((((.(((((((((((.....))))).)))))))))))(((((((....))))...((((((((..(...((((((...........)))))))..))))))))..))) (-43.24 = -43.88 +   0.64)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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