| Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 15,537,285 – 15,537,405 |
| Length | 120 |
| Max. P | 0.796762 |
| Location | 15,537,285 – 15,537,405 |
|---|---|
| Length | 120 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 89.72 |
| Mean single sequence MFE | -42.52 |
| Consensus MFE | -36.27 |
| Energy contribution | -36.55 |
| Covariance contribution | 0.28 |
| Combinations/Pair | 1.16 |
| Mean z-score | -1.90 |
| Structure conservation index | 0.85 |
| SVM decision value | 0.60 |
| SVM RNA-class probability | 0.796762 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 15537285 120 + 23771897 ACGGCACACCCGAGUAUAUUGCACCCGAAGUGAUAUUGCGCCAAGGCUAUGGCAAACCAGUCGACUGGUGGUCCAUGGGCAUCAUUCUGUAUGAAUUUCUCAUCGGUUGUGUGCCGUUUU (((((((((((((((((((..(.......)..))).))).....(.((((((...(((((....)))))...)))))).).((((.....))))........))))..)))))))))... ( -44.40) >DroGri_CAF1 6 120 + 1 AUGGCACUCCCGAGUAUAUAGCGCCUGAGGUGAUUUUGCGGCAGGGUUAUGGCAAACCCGUUGACUGGUGGUCCAUGGGCAUCAUAUUGUACGAGUUUCUCAUUGGAUGUGUGCCAUUCU (((((((..(((((((((((((.((((..((......))..)))))))))......(((((.(((.....))).))))).........))))(((...))).))))....)))))))... ( -37.80) >DroSim_CAF1 10 120 + 1 ACGGCACACCCGAGUAUAUUGCACCCGAAGUGAUAUUGCGCCAAGGCUAUGGCAAACCAGUCGACUGGUGGUCCAUGGGCAUCAUUCUGUAUGAAUUUCUCAUCGGCUGUGUGCCGUUUU (((((((((....((((((..(.......)..))).)))(((..(.((((((...(((((....)))))...)))))).).((((.....))))..........))).)))))))))... ( -45.30) >DroEre_CAF1 11 120 + 1 ACGGCACACCCGAGUAUAUUGCACCCGAAGUGAUAUUGCGCCAGGGCUAUGGCAAACCAGUCGACUGGUGGUCCAUGGGCAUCAUUCUGUAUGAAUUUCUCAUCGGUUGUGUGCCGUUUU (((((((((((((......(((.(((...(((......)))..)))((((((...(((((....)))))...)))))))))((((.....))))........))))..)))))))))... ( -46.70) >DroYak_CAF1 24799 120 + 1 ACGGCACACCCGAGUAUAUUGCACCCGAAGUGAUAUUGCGCCAGGGCUAUGGCAAACCUGUCGACUGGUGGUCCAUGGGCAUCAUUCUGUAUGAAUUUCUCAUCGGCUGUGUGCCGUUUU (((((((((((((........((..((.(((((...(((.((((((((((((((....)))).....))))))).))))))))))).))..)).........))))..)))))))))... ( -43.23) >DroAna_CAF1 8 120 + 1 AUGGAACACCCGAGUAUAUCGCUCCGGAGGUAAUACUGCGACAGGGCUAUGGGAAACCGGUCGACUGGUGGUCAAUGGGCAUUAUACUGUACGAGUUCCUCAUCGGCUGUGUGCCGUUCU ..(((((.((.((((.....)))).)).((((.(((.((.((((.(((...((..(((((....)))))..))....)))......)))).(((........))))).)))))))))))) ( -37.70) >consensus ACGGCACACCCGAGUAUAUUGCACCCGAAGUGAUAUUGCGCCAGGGCUAUGGCAAACCAGUCGACUGGUGGUCCAUGGGCAUCAUUCUGUAUGAAUUUCUCAUCGGCUGUGUGCCGUUUU (((((((((((((((((((..(.......)..))).))).....(.((((((...(((((....)))))...)))))).)......................))))..)))))))))... (-36.27 = -36.55 + 0.28)
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