Locus 5634

Sequence ID	3L_DroMel_CAF1
Location	15,488,203 – 15,488,362
Length	159
Max. P	0.987360

overview

Window 9

Location	15,488,203 – 15,488,322
Length	119
Sequences	4
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	91.32
Mean single sequence MFE	-46.14
Consensus MFE	-40.43
Energy contribution	-41.24
Covariance contribution	0.81
Combinations/Pair	1.06
Mean z-score	-2.68
Structure conservation index	0.88
SVM decision value	2.08
SVM RNA-class probability	0.987360
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 15488203 119 - 23771897
UGCCAUGGCCUCCUCAUCCCCAUCCGGAUCCGGAGGUGGUGGCAAUGGCGGGAACAGCUCCUACGGACUCGU-CGACGAUAGUAGAGCUCUGGACAGGUUGUUAUUCCAUCAUAACUAAA
((((((.((((((..((((......))))..)))))).))))))(((..((((((((((....(((((((..-..((....)).))).))))....))))))..))))..)))....... ( -46.80)
>DroSec_CAF1 29326 116 - 1
UGCCAUGGCCUCCUCAUCCGCGGCUGGAUCCGGAGGUGGUGGCAAUGGUGGAAACAGC---UACGGACUCGU-CGACGAUAGUAGAGCUCUGGACAGGUUGUUAUUUCAUCAUAACUAAA
((((((.((((((..(((((....)))))..)))))).))))))((((((((((((((---(.(((((((..-..((....)).))).))))....))))))..)))))))))....... ( -48.30)
>DroSim_CAF1 31351 117 - 1
UGCCAUGGCCUCCUCAUCCGCGGCUGGAUCCGGAGGUGGUGGCAAUGGUGGAAACAGC---UACGGACUCGUUUGAGGAUAGUAGAGCUCUGGACAGGUUGUUAUUUCAUCAUAACUAAA
((((((.((((((..(((((....)))))..)))))).))))))((((((((((((((---(.(((((((..............))).))))....))))))..)))))))))....... ( -46.64)
>DroYak_CAF1 111696 119 - 1
CGCCAUGGCCUCCUCAUCCACGGCCGGAUCCGGAGGAGGUGGCAAUGCCGGGAACAGCUCCUACGGACUCGU-CGACGACAGUAGAGCCCUGGACAGGUUGUUAUUUCAUCAUAACUAAA
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>consensus
UGCCAUGGCCUCCUCAUCCGCGGCCGGAUCCGGAGGUGGUGGCAAUGGCGGAAACAGC___UACGGACUCGU_CGACGAUAGUAGAGCUCUGGACAGGUUGUUAUUUCAUCAUAACUAAA
.(((((.((((((..((((......))))..)))))).))))).((((((((((((((.....(((((((..............))).)))).....)))))..)))))))))....... (-40.43 = -41.24 +   0.81)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 0

Location	15,488,243 – 15,488,362
Length	119
Sequences	4
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	89.36
Mean single sequence MFE	-42.81
Consensus MFE	-37.20
Energy contribution	-38.32
Covariance contribution	1.12
Combinations/Pair	1.08
Mean z-score	-1.34
Structure conservation index	0.87
SVM decision value	-0.01
SVM RNA-class probability	0.527828
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 15488243 119 + 23771897
AUCGUCG-ACGAGUCCGUAGGAGCUGUUCCCGCCAUUGCCACCACCUCCGGAUCCGGAUGGGGAUGAGGAGGCCAUGGCAUCGGCCCUCAGGUCUUGCAAAUGAUCAAAAUUCAUGGAUG
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>DroSec_CAF1 29366 116 + 1
AUCGUCG-ACGAGUCCGUA---GCUGUUUCCACCAUUGCCACCACCUCCGGAUCCAGCCGCGGAUGAGGAGGCCAUGGCACUGGCCCCCAGGCCUUGCAAAUGAUCAAAAUUCAUGGAUG
((((((.-.(..(((((..---((((..(((..................)))..))))..)))))..)..)))(((((((..((((....)))).))).(((.......)))))))))). ( -38.47)
>DroSim_CAF1 31391 117 + 1
AUCCUCAAACGAGUCCGUA---GCUGUUUCCACCAUUGCCACCACCUCCGGAUCCAGCCGCGGAUGAGGAGGCCAUGGCACUGGCCCCCAGGUCUUGCAAGUGAUCAAAAUUCAUGGAUG
((((........(((((..---((((..(((..................)))..))))..)))))((((.(((((......))))).)).((((........)))).....))..)))). ( -38.87)
>DroYak_CAF1 111736 119 + 1
GUCGUCG-ACGAGUCCGUAGGAGCUGUUCCCGGCAUUGCCACCUCCUCCGGAUCCGGCCGUGGAUGAGGAGGCCAUGGCGCCGGCCCUCAGGUCUUGCAAAUAAUCAAAAUUCAUGGAUG
.(((...-.)))((((((((((.(((...(((((...(((((((((((...(((((....))))))))))))...)))))))))....))).)))))).(((.......)))...)))). ( -45.70)
>consensus
AUCGUCG_ACGAGUCCGUA___GCUGUUCCCACCAUUGCCACCACCUCCGGAUCCAGCCGCGGAUGAGGAGGCCAUGGCACCGGCCCCCAGGUCUUGCAAAUGAUCAAAAUUCAUGGAUG
.(((.....)))((((((((((.(((...(((....(((((...(((((..((((......))))..)))))...))))).)))....))).))))))..((((.......)))))))). (-37.20 = -38.32 +   1.12)

alignment

secondary structure

dotplot

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