Locus 562

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 1,615,901 – 1,616,006
Length 105
Max. P 0.509046
window859

overview

Window 9

Location 1,615,901 – 1,616,006
Length 105
Sequences 6
Columns 111
Reading direction forward
Mean pairwise identity 75.96
Mean single sequence MFE -42.13
Consensus MFE -26.15
Energy contribution -25.48
Covariance contribution -0.66
Combinations/Pair 1.22
Mean z-score -1.24
Structure conservation index 0.62
SVM decision value -0.05
SVM RNA-class probability 0.509046
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 1615901 105 + 23771897
UGCGGUGGCGGCGGCGGUGGCUGCAUGUACUGUGGGGGAUACU---GGUACUGUGGCGGCUGCUCCCCGCCUAUGAGUCCAAGUUUAUCUGUUUUAAA---AUGAUGCAAG
((((((((.((.((((((.((..((.((((((((.....))).---)))))))..)).))))))))))))).....(((....((((.......))))---..)))))).. ( -40.00)
>DroPse_CAF1 659 105 + 1
UGCUGCUGUGGCGGCGGUGGCGGCAUGUACUGUGG---AUACUGAGGGUACUGCGGUGGCUGCUCUCCGCCUAUGAGUCCCAGCUUAUCUGUGGACGG---GUCGGGGCAA
...((((.(((((((((.((((((...(((((..(---.(((.....))))..)))))))))))..))))).....(((((((.....))).))))..---)))).)))). ( -49.00)
>DroEre_CAF1 926 105 + 1
UGCGGAGGCGGCGGCGGUGGCUGCAUGUACUGUGGGGGGUACU---GGUACUGUGGUGGCUGCUCCCCGCCUAUGAGGCCAAGUUUAUCUGUGUCGGA---GUAGUGCAAG
((((.((((((.((((((.((..((.((((((((.....))).---)))))))..)).))))).).))))))....(((((........)).)))...---....)))).. ( -40.00)
>DroMoj_CAF1 575 100 + 1
UGUUGUUGCGGUGGUGGUGGUGGCAUAUACUGCGG---AUACUGUGGAUACUGCGGCGGCUGCUCACCGCCUAUGAGGCCCAGCUUAUCUGUG---AGUUGUUUGG-----
..(..(.(((((((..((.((.((((((.(..(((---...)))..)))).))).)).))..).))))))..)..)....(((((((....))---))))).....----- ( -36.70)
>DroAna_CAF1 103 91 + 1
UGCGGCGGCGGCGGCGGUGGCUGCAUGUACUGCGGGGGAUACU---GGUACUGGGGCGGCUGCUCCCCGCCUAUGAGGCCGAGUUUAUCUGUGG-----------------
..(((((((((.((((((.(((.((.((((..(((......))---))))))).))).))))).).)))))......)))).............----------------- ( -38.10)
>DroPer_CAF1 454 105 + 1
UGCUGCUGUGGCGGCGGUGGCGGCAUGUACUGUGG---AUACUGAGGGUACUGCGGUGGCUGCUCUCCGCCUAUGAGUCCCAGCUUAUCUGUGGACGG---GUCGGGGCAA
...((((.(((((((((.((((((...(((((..(---.(((.....))))..)))))))))))..))))).....(((((((.....))).))))..---)))).)))). ( -49.00)
>consensus
UGCGGCGGCGGCGGCGGUGGCGGCAUGUACUGUGG___AUACU___GGUACUGCGGCGGCUGCUCCCCGCCUAUGAGGCCCAGCUUAUCUGUGG__GG___GUCGGG__A_
.......((((.((((((.((.(((.(((((..((......))...)))))))).)).))))).).))))..(((((......)))))....................... (-26.15 = -25.48 +  -0.66)

alignment

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