| Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 190,536 – 190,653 |
| Length | 117 |
| Max. P | 0.500000 |
| Location | 190,536 – 190,653 |
|---|---|
| Length | 117 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 76.09 |
| Mean single sequence MFE | -41.44 |
| Consensus MFE | -12.87 |
| Energy contribution | -13.57 |
| Covariance contribution | 0.70 |
| Combinations/Pair | 1.29 |
| Mean z-score | -2.35 |
| Structure conservation index | 0.31 |
| SVM decision value | -0.06 |
| SVM RNA-class probability | 0.500000 |
| Prediction | OTHER |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 190536 117 - 23771897 AACAGUC---CGCUAGUUCAAGUCAUCAGAGGGUACUGACAGCUCCAGAGCUGUCUGCAGAGUUUCGCUCGAGCACAGAUAGUGCAGCUCUGGGGGCUGAGCUUCACUUUUAAGGAAGCA ..(((((---((((......)))..((((((.((((((((((((....)))))))(((.(((.....)))..))).....)))))..)))))))))))).(((((.((....))))))). ( -47.20) >DroPse_CAF1 6610 120 - 1 AAUAGUCCACCGCUAGUCCAGCUCUUCGUUAGGCACUGGCAGUGCCAGAGCUGUCUGCAGAGUUUCGCACUCUCUCAGGCUAUGGAGGAUGCGGGGCUCAACCUCACUCUUUAGCAAACA ...........(((((..(((((((......(((((.....))))))))))))......((((..((((..(((.((.....)))))..))))..))))...........)))))..... ( -45.20) >DroSim_CAF1 6521 114 - 1 AACAGUC---CGCUAGUUCAAGUCAUCAGUGGAUACUGGCAGCUCCAGAGCUGUGUGCAGAAUUUCGCUCGAGCACAGAUAGGG---GGCUGGGGGCUGAGCUUCACUUUUAAGUAAGCA ..(((((---(((((((.....(((....)))..))))))((((((....((((((...((.......))..))))))....))---))))..)))))).((((.(((....))))))). ( -43.10) >DroEre_CAF1 6548 113 - 1 AACAGUC---CGU----UCAAGUCAUCAGUGCGUAUUGGCAGCUCUAGAGCUUUCUGCAGAGUUUCGCUCAAGCACAGAUAGUGCAGUUCAGGUGGCUGAACCUCACUCUUAAGAAAGCA ..((((.---(((----.............))).))))...........(((((((..(((((.........((((.....)))).((((((....))))))...)))))..))))))). ( -30.82) >DroYak_CAF1 6565 117 - 1 AACAGUU---CGUUAGUUGAAGUCAUCAGUGGGUACUGGCAGCUCUAGAGCUGUCUGCAGAGUUUCGCUCAAGCUCAGAUAGUGCAGCUCUGGAGGCUGAACUUCACUUUUAAGAAAGCA .....((---(...(((.(((((..(((((....)))))(((((((((((((((((((.((((((.....)))))).).))).))))))))))).)))).)))))))).....))).... ( -40.70) >DroPer_CAF1 6598 120 - 1 AAUAGUCCACCGCUAGUCCAGCUCUUCGUUAUGCACUGGCAGUGCCAGAGCUGUCUGCAGAGUUUCGCACUCUCUCAGGCUAUGGAGGAUGCGGGGCUCAACCUCACUCUUUAGCAAACA ...........(((((..(((((((..((..(((....)))..)).)))))))......((((..((((..(((.((.....)))))..))))..))))...........)))))..... ( -41.60) >consensus AACAGUC___CGCUAGUUCAAGUCAUCAGUGGGUACUGGCAGCUCCAGAGCUGUCUGCAGAGUUUCGCUCAAGCACAGAUAGUGCAGGUCUGGGGGCUGAACCUCACUCUUAAGAAAGCA ...........(((..................(((..(((((((....))))))))))(((((...((....))..................((((.....)))))))))......))). (-12.87 = -13.57 + 0.70)
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