Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 15,306,810 – 15,306,912 |
Length | 102 |
Max. P | 0.814231 |
Location | 15,306,810 – 15,306,912 |
---|---|
Length | 102 |
Sequences | 6 |
Columns | 102 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 80.48 |
Mean single sequence MFE | -44.82 |
Consensus MFE | -29.83 |
Energy contribution | -33.97 |
Covariance contribution | 4.14 |
Combinations/Pair | 1.17 |
Mean z-score | -1.90 |
Structure conservation index | 0.67 |
SVM decision value | 0.66 |
SVM RNA-class probability | 0.814231 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 15306810 102 + 23771897 CCUGCAGUUGCAUUGGAGACGAUGAGCUGCUCUGCAGCUGUGGCGGAGGUGGCGGCAUUGGGGUCAAUCUCCUCGAGAGUGGCACCCAGAGCAGCGUGACCA ...((((((.(((((....)))))))))))(((((.......)))))(((.(((((.(((((((((.((((...)))).)))).))))).))..))).))). ( -48.00) >DroVir_CAF1 39185 78 + 1 CCUGCAAUUGCAAUGCGGACGAUGAGCUGCUCUGCGGCUGCGGCGGG------------------------CUGGAGAGCGGCACACAGAGCAGCGCCACGA .(((((.......))))).((.((.(((((((((.((((((..(...------------------------.....).))))).).)))))))))..)))). ( -34.80) >DroSim_CAF1 39204 102 + 1 CCUGCAGUUGCAUUGGAGACGACGAGCUGCUCUGCAGCUGCGGCGGAGGUGGCGGCAUUGGGGUCAAUCUCCUCGAGAGUGGCACCCAGAGCAGCGUGACCA (((((((((((((((....))).(((...)))))))))))))).)..(((.(((((.(((((((((.((((...)))).)))).))))).))..))).))). ( -47.90) >DroEre_CAF1 38613 102 + 1 CCUGCAGCUGCAUUGGGGACGACGAUCUGCUCUGCAGCUGCGGCGGAGGUGGCGGCAUUGGGGCCAAUCUCCUCGAGAGUGGCACCCAGAGCAGCGUGACCA ((((((((((((..(.(((......))).)..))))))))))).)..(((.(((((.(((((((((.((((...)))).)))).))))).))..))).))). ( -53.60) >DroYak_CAF1 36205 102 + 1 CCUGCAGCUGCAUUGGCGACGACGAUCUGCUCUGCAGCUGCGGCGGAGGUGGCGGCAUUGGGGUCAAUCUCCUCGAGAGUGGCACCCAGAGCAGCGUGACCA ((((((((((((..(((((......)).))).))))))))))).)..(((.(((((.(((((((((.((((...)))).)))).))))).))..))).))). ( -49.10) >DroAna_CAF1 36994 99 + 1 CCUGUACCUGCAACGGCGAGGAGGACCUACUGUGCAGCUGCGGAGGCGGUGGAGG---AGGGGCCAAUCUCCUGGAGAGUGCCACCCAGAGCAGCGUCACCA .(((((.(((((.(((..(((....))).)))))))).))))).((((.((...(---.(((((...((((...))))..))).)))....)).)))).... ( -35.50) >consensus CCUGCAGCUGCAUUGGAGACGACGAGCUGCUCUGCAGCUGCGGCGGAGGUGGCGGCAUUGGGGUCAAUCUCCUCGAGAGUGGCACCCAGAGCAGCGUGACCA .(((((((((((..(.((........)).)..)))))))))))....(((.(((((.(((((((((.((((...)))).)))).))))).))..))).))). (-29.83 = -33.97 + 4.14)
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