Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 15,300,365 – 15,300,485 |
Length | 120 |
Max. P | 0.999987 |
Location | 15,300,365 – 15,300,485 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 97.17 |
Mean single sequence MFE | -27.34 |
Consensus MFE | -25.12 |
Energy contribution | -25.45 |
Covariance contribution | 0.33 |
Combinations/Pair | 1.00 |
Mean z-score | -1.35 |
Structure conservation index | 0.92 |
SVM decision value | 1.01 |
SVM RNA-class probability | 0.899870 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 15300365 120 + 23771897 UGCUGCUCCUGCUGGUGAUAUAAUUUUAAUAACUUACAUAAUAUAUUCUUUUGUGUGGCCAAGCCACAUAAUUGUUAGAAACAUUAGGCAAAUCAUUACCCCAGCACGAAAAAUGGGUGG ..(..(.((((((((((((...............................(((((((((...)))))))))((((..((....))..)))))))).....))))))........)))..) ( -24.30) >DroSec_CAF1 32125 120 + 1 UGCUGCUCCUGCUGGUGAUAUAAUUUUAAUAACUUACAUAAUAUAUUCUUUUGUGUGGCCAAGCCACAUAAUUGUUAGAAACAUUAGGCAAAUCAUUAGCCCAGCACGAAAAAUGGGUGG (((((.....(((((((((...............................(((((((((...)))))))))((((..((....))..))))))))))))).))))).............. ( -27.70) >DroSim_CAF1 32487 120 + 1 UGCUGCUCCUGCUGGUGAUAUAAUUUUAAUAACUUACAUAAUAUAUUCUUUUGUGUGGCCAAGCCACAUAAUUGUUAGAAACAUUAGGCAAAUCAUUAGCCCAGCACGAAAAAUGGGUGG (((((.....(((((((((...............................(((((((((...)))))))))((((..((....))..))))))))))))).))))).............. ( -27.70) >DroEre_CAF1 32199 118 + 1 --CUGCUCCUGCUGGUGAUAUAAUUUUAAUAACUUACAUAAUAUAUUCUUUUGUGUGGCCAAGCCACAUAAUUGUUAGAAACAUUAGGCAAAUCAUUAGCCCAGCACGAAAAAUGGGUGG --.((((...(((((((((...............................(((((((((...)))))))))((((..((....))..)))))))))))))..)))).............. ( -26.70) >DroYak_CAF1 29704 120 + 1 GGCUGCUCCUGCUGGUGAUAUAAUUUUAAUAACUUACAUAAUAUAUUCUUUUGUGUGGCCAAGCCACAUAAUUGUUAGAAACAUUAGGCAAAUCAUUAGCCCAGCACGAAAAAUGGGUGG .((((.....(((((((((...............................(((((((((...)))))))))((((..((....))..))))))))))))).))))............... ( -27.30) >DroAna_CAF1 30531 119 + 1 GGCUGCCACUGCUGGUGAUAUAAUUUUAAUAACUUACAUAAUAUAUUCUUUUGUGUGGCCAAGCCACAUAAUUGUUAGAAACAUUAGGCAAAUCAUUAGCCCAGCACCAA-AAUGGGAGC .(((.(((.(..(((((......(((((((((..................(((((((((...))))))))))))))))))......(((.........)))...))))).-).))).))) ( -30.36) >consensus UGCUGCUCCUGCUGGUGAUAUAAUUUUAAUAACUUACAUAAUAUAUUCUUUUGUGUGGCCAAGCCACAUAAUUGUUAGAAACAUUAGGCAAAUCAUUAGCCCAGCACGAAAAAUGGGUGG .((((.....(((((((((...............................(((((((((...)))))))))((((..((....))..))))))))))))).))))............... (-25.12 = -25.45 + 0.33)
Location | 15,300,365 – 15,300,485 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 97.17 |
Mean single sequence MFE | -33.13 |
Consensus MFE | -32.22 |
Energy contribution | -31.80 |
Covariance contribution | -0.42 |
Combinations/Pair | 1.06 |
Mean z-score | -3.31 |
Structure conservation index | 0.97 |
SVM decision value | 5.46 |
SVM RNA-class probability | 0.999987 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 15300365 120 - 23771897 CCACCCAUUUUUCGUGCUGGGGUAAUGAUUUGCCUAAUGUUUCUAACAAUUAUGUGGCUUGGCCACACAAAAGAAUAUAUUAUGUAAGUUAUUAAAAUUAUAUCACCAGCAGGAGCAGCA ..........(((.(((((((((((((((((((.((((((((((........((((((...))))))....)))).)))))).)))))))))........)))).)))))).)))..... ( -33.40) >DroSec_CAF1 32125 120 - 1 CCACCCAUUUUUCGUGCUGGGCUAAUGAUUUGCCUAAUGUUUCUAACAAUUAUGUGGCUUGGCCACACAAAAGAAUAUAUUAUGUAAGUUAUUAAAAUUAUAUCACCAGCAGGAGCAGCA ..........(((.((((((..(((((((((((.((((((((((........((((((...))))))....)))).)))))).)))))))))))...........)))))).)))..... ( -32.22) >DroSim_CAF1 32487 120 - 1 CCACCCAUUUUUCGUGCUGGGCUAAUGAUUUGCCUAAUGUUUCUAACAAUUAUGUGGCUUGGCCACACAAAAGAAUAUAUUAUGUAAGUUAUUAAAAUUAUAUCACCAGCAGGAGCAGCA ..........(((.((((((..(((((((((((.((((((((((........((((((...))))))....)))).)))))).)))))))))))...........)))))).)))..... ( -32.22) >DroEre_CAF1 32199 118 - 1 CCACCCAUUUUUCGUGCUGGGCUAAUGAUUUGCCUAAUGUUUCUAACAAUUAUGUGGCUUGGCCACACAAAAGAAUAUAUUAUGUAAGUUAUUAAAAUUAUAUCACCAGCAGGAGCAG-- ..........(((.((((((..(((((((((((.((((((((((........((((((...))))))....)))).)))))).)))))))))))...........)))))).)))...-- ( -32.22) >DroYak_CAF1 29704 120 - 1 CCACCCAUUUUUCGUGCUGGGCUAAUGAUUUGCCUAAUGUUUCUAACAAUUAUGUGGCUUGGCCACACAAAAGAAUAUAUUAUGUAAGUUAUUAAAAUUAUAUCACCAGCAGGAGCAGCC ..........(((.((((((..(((((((((((.((((((((((........((((((...))))))....)))).)))))).)))))))))))...........)))))).)))..... ( -32.22) >DroAna_CAF1 30531 119 - 1 GCUCCCAUU-UUGGUGCUGGGCUAAUGAUUUGCCUAAUGUUUCUAACAAUUAUGUGGCUUGGCCACACAAAAGAAUAUAUUAUGUAAGUUAUUAAAAUUAUAUCACCAGCAGUGGCAGCC (((.(((((-((((((.((...(((((((((((.((((((((((........((((((...))))))....)))).)))))).)))))))))))......)).)))))).))))).))). ( -36.50) >consensus CCACCCAUUUUUCGUGCUGGGCUAAUGAUUUGCCUAAUGUUUCUAACAAUUAUGUGGCUUGGCCACACAAAAGAAUAUAUUAUGUAAGUUAUUAAAAUUAUAUCACCAGCAGGAGCAGCA ..........(((.((((((..(((((((((((.((((((((((........((((((...))))))....)))).)))))).)))))))))))...........)))))).)))..... (-32.22 = -31.80 + -0.42)
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