Locus 5558

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 15,248,099 – 15,248,249
Length 150
Max. P 0.999607
window8787 window8788 window8789

overview

Window 7

Location 15,248,099 – 15,248,211
Length 112
Sequences 5
Columns 116
Reading direction forward
Mean pairwise identity 91.11
Mean single sequence MFE -29.38
Consensus MFE -24.45
Energy contribution -25.25
Covariance contribution 0.80
Combinations/Pair 1.10
Mean z-score -3.66
Structure conservation index 0.83
SVM decision value 3.78
SVM RNA-class probability 0.999607
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 15248099 112 + 23771897
GGCACGUAAAAUAUCAGUUAUACACAGACUACACACUAUAUGCGAAUGUCUAUAGAUA----UAUAGAUACAUUCGCAUAGGACGUGCACUGACGCAGUCAAAGCAUCAAAUGCAA
.((((((........((((.......))))........((((((((((((((((....----))))))..))))))))))..))))))..((((...))))..((((...)))).. ( -32.20)
>DroSec_CAF1 137299 110 + 1
GGCACGUAAAAUAUCAGUUAUACACAGACUACACACUAUAUGCGAAUGUA--UAGACA----UAUAGAUACAUUCGCAUAGGACGUGCACUGACGCAGUCAAAGCAUCAAAUGCAA
.((((((........((((.......))))........((((((((((((--(.....----.....)))))))))))))..))))))..((((...))))..((((...)))).. ( -30.50)
>DroSim_CAF1 145062 112 + 1
GGCACGUAAAAUAUCAGUUAUACACAGACUACACACUAUAUGCGAAUGUAUAUAGAUA----UAUAGAUACAUUCGCAUAGGACGUGCACUGACGCAGUCAAAGCAUCAAAUGCAA
.((((((........((((.......))))........(((((((((((((.((....----..)).)))))))))))))..))))))..((((...))))..((((...)))).. ( -31.70)
>DroEre_CAF1 137245 116 + 1
GGCACGUAAAAUAUCAGUUAUACACAGACUACACACUAUAUGCGAAUGUAUUUAGAUACAUACAUAGAUAUAUUCGCAUAGGACGUGCACUGACGCAGUCAAAGCAUCAAAUGCAG
.((((((........((((.......))))........((((((((((((((((..........))))))))))))))))..))))))..((((...))))..((((...)))).. ( -32.30)
>DroAna_CAF1 129780 106 + 1
GGCACGUAAAAUAUCAGUUAUACACAGGCUACACACUAUAUAAG--UUCAUAUAGAUA----U----AUAUAUUCGUAUAGGACGUGCAGUGACGCAGUCAAAGCAUCAAAUGCAA
.((((((........((((.......)))).....(((((..((--(..(((((....----)----)))))))..))))).))))))..((((...))))..((((...)))).. ( -20.20)
>consensus
GGCACGUAAAAUAUCAGUUAUACACAGACUACACACUAUAUGCGAAUGUAUAUAGAUA____UAUAGAUACAUUCGCAUAGGACGUGCACUGACGCAGUCAAAGCAUCAAAUGCAA
.((((((........((((.......))))........(((((((((((((................)))))))))))))..))))))..((((...))))..((((...)))).. (-24.45 = -25.25 +   0.80)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 8

Location 15,248,099 – 15,248,211
Length 112
Sequences 5
Columns 116
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 91.11
Mean single sequence MFE -32.28
Consensus MFE -26.87
Energy contribution -27.99
Covariance contribution 1.12
Combinations/Pair 1.06
Mean z-score -3.26
Structure conservation index 0.83
SVM decision value 3.56
SVM RNA-class probability 0.999384
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 15248099 112 - 23771897
UUGCAUUUGAUGCUUUGACUGCGUCAGUGCACGUCCUAUGCGAAUGUAUCUAUA----UAUCUAUAGACAUUCGCAUAUAGUGUGUAGUCUGUGUAUAACUGAUAUUUUACGUGCC
.((((((.(((((.......))))))))))).....((((((((((..((((((----....))))))))))))))))..(..(((((((.((.....)).)))....))))..). ( -35.60)
>DroSec_CAF1 137299 110 - 1
UUGCAUUUGAUGCUUUGACUGCGUCAGUGCACGUCCUAUGCGAAUGUAUCUAUA----UGUCUA--UACAUUCGCAUAUAGUGUGUAGUCUGUGUAUAACUGAUAUUUUACGUGCC
.((((((.(((((.......))))))))))).....(((((((((((((.....----.....)--))))))))))))..(..(((((((.((.....)).)))....))))..). ( -34.10)
>DroSim_CAF1 145062 112 - 1
UUGCAUUUGAUGCUUUGACUGCGUCAGUGCACGUCCUAUGCGAAUGUAUCUAUA----UAUCUAUAUACAUUCGCAUAUAGUGUGUAGUCUGUGUAUAACUGAUAUUUUACGUGCC
.((((((.(((((.......))))))))))).....(((((((((((((.((..----....)).)))))))))))))..(..(((((((.((.....)).)))....))))..). ( -35.10)
>DroEre_CAF1 137245 116 - 1
CUGCAUUUGAUGCUUUGACUGCGUCAGUGCACGUCCUAUGCGAAUAUAUCUAUGUAUGUAUCUAAAUACAUUCGCAUAUAGUGUGUAGUCUGUGUAUAACUGAUAUUUUACGUGCC
..((((.((((((.......))))))(((((((..(((((((..(((((..((((((........))))))....))))).)))))))..)))))))..............)))). ( -30.70)
>DroAna_CAF1 129780 106 - 1
UUGCAUUUGAUGCUUUGACUGCGUCACUGCACGUCCUAUACGAAUAUAU----A----UAUCUAUAUGAA--CUUAUAUAGUGUGUAGCCUGUGUAUAACUGAUAUUUUACGUGCC
..((((.((((((.......)))))).((((((..(((((((..(((((----(----..((.....)).--..)))))).)))))))..))))))...............)))). ( -25.90)
>consensus
UUGCAUUUGAUGCUUUGACUGCGUCAGUGCACGUCCUAUGCGAAUGUAUCUAUA____UAUCUAUAUACAUUCGCAUAUAGUGUGUAGUCUGUGUAUAACUGAUAUUUUACGUGCC
.((((((.(((((.......))))))))))).....(((((((((((((................)))))))))))))..(..(((((...((((.......)))).)))))..). (-26.87 = -27.99 +   1.12)

alignment

Postscript

secondary structure

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dotplot

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Window 9

Location 15,248,139 – 15,248,249
Length 110
Sequences 5
Columns 116
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 86.74
Mean single sequence MFE -26.12
Consensus MFE -18.61
Energy contribution -19.77
Covariance contribution 1.16
Combinations/Pair 1.10
Mean z-score -2.41
Structure conservation index 0.71
SVM decision value 0.98
SVM RNA-class probability 0.894931
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 15248139 110 - 23771897
CAGAACAGAAC--ACAUCUCUUUCUUAGUCAUUGUUCAAGUUGCAUUUGAUGCUUUGACUGCGUCAGUGCACGUCCUAUGCGAAUGUAUCUAUA----UAUCUAUAGACAUUCGCA
.((.((.((((--(.((..((.....))..)))))))..((.(((((.(((((.......)))))))))))))).)).((((((((..((((((----....)))))))))))))) ( -31.70)
>DroSec_CAF1 137339 108 - 1
CAGAACAGAAC--CCACCUCUUUCUUAGUCAUUGUUCAAGUUGCAUUUGAUGCUUUGACUGCGUCAGUGCACGUCCUAUGCGAAUGUAUCUAUA----UGUCUA--UACAUUCGCA
.((.((.((((--......((.....)).....))))..((.(((((.(((((.......)))))))))))))).)).(((((((((((.....----.....)--)))))))))) ( -28.60)
>DroSim_CAF1 145102 110 - 1
CAGAACAGAAC--CCAUCUCUUUCUUAGUCAUUGUUCAAGUUGCAUUUGAUGCUUUGACUGCGUCAGUGCACGUCCUAUGCGAAUGUAUCUAUA----UAUCUAUAUACAUUCGCA
.((.((.((((--......((.....)).....))))..((.(((((.(((((.......)))))))))))))).)).(((((((((((.((..----....)).))))))))))) ( -29.60)
>DroEre_CAF1 137285 114 - 1
CAGAACUGAAC--CCAUCUCUUUCUUAGUCAUUGUUCAAGCUGCAUUUGAUGCUUUGACUGCGUCAGUGCACGUCCUAUGCGAAUAUAUCUAUGUAUGUAUCUAAAUACAUUCGCA
.((.(((((((--......((.....)).....))))).(.((((((.(((((.......)))))))))))))).)).(((((........((((((........))))))))))) ( -24.40)
>DroAna_CAF1 129820 101 - 1
-----CAAAGCUGCCAUCCCUUUCUUAGUCAUUGUUCAAGUUGCAUUUGAUGCUUUGACUGCGUCACUGCACGUCCUAUACGAAUAUAU----A----UAUCUAUAUGAA--CUUA
-----............................(((((...((((..((((((.......)))))).))))(((.....))).......----.----........))))--)... ( -16.30)
>consensus
CAGAACAGAAC__CCAUCUCUUUCUUAGUCAUUGUUCAAGUUGCAUUUGAUGCUUUGACUGCGUCAGUGCACGUCCUAUGCGAAUGUAUCUAUA____UAUCUAUAUACAUUCGCA
.......((((........((.....)).....))))..(.((((((.(((((.......))))))))))))......(((((((((((................))))))))))) (-18.61 = -19.77 +   1.16)

alignment

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