Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 15,241,011 – 15,241,117 |
Length | 106 |
Max. P | 0.988850 |
Location | 15,241,011 – 15,241,117 |
---|---|
Length | 106 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 88.54 |
Mean single sequence MFE | -42.02 |
Consensus MFE | -34.28 |
Energy contribution | -34.58 |
Covariance contribution | 0.31 |
Combinations/Pair | 1.11 |
Mean z-score | -4.05 |
Structure conservation index | 0.82 |
SVM decision value | 2.14 |
SVM RNA-class probability | 0.988850 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 15241011 106 - 23771897 -GGCAGU----------GGGGCAGACGACAAUGCGUGACAAUAAGAGGCCACGGCUGACACUUGAACUGCGCUCUUAUUGUCAUUUAUUGUUGUUGUUUGUGCACUGCAAAAAAU---AC -.(((((----------(.(.((((((((((((.(((((((((((((((.....(........)....)).)))))))))))))....))))))))))))).)))))).......---.. ( -42.30) >DroSec_CAF1 130311 106 - 1 -GGCAGU----------GGGGCAGACGACAAUGCGUGACAAUAAGAGGCCACGGCUGACACUUGAACUGCGCUCUUAUUGUCAUUUAUUGUUGUUGUUUGUGCACUGCACAAAAU---AC -.(((((----------(.(.((((((((((((.(((((((((((((((.....(........)....)).)))))))))))))....))))))))))))).)))))).......---.. ( -42.30) >DroSim_CAF1 138117 106 - 1 -GGCAGU----------GGGGCAGACGACAAUGCGUGACAAUAAGAGGCCACGGCUGACACUUGAACUGCGCUCUUAUUGUCAUUUAUUGUUGUUGUUUGCGCACUGCAAAAAAU---AC -.(((((----------(.(.((((((((((((.(((((((((((((((.....(........)....)).)))))))))))))....))))))))))))).)))))).......---.. ( -43.90) >DroEre_CAF1 130428 106 - 1 -GGCAGU----------GAGGCAGACGACAAUGCGUGACAAUAAGAGGCCACGGCUGACACUUGAACUGCGCUCUUAUUGUCAUUUAUUGUUGUUGUUUGUGCACUGCGAAAAA---ACU -.(((((----------(..(((((((((((((.(((((((((((((((.....(........)....)).)))))))))))))....))))))))))))).))))))......---... ( -43.50) >DroYak_CAF1 136251 110 - 1 CGGUAGU----------GGGGCAGACGACAAUGCGUGACAAUAAGAGGCCACGGCUGACACUUGAACUGCGCUCUUAUUGUCAUUUAUUGUUGUUGUUUGUGCACUGCGAAAAAUAAAAC ..(((((----------(.(.((((((((((((.(((((((((((((((.....(........)....)).)))))))))))))....))))))))))))).))))))............ ( -40.30) >DroAna_CAF1 123259 115 - 1 -GGCAGGGGCUUGGGCGGGGGCAGACGACAAUGCGUGACAAUAAGAGGCCACGACUGACACUUGAACUGCGCUCUUAUUGUCAUUUAUUGUUGUC---CCUAUACUGAGAAAAAAAAGC- -........((..(...((((...(((((((((.(((((((((((((((..(((.......)))....)).))))))))))))).))))))))))---)))...)..))..........- ( -39.80) >consensus _GGCAGU__________GGGGCAGACGACAAUGCGUGACAAUAAGAGGCCACGGCUGACACUUGAACUGCGCUCUUAUUGUCAUUUAUUGUUGUUGUUUGUGCACUGCAAAAAAU___AC ..(((((...........(.(((((((((((((.(((((((((((((((.....(........)....)).))))))))))))).))))))))))...))).))))))............ (-34.28 = -34.58 + 0.31)
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