Locus 5507

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 15,100,774 – 15,100,880
Length 106
Max. P 0.652282
window8708

overview

Window 8

Location 15,100,774 – 15,100,880
Length 106
Sequences 6
Columns 110
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 73.08
Mean single sequence MFE -24.42
Consensus MFE -11.26
Energy contribution -12.54
Covariance contribution 1.28
Combinations/Pair 1.19
Mean z-score -1.78
Structure conservation index 0.46
SVM decision value 0.25
SVM RNA-class probability 0.652282
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 15100774 106 - 23771897
UGUCCAUGCUGUACAGGUGGGUGGC--UUUGUUCAACUCAAGUGAAAAAGAUAUAUGG--CAACUAUUUACUAUUCAAUUUACACUUGUAUGGCAUCUACGCAUUCAAUG
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>DroSec_CAF1 3713 93 - 1
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>DroSim_CAF1 3686 93 - 1
UGUCCAUGCUGUACAGGUGGGUGGU--UUUGUUCAACUCAAGUGAAAAAC---------------AUUUACUACUCAAUUUACACUUGUAUGGCAUCUACGCAUUCAAUG
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>DroEre_CAF1 4150 104 - 1
UGUCCAUGCUGUACAGGUAGGUGGU--CUCGUUCAACUCAAGUGGAUAAC--AUUUGG--CAACUAUUUACUAUUUAAUUUGCACUUGUAUGGCAUCUACUCAUCCAAUG
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>DroYak_CAF1 3931 104 - 1
UGUCCAUGCUGUACAGGUAGGUGGU--UUUGUUCGACUCAAAUGGAAAAC--AUUUGG--CAACUAUUUACUAUUUAAUUUACACCUGUAUGGCAUCUACGCAUGCAAUG
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>DroAna_CAF1 3492 99 - 1
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>consensus
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alignment

Postscript

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Postscript

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