Locus 5501

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 15,088,118 – 15,088,278
Length 160
Max. P 0.981661
window8697 window8698 window8699

overview

Window 7

Location 15,088,118 – 15,088,238
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 78.00
Mean single sequence MFE -52.29
Consensus MFE -32.57
Energy contribution -31.77
Covariance contribution -0.80
Combinations/Pair 1.43
Mean z-score -1.34
Structure conservation index 0.62
SVM decision value 0.00
SVM RNA-class probability 0.535392
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 15088118 120 + 23771897
CCAGUACAGCAGCUGCCAGCCACCGGACAUGCUGGCGCACGGAUUCUGUGCGGGAUCACUCCACGGAGGCGGCACUAUUCCGGCUGCCACCUGCUGCGGAUUCUGGCCGGUGGUCAGUAG
............((((..((((((((.(.(((....)))((((.((((((((((.....((....))((((((.(......))))))).))))).))))).)))))))))))))..)))) ( -52.50)
>DroVir_CAF1 4078 111 + 1
CCAGUAGAGCAGCUGCCAGCCGCCGGCCAUGCUGGCGCACGGAUUCUUUGCCGGGUCACUCCACGGCGGCGGCACAAUCCCGGCCAAUGCCUGCUGUU---GUUGU------GCCAGCAA
........((.((((((.((.((((((...)))))))).(((........)))((.....))..))))))((((((((..((((........))))..---)))))------))).)).. ( -49.90)
>DroPse_CAF1 6245 120 + 1
CCAGUAGAGCAGCUGCCAGCCCCCGGACAUGCUGGCGCAGGGGUUCGUGGCCGGAUCACUCCAGGGUGGCGGCACAAUGCCGGCCGCCACCUGAUAGCCGUGCUGUGAGCUGGUCAGCAG
...........(((((((((((((.....(((....))))))).(((..(((((.........((((((((((.(......))))))))))).....))).))..)))))))).)))).. ( -57.74)
>DroGri_CAF1 4118 108 + 1
CCAGUAAAGUAAUUGCCAGCCGCCGGCCAUGCUGGCGCAUGGAUUCUUGGCCGGAUCACUCCAUGGCGGCGGCACAAUGCCGGCCAAUGCCUGUU------GUUGU------GUCAGCAA
............((((..((((((((((((((....)))........)))))(((....)))..))))))((((((((..((((....))).)..------)))))------))).)))) ( -44.30)
>DroAna_CAF1 4209 120 + 1
CCAGUAGAGGAACUGCCAGCCUCCGGCCAUGCUGGCACAGGGGUUCUUGGCGGGAUCGCUCCAGGGCGGUGGCACAAUGCCAGCCGCCACUUGGUGGGAGUUUUGGGUGGUGGUCAGUAG
((......))..(((((((((((.((((.....))).).)))))...))))))((((((((((((((..((((.....)))).(((((....)))))..)))))))..)))))))..... ( -52.00)
>DroPer_CAF1 6394 120 + 1
CCAGUAGAGCAGCUGCCAGCCCCCGGACAUGCUGGCGCAGGGGUUCGUGGCCGGAUCACUCCAGGGUGGCGGCACAAUGCCGGCCGCCACCUGAUAGCCUUGCUGUGAGCUGGUCAGCAG
...((.((.(((((((((((..........))))))((((((.(((......(((....))).((((((((((.(......))))))))))))).).))))))....))))).)).)).. ( -57.30)
>consensus
CCAGUAGAGCAGCUGCCAGCCCCCGGACAUGCUGGCGCAGGGAUUCUUGGCCGGAUCACUCCAGGGCGGCGGCACAAUGCCGGCCGCCACCUGAUGGC__UGCUGUG_G_UGGUCAGCAG
.((((......))))..............(((((((.....((((((....))))))....((.(((((((((.........)))))))))))...................))))))). (-32.57 = -31.77 +  -0.80)

alignment

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secondary structure

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Window 8

Location 15,088,158 – 15,088,278
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 76.78
Mean single sequence MFE -54.97
Consensus MFE -33.42
Energy contribution -33.15
Covariance contribution -0.27
Combinations/Pair 1.36
Mean z-score -1.96
Structure conservation index 0.61
SVM decision value 1.19
SVM RNA-class probability 0.928066
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 15088158 120 + 23771897
GGAUUCUGUGCGGGAUCACUCCACGGAGGCGGCACUAUUCCGGCUGCCACCUGCUGCGGAUUCUGGCCGGUGGUCAGUAGGAGGAGCAGGCAGGUGAGGAUGGAGCUGCCCGCCUGCAGA
....(((((((((.....(((....)))(((((.((((((((.(((((...((((.(.....((((((...)))))).....).))))))))).)).)))))).)))))))))..))))) ( -55.70)
>DroPse_CAF1 6285 120 + 1
GGGUUCGUGGCCGGAUCACUCCAGGGUGGCGGCACAAUGCCGGCCGCCACCUGAUAGCCGUGCUGUGAGCUGGUCAGCAGCAACAGCAGGCAGGUAAUCAUGGUUGAGCCCGCCUGGAGG
(((((((..(((((((.(((...((((((((((.(......)))))))))))....(((.((((((..((((.....)))).))))))))).))).))).)))))))))))......... ( -60.30)
>DroGri_CAF1 4158 108 + 1
GGAUUCUUGGCCGGAUCACUCCAUGGCGGCGGCACAAUGCCGGCCAAUGCCUGUU------GUUGU------GUCAGCAAAAGCAGCAGGCAGGUGAGAAUGCUGCUGCACGCCUGUAUG
.(((((......)))))....((.((((((((((((...(..(((..((((((((------(((.(------(....))..))))))))))))))..)..)).)))))).)))))).... ( -42.90)
>DroYak_CAF1 5466 120 + 1
GGAUUCUGUGCGGGAUCACUCCACGGUGGGGGCACUAUUCCGGCCGCCACCUGCUGCGGAUGUUGGCCGGUGGUCAGUAGGAGCAGCAGGCAGGUGAGGAUGGAGCUGCCCGCCUGCAGA
.((((((....)))))).((.((.(((((((((.((((((..(((....((((((((...((((((((...))))))))...))))))))..)))..)))))).))).)))))))).)). ( -56.90)
>DroAna_CAF1 4249 120 + 1
GGGUUCUUGGCGGGAUCGCUCCAGGGCGGUGGCACAAUGCCAGCCGCCACUUGGUGGGAGUUUUGGGUGGUGGUCAGUAGCAGGAGCAGGCAGGUGAGGAUGGAGCUGCCCGCCUGCAGA
.((((((....))))))(((((...((..((((.....))))(((((((((..(........)..))))))))).....)).)))))..(((((((.((.........)))))))))... ( -53.70)
>DroPer_CAF1 6434 120 + 1
GGGUUCGUGGCCGGAUCACUCCAGGGUGGCGGCACAAUGCCGGCCGCCACCUGAUAGCCUUGCUGUGAGCUGGUCAGCAGCAACAGCAGGCAGGUAAUCAUGGUUGAGCCCGCCUGGAGG
(((((((..(((((((.(((...((((((((((.(......)))))))))))....((((.(((((..((((.....)))).))))))))).))).))).)))))))))))......... ( -60.30)
>consensus
GGAUUCUUGGCCGGAUCACUCCAGGGUGGCGGCACAAUGCCGGCCGCCACCUGAUGGGCAUGCUGGGAGGUGGUCAGCAGCAGCAGCAGGCAGGUGAGGAUGGAGCUGCCCGCCUGCAGA
.((((((....))))))....((.(((((((((.........))))))))))).......(((((.........)))))......((((((.(((..((......))))).))))))... (-33.42 = -33.15 +  -0.27)

alignment

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secondary structure

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dotplot

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Window 9

Location 15,088,158 – 15,088,278
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 76.78
Mean single sequence MFE -48.29
Consensus MFE -28.84
Energy contribution -29.67
Covariance contribution 0.84
Combinations/Pair 1.19
Mean z-score -2.47
Structure conservation index 0.60
SVM decision value 1.89
SVM RNA-class probability 0.981661
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 15088158 120 - 23771897
UCUGCAGGCGGGCAGCUCCAUCCUCACCUGCCUGCUCCUCCUACUGACCACCGGCCAGAAUCCGCAGCAGGUGGCAGCCGGAAUAGUGCCGCCUCCGUGGAGUGAUCCCGCACAGAAUCC
((((...(((((..(((((((....((((((.(((........(((.((...)).))).....)))))))))(((.(((......).)).)))...)))))))...))))).)))).... ( -46.62)
>DroPse_CAF1 6285 120 - 1
CCUCCAGGCGGGCUCAACCAUGAUUACCUGCCUGCUGUUGCUGCUGACCAGCUCACAGCACGGCUAUCAGGUGGCGGCCGGCAUUGUGCCGCCACCCUGGAGUGAUCCGGCCACGAACCC
......(((.((.(((.(((((((.....(((((((((.((((.....))))..)))))).))).))))(((((((((((....)).))))))))).)))..))).)).)))........ ( -55.00)
>DroGri_CAF1 4158 108 - 1
CAUACAGGCGUGCAGCAGCAUUCUCACCUGCCUGCUGCUUUUGCUGAC------ACAAC------AACAGGCAUUGGCCGGCAUUGUGCCGCCGCCAUGGAGUGAUCCGGCCAAGAAUCC
......((((.(((((((((........)).)))))))...))))...------.....------....(((..((((((((.....))))..))))((((....)))))))........ ( -39.00)
>DroYak_CAF1 5466 120 - 1
UCUGCAGGCGGGCAGCUCCAUCCUCACCUGCCUGCUGCUCCUACUGACCACCGGCCAACAUCCGCAGCAGGUGGCGGCCGGAAUAGUGCCCCCACCGUGGAGUGAUCCCGCACAGAAUCC
((((...(((((..(((((((........(((((((((......((.((...)).))......)))))))))((.((((......).))).))...)))))))...))))).)))).... ( -49.70)
>DroAna_CAF1 4249 120 - 1
UCUGCAGGCGGGCAGCUCCAUCCUCACCUGCCUGCUCCUGCUACUGACCACCACCCAAAACUCCCACCAAGUGGCGGCUGGCAUUGUGCCACCGCCCUGGAGCGAUCCCGCCAAGAACCC
(((...((((((..(((((....(((...((........))...)))......................((.(((((.((((.....))))))))))))))))...)))))).))).... ( -44.40)
>DroPer_CAF1 6434 120 - 1
CCUCCAGGCGGGCUCAACCAUGAUUACCUGCCUGCUGUUGCUGCUGACCAGCUCACAGCAAGGCUAUCAGGUGGCGGCCGGCAUUGUGCCGCCACCCUGGAGUGAUCCGGCCACGAACCC
......(((.((.(((.(((((((.....(((((((((.((((.....))))..))))).)))).))))(((((((((((....)).))))))))).)))..))).)).)))........ ( -55.00)
>consensus
CCUGCAGGCGGGCAGCACCAUCCUCACCUGCCUGCUGCUGCUACUGACCACCGCACAACACCCCCAGCAGGUGGCGGCCGGCAUUGUGCCGCCACCCUGGAGUGAUCCCGCCAAGAACCC
....((((((((..............))))))))...................................((((((((((......).)))))))))..(((....)))............ (-28.84 = -29.67 +   0.84)

alignment

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