Locus 5461

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 14,941,194 – 14,941,332
Length 138
Max. P 0.880674
window8635 window8636 window8637

overview

Window 5

Location 14,941,194 – 14,941,304
Length 110
Sequences 6
Columns 117
Reading direction forward
Mean pairwise identity 81.76
Mean single sequence MFE -30.77
Consensus MFE -17.23
Energy contribution -18.73
Covariance contribution 1.50
Combinations/Pair 1.17
Mean z-score -2.18
Structure conservation index 0.56
SVM decision value 0.08
SVM RNA-class probability 0.572783
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 14941194 110 + 23771897
ACACUGGAAAAUCCC---AA-AAAGCGAUUGGGCAUCCACAGAAUAUUGUGGCGGGAGAUAUUCCAGCAAUUG--CUCCUUUUUGCAGUGCAAAAAUGGAUUUCAAUUGUUUGGAU-
...((((((..((((---..-...((......))..((((((....)))))).))))....))))))((((((--.((((((((((...))))))).)))...)))))).......- ( -33.20)
>DroSec_CAF1 121510 111 + 1
ACACUGGAAAUUCCC---AAAAAAGCGAUUGGGCAUCCACAGAAUAUUGUGGCGGGAGAUAUUCCAGCAAUUA--UUCCUUUUUGCUGUGCAAAAAUGGAUUUCAAUUGUUUGGAU-
...((((((.(((((---......((......))..((((((....)))))).)))))...))))))(((((.--.((((((((((...))))))).)))....))))).......- ( -30.60)
>DroSim_CAF1 119248 110 + 1
ACACUGGAAAUUCCC---AAAAAAGCGAUUGGG-AUAAACAGAAUAUUGUGGCGGGAGGUAUUCCAGCAAUUA--UUCCUUUUUGCCGUGCAAAAAUGGAUUUCAAUUGUUUGGAU-
...(((.....((((---((........)))))-)....)))......(((.(....).)))((((((((((.--.((((((((((...))))))).)))....))))).))))).- ( -28.10)
>DroEre_CAF1 116250 112 + 1
UCGCUGGAAAUUCACUGGAA-AAGGCGAUUGGGCAUCCACAUAAUAUUGUGGCGGGAGAUAUUCCAGCAAUUA--UUCCUGUUUGCAGUGCAA-AAUGGUAUUCAAUUGCUUGGAU-
..((((((((((..(((...-...((......))..(((((......))))))))..))).))))))).....--.(((.(((((.(((((..-....))))))))..))..))).- ( -30.20)
>DroYak_CAF1 117203 110 + 1
GCACUGGAAAUUCCC---AA-AAAGCGGUUGGGCAUCCACAUAAUAUUGUGGCGGGAGAUAUUCCAACAAUUA--GUCCUUUUUGCAGCGCAAAAAUGGAUUUCAAUUGCUUGGAU-
..........(((((---..-...((......))..(((((......))))).)))))....(((((((((((--(((((((((((...))))))).)))))..))))).))))).- ( -33.00)
>DroPer_CAF1 169882 107 + 1
--ACUGAAAAUGCCG---AA-AAAGCGGU-GGAUAGCCAC-UAUUUUUGGGGAGGUACAUA--GUAACAAUUUUCUUCAUUUUUGCUGUGCAAAAAUGAGAAUCAAUUGUUGAGACG
--..((.(..(.((.---((-(((..(((-((....))))-).))))).)).)..).))..--.((((((((((((.(((((((((...)))))))))))))..))))))))..... ( -29.50)
>consensus
ACACUGGAAAUUCCC___AA_AAAGCGAUUGGGCAUCCACAGAAUAUUGUGGCGGGAGAUAUUCCAGCAAUUA__UUCCUUUUUGCAGUGCAAAAAUGGAUUUCAAUUGUUUGGAU_
......................((((((((((....(((((......))))).((((....))))...........((((((((((...))))))).)))..))))))))))..... (-17.23 = -18.73 +   1.50)

alignment

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secondary structure

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Window 6

Location 14,941,194 – 14,941,304
Length 110
Sequences 6
Columns 117
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 81.76
Mean single sequence MFE -28.08
Consensus MFE -17.64
Energy contribution -20.37
Covariance contribution 2.73
Combinations/Pair 1.12
Mean z-score -2.82
Structure conservation index 0.63
SVM decision value 0.91
SVM RNA-class probability 0.880674
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 14941194 110 - 23771897
-AUCCAAACAAUUGAAAUCCAUUUUUGCACUGCAAAAAGGAG--CAAUUGCUGGAAUAUCUCCCGCCACAAUAUUCUGUGGAUGCCCAAUCGCUUU-UU---GGGAUUUUCCAGUGU
-.......((((((...(((.(((((((...)))))))))).--))))))((((((....((((.(((((......)))))..((......))...-..---))))..))))))... ( -34.40)
>DroSec_CAF1 121510 111 - 1
-AUCCAAACAAUUGAAAUCCAUUUUUGCACAGCAAAAAGGAA--UAAUUGCUGGAAUAUCUCCCGCCACAAUAUUCUGUGGAUGCCCAAUCGCUUUUUU---GGGAAUUUCCAGUGU
-.......((((((...(((.(((((((...)))))))))).--))))))((((((....((((.(((((......)))))..((......))......---))))..))))))... ( -30.40)
>DroSim_CAF1 119248 110 - 1
-AUCCAAACAAUUGAAAUCCAUUUUUGCACGGCAAAAAGGAA--UAAUUGCUGGAAUACCUCCCGCCACAAUAUUCUGUUUAU-CCCAAUCGCUUUUUU---GGGAAUUUCCAGUGU
-.......((((((...(((.(((((((...)))))))))).--))))))((((((...........(((......)))...(-(((((........))---))))..))))))... ( -24.90)
>DroEre_CAF1 116250 112 - 1
-AUCCAAGCAAUUGAAUACCAUU-UUGCACUGCAAACAGGAA--UAAUUGCUGGAAUAUCUCCCGCCACAAUAUUAUGUGGAUGCCCAAUCGCCUU-UUCCAGUGAAUUUCCAGCGA
-...(((....)))....((..(-((((...)))))..))..--...(((((((((.........(((((......)))))........((((...-.....))))..))))))))) ( -26.20)
>DroYak_CAF1 117203 110 - 1
-AUCCAAGCAAUUGAAAUCCAUUUUUGCGCUGCAAAAAGGAC--UAAUUGUUGGAAUAUCUCCCGCCACAAUAUUAUGUGGAUGCCCAACCGCUUU-UU---GGGAAUUUCCAGUGC
-.....((((((((...(((.(((((((...)))))))))).--))))))))((((....((((.(((((......)))))..((......))...-..---))))..))))..... ( -29.60)
>DroPer_CAF1 169882 107 - 1
CGUCUCAACAAUUGAUUCUCAUUUUUGCACAGCAAAAAUGAAGAAAAUUGUUAC--UAUGUACCUCCCCAAAAAUA-GUGGCUAUCC-ACCGCUUU-UU---CGGCAUUUUCAGU--
.(((..(((((((..(((((((((((((...))))))))).)))))))))))..--...............(((.(-((((......-.))))).)-))---.))).........-- ( -23.00)
>consensus
_AUCCAAACAAUUGAAAUCCAUUUUUGCACUGCAAAAAGGAA__UAAUUGCUGGAAUAUCUCCCGCCACAAUAUUAUGUGGAUGCCCAAUCGCUUU_UU___GGGAAUUUCCAGUGU
........((((((...(((.(((((((...))))))))))...))))))((((((....((((.(((((......)))))..((......)).........))))..))))))... (-17.64 = -20.37 +   2.73)

alignment

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Window 7

Location 14,941,229 – 14,941,332
Length 103
Sequences 6
Columns 114
Reading direction forward
Mean pairwise identity 80.54
Mean single sequence MFE -23.57
Consensus MFE -15.84
Energy contribution -16.40
Covariance contribution 0.56
Combinations/Pair 1.29
Mean z-score -1.88
Structure conservation index 0.67
SVM decision value 0.66
SVM RNA-class probability 0.813431
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 14941229 103 + 23771897
CAGAAUAUUGUGGCGGGAGAUAUUCCAGCAAUUG--CUCCUUUUUGCAGUGCAAAAAUGGAUUUCAAUUGUUUGGAU-----UUUCAAAAUACAUU----UGUAAACAAAAACU
........((((....((((...(((((((((((--.((((((((((...))))))).)))...)))))).))))).-----))))....))))((----((....)))).... ( -25.40)
>DroSec_CAF1 121546 99 + 1
CAGAAUAUUGUGGCGGGAGAUAUUCCAGCAAUUA--UUCCUUUUUGCUGUGCAAAAAUGGAUUUCAAUUGUUUGGAU-----UUUCAGAAUACAUU----UGUAAAAAAA----
........((((....((((...((((((((((.--.((((((((((...))))))).)))....))))).))))).-----))))....))))..----..........---- ( -22.20)
>DroSim_CAF1 119283 103 + 1
CAGAAUAUUGUGGCGGGAGGUAUUCCAGCAAUUA--UUCCUUUUUGCCGUGCAAAAAUGGAUUUCAAUUGUUUGGAU-----UUUCAAAAUACAUU----UGUAAACAAAAAUA
........((((....((((...((((((((((.--.((((((((((...))))))).)))....))))).))))).-----))))....))))((----((....)))).... ( -22.20)
>DroEre_CAF1 116288 100 + 1
CAUAAUAUUGUGGCGGGAGAUAUUCCAGCAAUUA--UUCCUGUUUGCAGUGCAA-AAUGGUAUUCAAUUGCUUGGAU-----UUUCAAAACACAUU----UGUAAACAAAAA--
.((((...((((....((((...((((((((((.--..((..(((((...))))-)..)).....)))))).)))).-----))))....)))).)----))).........-- ( -23.30)
>DroYak_CAF1 117238 103 + 1
CAUAAUAUUGUGGCGGGAGAUAUUCCAACAAUUA--GUCCUUUUUGCAGCGCAAAAAUGGAUUUCAAUUGCUUGGAU-----UUUCAAAAUACAUU----UGUAAACAAAAACU
.((((...((((....((((...(((((((((((--(((((((((((...))))))).)))))..))))).))))).-----))))....)))).)----)))........... ( -24.90)
>DroPer_CAF1 169914 111 + 1
C-UAUUUUUGGGGAGGUACAUA--GUAACAAUUUUCUUCAUUUUUGCUGUGCAAAAAUGAGAAUCAAUUGUUGAGACGACGGUUUGAGUGAACGUUUGCUUGUAAACAAAUAUA
.-(((.((((.(.(((((....--.((((((((((((.(((((((((...)))))))))))))..))))))))....((((...........))))))))).)...)))).))) ( -23.40)
>consensus
CAGAAUAUUGUGGCGGGAGAUAUUCCAGCAAUUA__UUCCUUUUUGCAGUGCAAAAAUGGAUUUCAAUUGUUUGGAU_____UUUCAAAAUACAUU____UGUAAACAAAAA__
........((((....((((...((((((((((....((((((((((...))))))).)))....))))))).)))......))))....)))).................... (-15.84 = -16.40 +   0.56)

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