Locus 5429

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 14,883,209 – 14,883,321
Length 112
Max. P 0.901326
window8593

overview

Window 3

Location 14,883,209 – 14,883,321
Length 112
Sequences 6
Columns 112
Reading direction forward
Mean pairwise identity 88.99
Mean single sequence MFE -31.95
Consensus MFE -25.22
Energy contribution -24.88
Covariance contribution -0.33
Combinations/Pair 1.10
Mean z-score -3.25
Structure conservation index 0.79
SVM decision value 1.02
SVM RNA-class probability 0.901326
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 14883209 112 + 23771897
UGCAUGCGAAAUAUGUCUAGAUGGCAUUUACAAUAUUCCAUCUCUGUAUAUUAUUUUCGAUGCCGUGCAAUUGCUCCAAAUUAAUUGCAUGGCAUGUGGUGUUGCAAAAAUG
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>DroPse_CAF1 113617 112 + 1
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>DroSec_CAF1 65411 112 + 1
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>DroEre_CAF1 61849 112 + 1
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((((..(((((.(((((.((((((.((.......)).))))))..).))))...)))))((((((((((((((........)))))))))))))).......))))...... ( -33.60)
>DroAna_CAF1 53815 111 + 1
UGCAUGCGAAAUAUGUCUAGAUGGCAUUUACAAUAUUCCAUCUCUGUAUAUUAUUUUCGAUAGCAUGCAAUUGUAGGACAUUAAUUGCAUUGCAUGUG-UGAAACUGUGAUG
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>DroPer_CAF1 111930 112 + 1
UGCAUGCAAAAUAUGUGUAGAUGGCAUUUACAAUAUUCCAUCUUUGUAUAUUAUUUUCGAUGGCAUGCAAAUGCACCAAAUUAAUUGCAUUGCAUGCAGCGGUGCAAAAGUG
(((((((..(((((..(.((((((.((.......)).)))))).)..)))))..........((((((((.((((..........)))))))))))).)).)))))...... ( -32.40)
>consensus
UGCAUGCAAAAUAUGUCUAGAUGGCAUUUACAAUAUUCCAUCUCUGUAUAUUAUUUUCGAUGCCAUGCAAUUGCACCAAAUUAAUUGCAUGGCAUGUGGUGUUGCAAAAAUG
(((((((..((((((...((((((.((.......)).))))))...))))))............(((((((((........))))))))).))))))).............. (-25.22 = -24.88 +  -0.33)

alignment

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secondary structure

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