Locus 5405

Sequence ID	3L_DroMel_CAF1
Location	14,821,008 – 14,821,139
Length	131
Max. P	0.999344

overview

Window 9

Location	14,821,008 – 14,821,113
Length	105
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	93.64
Mean single sequence MFE	-34.38
Consensus MFE	-28.77
Energy contribution	-28.63
Covariance contribution	-0.14
Combinations/Pair	1.03
Mean z-score	-2.69
Structure conservation index	0.84
SVM decision value	1.52
SVM RNA-class probability	0.960599
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 14821008 105 + 23771897
GUGGCAGAAAGCUUUUAAGUGCUGUCAGCACGGA---------------AAAGAGCCAAAGUUGGUAACAGCAAAAUGGCUGCCUGCUAACAUCUUCAGUGACUGCAAACUGCAGCUCAU
.((((((....(((((..((((.....))))..)---------------))))(((((..((((....))))....)))))..)))))).........((((((((.....)))).)))) ( -35.60)
>DroSec_CAF1 55819 105 + 1
GUGGCACAAAGCUUUUAAGUGCUGUCAGCACGGA---------------AAAGAGCCAAAGUUGGUAACAGCAAAAUGGCUGCCUGCUAACAUCUUCAGUGACUGCAAACUGCAGCUCAU
.((((......(((((..((((.....))))..)---------------)))).))))..(((((((.((((......))))..))))))).......((((((((.....)))).)))) ( -34.90)
>DroSim_CAF1 49008 105 + 1
GUGGCACAAAGCUUUUAAGUGCUGUCAGCACGGA---------------AAAGAGCCAAAGUUGGUAACAGCAAAAUGGCUGCCUGCUAACAUCUUCAGUGACUGCAAACUGCAGCUCAU
.((((......(((((..((((.....))))..)---------------)))).))))..(((((((.((((......))))..))))))).......((((((((.....)))).)))) ( -34.90)
>DroEre_CAF1 56239 105 + 1
GUGGCACAAAGCUUUUAAGUGCUGUCAGCACGGA---------------AAACAGCCAAAGUUGGUAACAGCAAAAUGGCUGCCUGCUAACAUCUUCAGUGACUGCAAACUGCAGCUCAU
..(((((...........)))))((.((((.((.---------------...((((((..((((....))))....)))))))))))).)).......((((((((.....)))).)))) ( -32.10)
>DroYak_CAF1 59080 105 + 1
GUGGCACAAAGCUUUUAAGUGCUGUCAGCACGGA---------------AAAGAGCCAAAGUUGGUAACAGCAAAAUGGCUGCCUGCUAACAUCUUCAGUGACUGCAAACUGCAGCUCAU
.((((......(((((..((((.....))))..)---------------)))).))))..(((((((.((((......))))..))))))).......((((((((.....)))).)))) ( -34.90)
>DroAna_CAF1 53264 120 + 1
GUGGUACAAAGCUUUUAAGUGCUGUCAGCACGAACGGCAACAACAUGGGGCAGAGCCAAAGUUGGUAACAGCAAAAUGGCUGCCUGCUAACAUCUUCAGUGACUGCAAACUGCAGCUCAU
.((((.(...(((((...((((.....))))....(....).....))))).).))))..(((((((.((((......))))..))))))).......((((((((.....)))).)))) ( -33.90)
>consensus
GUGGCACAAAGCUUUUAAGUGCUGUCAGCACGGA_______________AAAGAGCCAAAGUUGGUAACAGCAAAAUGGCUGCCUGCUAACAUCUUCAGUGACUGCAAACUGCAGCUCAU
.((((..((.....))..((((.....)))).......................))))..(((((((.((((......))))..))))))).......((((((((.....)))).)))) (-28.77 = -28.63 +  -0.14)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 0

Location	14,821,008 – 14,821,113
Length	105
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	93.64
Mean single sequence MFE	-29.87
Consensus MFE	-27.35
Energy contribution	-27.68
Covariance contribution	0.33
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-1.07
Structure conservation index	0.92
SVM decision value	0.16
SVM RNA-class probability	0.611238
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 14821008 105 - 23771897
AUGAGCUGCAGUUUGCAGUCACUGAAGAUGUUAGCAGGCAGCCAUUUUGCUGUUACCAACUUUGGCUCUUU---------------UCCGUGCUGACAGCACUUAAAAGCUUUCUGCCAC
.(((.((((.....)))))))..((((.((.((((((.(((.....))))))))).)).))))(((.((((---------------(..((((.....))))..)))))......))).. ( -28.30)
>DroSec_CAF1 55819 105 - 1
AUGAGCUGCAGUUUGCAGUCACUGAAGAUGUUAGCAGGCAGCCAUUUUGCUGUUACCAACUUUGGCUCUUU---------------UCCGUGCUGACAGCACUUAAAAGCUUUGUGCCAC
.(((.((((.....))))))).......((((((((((((((......)))))).(((....)))......---------------....))))))))((((...........))))... ( -29.30)
>DroSim_CAF1 49008 105 - 1
AUGAGCUGCAGUUUGCAGUCACUGAAGAUGUUAGCAGGCAGCCAUUUUGCUGUUACCAACUUUGGCUCUUU---------------UCCGUGCUGACAGCACUUAAAAGCUUUGUGCCAC
.(((.((((.....))))))).......((((((((((((((......)))))).(((....)))......---------------....))))))))((((...........))))... ( -29.30)
>DroEre_CAF1 56239 105 - 1
AUGAGCUGCAGUUUGCAGUCACUGAAGAUGUUAGCAGGCAGCCAUUUUGCUGUUACCAACUUUGGCUGUUU---------------UCCGUGCUGACAGCACUUAAAAGCUUUGUGCCAC
.(((.((((.....))))))).......((((((((((((((((..(((.......)))...))))))...---------------.)).))))))))((((...........))))... ( -31.70)
>DroYak_CAF1 59080 105 - 1
AUGAGCUGCAGUUUGCAGUCACUGAAGAUGUUAGCAGGCAGCCAUUUUGCUGUUACCAACUUUGGCUCUUU---------------UCCGUGCUGACAGCACUUAAAAGCUUUGUGCCAC
.(((.((((.....))))))).......((((((((((((((......)))))).(((....)))......---------------....))))))))((((...........))))... ( -29.30)
>DroAna_CAF1 53264 120 - 1
AUGAGCUGCAGUUUGCAGUCACUGAAGAUGUUAGCAGGCAGCCAUUUUGCUGUUACCAACUUUGGCUCUGCCCCAUGUUGUUGCCGUUCGUGCUGACAGCACUUAAAAGCUUUGUACCAC
..(((((.......((((...(..(((.((.((((((.(((.....))))))))).)).)))..)..))))....((((((((((....).)).)))))))......)))))........ ( -31.30)
>consensus
AUGAGCUGCAGUUUGCAGUCACUGAAGAUGUUAGCAGGCAGCCAUUUUGCUGUUACCAACUUUGGCUCUUU_______________UCCGUGCUGACAGCACUUAAAAGCUUUGUGCCAC
.(((.((((.....))))))).......((((((((((((((......)))))).(((....))).........................))))))))((((...........))))... (-27.35 = -27.68 +   0.33)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 1

Location	14,821,042 – 14,821,139
Length	97
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	88.54
Mean single sequence MFE	-32.98
Consensus MFE	-30.78
Energy contribution	-30.95
Covariance contribution	0.17
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-3.18
Structure conservation index	0.93
SVM decision value	3.53
SVM RNA-class probability	0.999344
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 14821042 97 + 23771897
---------AAAGAGCCAAAGUUGGUAACAGCAAAAUGGCUGCCUGCUAACAUCUUCAGUGACUGCAAACUGCAGCUCAUUAGCACCUCGUGGUGCUCAC--ACAGAU------------
---------...........(((((((.((((......))))..)))))))((((..(((((((((.....)))).)))))((((((....))))))...--..))))------------ ( -31.90)
>DroSec_CAF1 55853 97 + 1
---------AAAGAGCCAAAGUUGGUAACAGCAAAAUGGCUGCCUGCUAACAUCUUCAGUGACUGCAAACUGCAGCUCAUUAGCACCUCGUGGUGCUCAC--ACAGAU------------
---------...........(((((((.((((......))))..)))))))((((..(((((((((.....)))).)))))((((((....))))))...--..))))------------ ( -31.90)
>DroSim_CAF1 49042 97 + 1
---------AAAGAGCCAAAGUUGGUAACAGCAAAAUGGCUGCCUGCUAACAUCUUCAGUGACUGCAAACUGCAGCUCAUUAGCACCUCGUGGUGCUCAC--ACAGAU------------
---------...........(((((((.((((......))))..)))))))((((..(((((((((.....)))).)))))((((((....))))))...--..))))------------ ( -31.90)
>DroEre_CAF1 56273 107 + 1
---------AAACAGCCAAAGUUGGUAACAGCAAAAUGGCUGCCUGCUAACAUCUUCAGUGACUGCAAACUGCAGCUCAUUAGCACCUCGUGGUGCUCAC--ACAGAUACUCA--CGGAU
---------......((...(((((((.((((......))))..)))))))((((..(((((((((.....)))).)))))((((((....))))))...--..)))).....--.)).. ( -34.60)
>DroYak_CAF1 59114 109 + 1
---------AAAGAGCCAAAGUUGGUAACAGCAAAAUGGCUGCCUGCUAACAUCUUCAGUGACUGCAAACUGCAGCUCAUUAGCACCUCGUGGUGAUCAC--ACAGAUACUCACACAGAU
---------...(((.....(((((((.((((......))))..)))))))((((..(((((((((.....)))).)))))..((((....)))).....--..)))).)))........ ( -31.30)
>DroAna_CAF1 53304 118 + 1
CAACAUGGGGCAGAGCCAAAGUUGGUAACAGCAAAAUGGCUGCCUGCUAACAUCUUCAGUGACUGCAAACUGCAGCUCAUUAGCACCUCGUGGUGCACACACACAGAUACACA--CACGU
..((.((.((((((((((..((((....))))....)))))..)))))...((((..(((((((((.....)))).))))).(((((....)))))........)))).....--)).)) ( -36.30)
>consensus
_________AAAGAGCCAAAGUUGGUAACAGCAAAAUGGCUGCCUGCUAACAUCUUCAGUGACUGCAAACUGCAGCUCAUUAGCACCUCGUGGUGCUCAC__ACAGAU____________
....................(((((((.((((......))))..)))))))((((..(((((((((.....)))).))))).(((((....)))))........))))............ (-30.78 = -30.95 +   0.17)

alignment

secondary structure

dotplot

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 11:49:30 2006