Locus 5365

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 14,776,281 – 14,776,452
Length 171
Max. P 0.992090
window8476 window8477 window8478

overview

Window 6

Location 14,776,281 – 14,776,382
Length 101
Sequences 4
Columns 110
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 76.97
Mean single sequence MFE -22.05
Consensus MFE -15.80
Energy contribution -15.43
Covariance contribution -0.38
Combinations/Pair 1.12
Mean z-score -1.61
Structure conservation index 0.72
SVM decision value 0.42
SVM RNA-class probability 0.728409
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 14776281 101 - 23771897
GG----CUAUAUGUCUGGCAUAUAAACAGUGCUCAGCUGUCUGACAAACAGACGUAACGUGCAAAAAAAAAAAAGGAGGAAAACAUAGCAGGG--GUAAAGCGAA---AA
.(----((.(((.((((((((.......))))((..(((((((.....)))))((.....))............))..))........)))).--))).)))...---.. ( -20.80)
>DroSec_CAF1 19167 99 - 1
GG----CUAUAUGUCUGGCAUAUAAACAGUGCUCAGCUGUCUGACAAACAGACGUAACGUGCAAAAAA-AAAAAGGAGGAAAACGUAGUAGGG--GAAAAGCGAA---A-
.(----((.((((((((((((.......))))((((....))))....))))))))((((........-.............)))).......--....)))...---.- ( -19.50)
>DroYak_CAF1 19268 104 - 1
GGCUGGCUAUAUGUCUGGCAUAUAAACAGUGCUCAGCUGUCUGACAAACAGACGUAACGUGCAAA------AAAGGAGGGGUACACAGUGGGGGAAAAAAGCGAGCGGAA
.((((..((((((.....))))))..))))((((.((((((((.....))))).....((((...------.........))))...............))))))).... ( -28.80)
>DroAna_CAF1 18823 91 - 1
AG----GUAUAUGUCUGGCAUAUAAACAGUGCUCAGCUGUCAGACAAACAGACGUAACGUGCAAAAAG-------AUACGAAAUACAGUAGGA--------CGGGCGGAA
..----...((((((((........(((((.....)))))........)))))))).(((.(......-------.(((........)))...--------.).)))... ( -19.09)
>consensus
GG____CUAUAUGUCUGGCAUAUAAACAGUGCUCAGCUGUCUGACAAACAGACGUAACGUGCAAAAAA___AAAGGAGGAAAACACAGUAGGG__GAAAAGCGAA___AA
.........((((((((........(((((.....)))))........)))))))).(.(((.........................))).).................. (-15.80 = -15.43 +  -0.38)

alignment

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secondary structure

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Window 7

Location 14,776,306 – 14,776,416
Length 110
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 73.29
Mean single sequence MFE -27.91
Consensus MFE -14.99
Energy contribution -14.99
Covariance contribution 0.00
Combinations/Pair 1.00
Mean z-score -1.89
Structure conservation index 0.54
SVM decision value 0.93
SVM RNA-class probability 0.884631
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 14776306 110 - 23771897
AUCUACAUAUAUGUGG-C---GAUG--UACUGGGCUAUAUGG----CUAUAUGUCUGGCAUAUAAACAGUGCUCAGCUGUCUGACAAACAGACGUAACGUGCAAAAAAAAAAAAGGAGGA
.(((.(((....)))(-(---.(((--(.((((((....((.----.((((((.....))))))..))..))))))..(((((.....)))))...))))))............)))... ( -27.30)
>DroSec_CAF1 19191 101 - 1
--------AUAUGUGG-G---GCUG--UACUGGGCUAUAUGG----CUAUAUGUCUGGCAUAUAAACAGUGCUCAGCUGUCUGACAAACAGACGUAACGUGCAAAAAA-AAAAAGGAGGA
--------.(((((..-(---((((--(((((((((....))----))(((((.....)))))...))))))..))))(((((.....)))))...))))).......-........... ( -25.90)
>DroEre_CAF1 18702 95 - 1
------------GCGG-GGUAGCUG--UAUAUGGCUAUAUGG----CUAUAUGUCUGGCAUACAAACAGUGCUCAGCUGUCUGACAAACAGACGUAACGCGGAAA------GCAGGAGGG
------------(((.-.(((((((--((((....)))))))----))))(((((((.....((.(((((.....))))).)).....)))))))..))).....------......... ( -30.20)
>DroYak_CAF1 19298 102 - 1
------------GCGGGGGUAGCUAGCUAUACGGCUAUAUGGCUGGCUAUAUGUCUGGCAUAUAAACAGUGCUCAGCUGUCUGACAAACAGACGUAACGUGCAAA------AAAGGAGGG
------------(((.(.(((((((((((((......)))))))))))))(((((((((((.......))))((((....))))....)))))))..).)))...------......... ( -35.80)
>DroAna_CAF1 18845 91 - 1
--------AUAUA--------GCUU--UAUGGAUGUGGGUAG----GUAUAUGUCUGGCAUAUAAACAGUGCUCAGCUGUCAGACAAACAGACGUAACGUGCAAAAAG-------AUACG
--------.....--------.(((--(.((.(((((.((..----((...(((((((((.................))))))))).))..)).).)))).)).))))-------..... ( -20.33)
>consensus
________AUAUGCGG_G___GCUG__UAUAGGGCUAUAUGG____CUAUAUGUCUGGCAUAUAAACAGUGCUCAGCUGUCUGACAAACAGACGUAACGUGCAAAAA____AAAGGAGGG
.................................................((((((((........(((((.....)))))........))))))))........................ (-14.99 = -14.99 +   0.00)

alignment

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secondary structure

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Window 8

Location 14,776,346 – 14,776,452
Length 106
Sequences 4
Columns 119
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 81.08
Mean single sequence MFE -34.58
Consensus MFE -19.39
Energy contribution -19.70
Covariance contribution 0.31
Combinations/Pair 1.03
Mean z-score -3.56
Structure conservation index 0.56
SVM decision value 2.31
SVM RNA-class probability 0.992090
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 14776346 106 - 23771897
CAGA-GUUAUAUGCGUA--UAUAUAUCCGGGAUAUAUGUAUCUACAUAUAUGUGG-C---GAUG--UACUGGGCUAUAUGG----CUAUAUGUCUGGCAUAUAAACAGUGCUCAGCUGU
....-.(((((((((((--((((((((...)))))))))))...((.((((((((-(---.(((--((......))))).)----)))))))).))))))))))(((((.....))))) ( -35.50)
>DroSec_CAF1 19230 98 - 1
CAGACGAUAUAUGCGUA--UAUAUAUCCG-GAUAUAUGU--------AUAUGUGG-G---GCUG--UACUGGGCUAUAUGG----CUAUAUGUCUGGCAUAUAAACAGUGCUCAGCUGU
(((.(.(((((((((((--(((.......-.))))))))--------)))))).)-.---.)))--..((((((....((.----.((((((.....))))))..))..)))))).... ( -33.20)
>DroEre_CAF1 18736 96 - 1
CAGA-GAUAUAUGCGUA--UAUAAGUCCG-GAUAUAUGU------------GCGG-GGUAGCUG--UAUAUGGCUAUAUGG----CUAUAUGUCUGGCAUACAAACAGUGCUCAGCUGU
....-.........(((--(....(.(((-((((((((.------------((.(-.((((((.--.....)))))).).)----)))))))))))))))))..(((((.....))))) ( -28.70)
>DroYak_CAF1 19332 105 - 1
CAGA-GAUAUAUGCGUACAUAUAUAUCCG-GAUAUAUGU------------GCGGGGGUAGCUAGCUAUACGGCUAUAUGGCUGGCUAUAUGUCUGGCAUAUAAACAGUGCUCAGCUGU
....-..(((((((((((((((((.....-.))))))))------------))(((.(((((((((((((......)))))))))))))...))).))))))).(((((.....))))) ( -40.90)
>consensus
CAGA_GAUAUAUGCGUA__UAUAUAUCCG_GAUAUAUGU____________GCGG_G___GCUG__UACAGGGCUAUAUGG____CUAUAUGUCUGGCAUAUAAACAGUGCUCAGCUGU
.......(((((((.....((((((((...)))))))).................................(((.((((((....)))))))))..))))))).(((((.....))))) (-19.39 = -19.70 +   0.31)

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