Locus 5351

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 14,764,241 – 14,764,340
Length 99
Max. P 0.885140
window8459

overview

Window 9

Location 14,764,241 – 14,764,340
Length 99
Sequences 6
Columns 117
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 82.98
Mean single sequence MFE -46.35
Consensus MFE -39.33
Energy contribution -39.62
Covariance contribution 0.28
Combinations/Pair 1.15
Mean z-score -2.09
Structure conservation index 0.85
SVM decision value 0.94
SVM RNA-class probability 0.885140
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 14764241 99 - 23771897
-------CCCGGCGAUGGUCCUGUUCCAACGCCUCCGCCAACC------ACCGCCUGUGGUCCCUGGCUCAGCACAGCCGCAUAGGUGGUUGCCGAUGAGCCAGAGGACUGC-----
-------...((((.((((...((....))((....))..)))------).)))).(..((((((((((((...(((((((....)))))))....)))))))).))))..)----- ( -46.00)
>DroPse_CAF1 8799 110 - 1
UUCUGGCCCUGGCCCUGGCCUUGGCCC----GCUCCACCAGCCGACGAUGCCGCCUGUGGGCCCUGACUCAACACCGCCGCAUAGGUGGUGGCCGCGGA---AGAGGCCUGCUGAUG
....((((..(((....)))..)))).----.......((((.......(((((((((((((..((......))..))).))))))))))((((.(...---.).)))).))))... ( -52.50)
>DroSec_CAF1 7162 99 - 1
-------CCCGGCGAUGGUCCUGCUCCAACGCCUCCGCCAACC------ACCGCCUGUGGUCCCUGGCUCAGCACAGCCGCAUAAGUGGUUGCCGAUGAGCCAGAGGACUGC-----
-------...((((.((((...((............))..)))------).)))).(..((((((((((((...(((((((....)))))))....)))))))).))))..)----- ( -47.50)
>DroSim_CAF1 7298 99 - 1
-------CCCGGCGAUGGUCCUGCUCCAACGCCUCCGCCAACC------ACCGCCUGUGGUCCCUGGCUCAGCACAGCCGCAUAAGUGGUUGCCGAUGAGCCAGAGGACUGC-----
-------...((((.((((...((............))..)))------).)))).(..((((((((((((...(((((((....)))))))....)))))))).))))..)----- ( -47.50)
>DroEre_CAF1 7055 99 - 1
-------CCCGGCGAUGGUCCUGUUCCAACGCCUCCGCCAACC------ACCGCCUGUGGUCCCUGGCUCAGCACAGCCGCAUAGGUGGUUGCCGACGAGCCGGAGGACUGC-----
-------...((((.((((...((....))((....))..)))------).)))).(..(((((((((((..(.(((((((....)))))))..)..))))))).))))..)----- ( -43.30)
>DroYak_CAF1 7063 99 - 1
-------CCCGGUGAUGGUCCCGUUCCAACGCCUCCGCCAACC------ACAGCCUGUGGUCCCUGGCUCAGCACAGCCGCGUAGGUGGUUGCCGACGAGCCGGAGGACUGC-----
-------...((((.(((.......))).))))..........------.......(..(((((((((((..(.(((((((....)))))))..)..))))))).))))..)----- ( -41.30)
>consensus
_______CCCGGCGAUGGUCCUGUUCCAACGCCUCCGCCAACC______ACCGCCUGUGGUCCCUGGCUCAGCACAGCCGCAUAGGUGGUUGCCGAUGAGCCAGAGGACUGC_____
..........((((.(((.......))).)))).......................(..(((((((((((....(((((((....))))))).....))))))).))))..)..... (-39.33 = -39.62 +   0.28)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 11:48:01 2006