Locus 5343

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 14,747,741 – 14,747,849
Length 108
Max. P 0.579425
window8445

overview

Window 5

Location 14,747,741 – 14,747,849
Length 108
Sequences 4
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 85.98
Mean single sequence MFE -33.65
Consensus MFE -22.79
Energy contribution -23.98
Covariance contribution 1.19
Combinations/Pair 1.10
Mean z-score -1.61
Structure conservation index 0.68
SVM decision value 0.09
SVM RNA-class probability 0.579425
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 14747741 108 + 23771897
AUCCCGCAAAGCUGAUAGCAUUAUGUAC------------AUGCUAUUGGGCGAAGACCCAGCUGCGAGCCCCACAUGUAAAUGUGCAGAUAGUGUGUGCUUUGUGUGUUCUAAUCAUCU
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>DroSec_CAF1 12898 118 + 1
ACCCCGCAGAGCUGAUAGCAUUAUGUACAUAUGUAUGUAGAUGCUAUUGGGCGAAGACCCAGCUGCGAGC--CACAUAUAAAUGUGCAGAUAGUGUGUGCUUUGUGUGCUCUAAUCAUCU
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>DroSim_CAF1 12491 118 + 1
ACCCCGCAGAGCUGAUAGCAUUAUGUACAUACAUAUGUACAUACUGUUGGGCGAAGACCCAGCUGCGAGC--CACAUGUAAAUGUGCAGAUAGUGUGUGCUUUGUGUGCUCUAAUCAUCU
....((((((((..((((((.(((((((((....)))))))))..((((((......)))))))))..((--.((((....))))))......)))..)))))))).............. ( -36.10)
>DroEre_CAF1 13145 106 + 1
ACCCCGCAGAGCUGAUAGCA--AUGUACAU--------AGAUGUUAUUGGGCGAAGAGCCAGCUGCAAGC--CACAUGUAAAUAUGCAGAUAGUGUGUGCUUUG--UGCCCUAAUCAUCU
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>consensus
ACCCCGCAGAGCUGAUAGCAUUAUGUACAU________AGAUGCUAUUGGGCGAAGACCCAGCUGCGAGC__CACAUGUAAAUGUGCAGAUAGUGUGUGCUUUGUGUGCUCUAAUCAUCU
....((((((((.....(((((((.(...............(((..(((((......)))))..))).....(((((....))))).).)))))))..)))))))).............. (-22.79 = -23.98 +   1.19)

alignment

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secondary structure

Postscript

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