Locus 5330

Sequence ID	3L_DroMel_CAF1
Location	14,714,331 – 14,714,465
Length	134
Max. P	0.924783

overview

Window 5

Location	14,714,331 – 14,714,445
Length	114
Sequences	6
Columns	117
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	80.56
Mean single sequence MFE	-41.52
Consensus MFE	-27.66
Energy contribution	-28.42
Covariance contribution	0.75
Combinations/Pair	1.24
Mean z-score	-1.35
Structure conservation index	0.67
SVM decision value	0.05
SVM RNA-class probability	0.558107
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 14714331 114 + 23771897
GUUGUGG---CUUGCUGAUUUCGAACAAUAUGACCGGCGGCAGUGACAUUGGUCACGCUGGAGCGCUGAUUUGUGCGCGUCAAGGUGACCGUCACCUCGGAACCCAGUCCGGCAAAC
(((...(---((.((((.((((((......((((...((((.(((((....)))))))))..((((........)))))))).((((.....))))))))))..))))..))).))) ( -40.70)
>DroPse_CAF1 49911 111 + 1
GCU---G---AUUGUUGGUUCCGUACAAUAUGACCAGCGGCGGUGACACUGGUGACGCUGGCGCGCUGAUUGGUUCGCGUCAACGUAACCGUCACCUCAGAGCCCAAACCGGCAAAC
.((---(---((((((((((...........))))))))).((((((...(((.(((.(((((((((....))..))))))).))).))))))))))))).(((......))).... ( -41.70)
>DroGri_CAF1 51386 111 + 1
A---GGG---UUUGCUGAUUCCUAACAAUAUGACCGGCGGCAGUCACAUUUGUGACGCUGGCACGCUGAUUGGUGCGCGUCAAUGUAACUGUCACCUCAGACCCAAGGCCGGCAAAG
.---...---(((((((...(((.......(((..((.((((((.((((...((((((..((((........)))))))))))))).)))))).)))))......))).))))))). ( -38.62)
>DroWil_CAF1 219262 117 + 1
GAUGUGGAUGAUUGCUGAUUCCGUACAAUAUGACCAGAGGCAGUGACAUUGGUUACCCUGUCGCGUUGAUUGGUACGCGUGAGAGUAACGGUCACCUCAGAGCCUAGACCGGCAAAG
...........((((((....((((...)))).....((((.((((((..((....))))))))(.((((((.(((.(....).))).)))))).).....))))....)))))).. ( -31.50)
>DroMoj_CAF1 58071 111 + 1
A---CGG---UUUGCUGAUUCCUAACAAUAUGACCGGCGGCUGUGACAUUGGUUACGCUGGCGCGCUGAUUGGUGCGCGUCAGAGUAACUGUCACCUCAGAGCCAAGGCCAGCAAAG
.---...---(((((((...(((..(.....)...(((.(..((((((...(((((.(((((((((........))))))))).)))))))))))..)...))).))).))))))). ( -45.60)
>DroAna_CAF1 20271 112 + 1
--UGUGG---CUUGCUGAUUCCUUACAAUAUGACCGGCGGCUGUGACACUCGUCACGCUGGCACGCUGAUUGGUGCGUGUCAGGGUGACGGUCACCUCGGAGCCGAGGCCAGCAAAU
--(((((---(((((((.................))))(((((((((...((((((.(((((((((........))))))))).))))))))))).....)))).)))))).))... ( -51.03)
>consensus
G_U_UGG___AUUGCUGAUUCCGAACAAUAUGACCGGCGGCAGUGACAUUGGUCACGCUGGCGCGCUGAUUGGUGCGCGUCAAAGUAACCGUCACCUCAGAGCCAAGGCCGGCAAAG
...........((((((........(.....)......(((.(((((...((((((..((((((((........))))))))..)))))))))))......))).....)))))).. (-27.66 = -28.42 +   0.75)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 6

Location	14,714,331 – 14,714,445
Length	114
Sequences	6
Columns	117
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	80.56
Mean single sequence MFE	-39.83
Consensus MFE	-30.85
Energy contribution	-31.00
Covariance contribution	0.15
Combinations/Pair	1.36
Mean z-score	-1.80
Structure conservation index	0.77
SVM decision value	0.82
SVM RNA-class probability	0.858934
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 14714331 114 - 23771897
GUUUGCCGGACUGGGUUCCGAGGUGACGGUCACCUUGACGCGCACAAAUCAGCGCUCCAGCGUGACCAAUGUCACUGCCGCCGGUCAUAUUGUUCGAAAUCAGCAAG---CCACAAC
((((((..((((((....((.((((((((((((((.((.((((........)))))).)).))))))...))))))..)))))))).........(....).)))))---)...... ( -42.00)
>DroPse_CAF1 49911 111 - 1
GUUUGCCGGUUUGGGCUCUGAGGUGACGGUUACGUUGACGCGAACCAAUCAGCGCGCCAGCGUCACCAGUGUCACCGCCGCUGGUCAUAUUGUACGGAACCAACAAU---C---AGC
....((.((((..((.((((.(((((((((.((((((.((((..........)))).)))))).)))...))))))(((...))).........)))).))...)))---)---.)) ( -37.10)
>DroGri_CAF1 51386 111 - 1
CUUUGCCGGCCUUGGGUCUGAGGUGACAGUUACAUUGACGCGCACCAAUCAGCGUGCCAGCGUCACAAAUGUGACUGCCGCCGGUCAUAUUGUUAGGAAUCAGCAAA---CCC---U
.............((((((((((((.((((((((((((((((((((.....).))))..))))))...))))))))).))))..((.((....)).)).))))...)---)))---. ( -38.90)
>DroWil_CAF1 219262 117 - 1
CUUUGCCGGUCUAGGCUCUGAGGUGACCGUUACUCUCACGCGUACCAAUCAACGCGACAGGGUAACCAAUGUCACUGCCUCUGGUCAUAUUGUACGGAAUCAGCAAUCAUCCACAUC
....(((((...((((.....((((((.((((((((..(((((........)))))..))))))))....)))))))))))))))..........(((...........)))..... ( -33.70)
>DroMoj_CAF1 58071 111 - 1
CUUUGCUGGCCUUGGCUCUGAGGUGACAGUUACUCUGACGCGCACCAAUCAGCGCGCCAGCGUAACCAAUGUCACAGCCGCCGGUCAUAUUGUUAGGAAUCAGCAAA---CCG---U
.(((((((.(((((((...(..(((((((((((.(((.(((((........))))).))).)))))...))))))..).))))...........)))...)))))))---...---. ( -40.70)
>DroAna_CAF1 20271 112 - 1
AUUUGCUGGCCUCGGCUCCGAGGUGACCGUCACCCUGACACGCACCAAUCAGCGUGCCAGCGUGACGAGUGUCACAGCCGCCGGUCAUAUUGUAAGGAAUCAGCAAG---CCACA--
.(((((((((((((....))))))(((((((((.(((.(((((........))))).))).)))))(.(((.......))))))))..............)))))))---.....-- ( -46.60)
>consensus
CUUUGCCGGCCUGGGCUCUGAGGUGACAGUUACCCUGACGCGCACCAAUCAGCGCGCCAGCGUAACCAAUGUCACUGCCGCCGGUCAUAUUGUAAGGAAUCAGCAAA___CCA_A_C
....((((((...(((.....((((((((((((.(((.(((((........))))).))).)))))...))))))))))))))))....((((.........))))........... (-30.85 = -31.00 +   0.15)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 7

Location	14,714,365 – 14,714,465
Length	100
Sequences	6
Columns	106
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	79.80
Mean single sequence MFE	-41.82
Consensus MFE	-24.75
Energy contribution	-25.76
Covariance contribution	1.00
Combinations/Pair	1.31
Mean z-score	-1.68
Structure conservation index	0.59
SVM decision value	0.12
SVM RNA-class probability	0.591701
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 14714365 100 + 23771897
CGGCAGUGACAUUGGUCACGCUGGAGCGCUGAUUUGUGCGCGUCAAGGUGACCGUCACCUCGGAACCCAGUCCGGCAAACGAAACAGCUGGCG---UGGA---UGG
(((..(((((...((((((..((..((((........))))..))..))))))))))).)))....(((..(((((..........)))))..---))).---... ( -37.70)
>DroVir_CAF1 50542 100 + 1
CGGCAGUGACAUUGGUUACGCUGGCGCGCUGAUUGGUGCGCGUCAAGGUAACUGUCACCUCAGAGCCAAGGCCAGCAAAGGAGACAGAUGGUG---UGGU---UGC
..((.((((((...(((((..((((((((........))))))))..))))))))))).....(((((..((((.....(....)...)))).---))))---))) ( -39.50)
>DroGri_CAF1 51417 100 + 1
CGGCAGUCACAUUUGUGACGCUGGCACGCUGAUUGGUGCGCGUCAAUGUAACUGUCACCUCAGACCCAAGGCCGGCAAAGGAGACGGACGGUG---UUGU---UGU
.((((((.((((...((((((..((((........)))))))))))))).))))))..........(((.((((.(...(....).).)))).---))).---... ( -36.70)
>DroWil_CAF1 219299 99 + 1
AGGCAGUGACAUUGGUUACCCUGUCGCGUUGAUUGGUACGCGUGAGAGUAACGGUCACCUCAGAGCCUAGACCGGCAAAGGAGACAGCUGGGG---GAGU----CG
.(((.((((((..((....))))))))..((((((.(((.(....).))).))))))((((((.(((......)))...(....)..))))))---..))----). ( -36.70)
>DroMoj_CAF1 58102 100 + 1
CGGCUGUGACAUUGGUUACGCUGGCGCGCUGAUUGGUGCGCGUCAGAGUAACUGUCACCUCAGAGCCAAGGCCAGCAAAGGACACAGACGGCG---UCGU---UGC
.((((((((((...(((((.(((((((((........))))))))).))))))))))).....)))).......((((..(((.(.....).)---)).)---))) ( -42.30)
>DroAna_CAF1 20303 106 + 1
CGGCUGUGACACUCGUCACGCUGGCACGCUGAUUGGUGCGUGUCAGGGUGACGGUCACCUCGGAGCCGAGGCCAGCAAAUGAGACGGCCGGCGGUGUGGCCGGUGG
..((((((((...((((((.(((((((((........))))))))).))))))))))(((((....))))).))))........(.((((((......)))))).) ( -58.00)
>consensus
CGGCAGUGACAUUGGUUACGCUGGCGCGCUGAUUGGUGCGCGUCAAGGUAACUGUCACCUCAGAGCCAAGGCCAGCAAAGGAGACAGACGGCG___UGGU___UGG
.(((.(((((...((((((..((((((((........))))))))..)))))))))))......)))...((((..............)))).............. (-24.75 = -25.76 +   1.00)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 8

Location	14,714,365 – 14,714,465
Length	100
Sequences	6
Columns	106
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	79.80
Mean single sequence MFE	-37.47
Consensus MFE	-26.99
Energy contribution	-26.77
Covariance contribution	-0.22
Combinations/Pair	1.35
Mean z-score	-2.13
Structure conservation index	0.72
SVM decision value	1.16
SVM RNA-class probability	0.924783
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 14714365 100 - 23771897
CCA---UCCA---CGCCAGCUGUUUCGUUUGCCGGACUGGGUUCCGAGGUGACGGUCACCUUGACGCGCACAAAUCAGCGCUCCAGCGUGACCAAUGUCACUGCCG
(((---(((.---.((.(((......))).)).))).)))....((.((((((((((((((.((.((((........)))))).)).))))))...))))))..)) ( -36.50)
>DroVir_CAF1 50542 100 - 1
GCA---ACCA---CACCAUCUGUCUCCUUUGCUGGCCUUGGCUCUGAGGUGACAGUUACCUUGACGCGCACCAAUCAGCGCGCCAGCGUAACCAAUGUCACUGCCG
(((---...(---((.....((((.((((....(((....)))..)))).))))(((((.(((.(((((........))))).))).)))))...)))...))).. ( -32.40)
>DroGri_CAF1 51417 100 - 1
ACA---ACAA---CACCGUCCGUCUCCUUUGCCGGCCUUGGGUCUGAGGUGACAGUUACAUUGACGCGCACCAAUCAGCGUGCCAGCGUCACAAAUGUGACUGCCG
...---....---........(((.((((.(((.......)))..)))).)))(((((((((((((((((((.....).))))..))))))...)))))))).... ( -33.40)
>DroWil_CAF1 219299 99 - 1
CG----ACUC---CCCCAGCUGUCUCCUUUGCCGGUCUAGGCUCUGAGGUGACCGUUACUCUCACGCGUACCAAUCAACGCGACAGGGUAACCAAUGUCACUGCCU
.(----((..---........(((.((((.(((......)))...)))).))).((((((((..(((((........)))))..))))))))....)))....... ( -33.10)
>DroMoj_CAF1 58102 100 - 1
GCA---ACGA---CGCCGUCUGUGUCCUUUGCUGGCCUUGGCUCUGAGGUGACAGUUACUCUGACGCGCACCAAUCAGCGCGCCAGCGUAACCAAUGUCACAGCCG
(((---(.((---(((.....)))))..)))).((((((......)))(((((((((((.(((.(((((........))))).))).)))))...)))))).))). ( -40.30)
>DroAna_CAF1 20303 106 - 1
CCACCGGCCACACCGCCGGCCGUCUCAUUUGCUGGCCUCGGCUCCGAGGUGACCGUCACCCUGACACGCACCAAUCAGCGUGCCAGCGUGACGAGUGUCACAGCCG
....(((((........)))))........((((((((((....))))))(((((((((.(((.(((((........))))).))).))))))...))).)))).. ( -49.10)
>consensus
CCA___ACCA___CGCCAGCUGUCUCCUUUGCCGGCCUUGGCUCUGAGGUGACAGUUACCCUGACGCGCACCAAUCAGCGCGCCAGCGUAACCAAUGUCACUGCCG
.................................(((((((....))))(((((((((((.(((.(((((........))))).))).)))))...)))))).))). (-26.99 = -26.77 +  -0.22)

alignment

secondary structure

dotplot

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