Locus 5294

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 14,635,011 – 14,635,118
Length 107
Max. P 0.739286
window8369

overview

Window 9

Location 14,635,011 – 14,635,118
Length 107
Sequences 6
Columns 115
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 73.46
Mean single sequence MFE -37.05
Consensus MFE -19.52
Energy contribution -20.47
Covariance contribution 0.95
Combinations/Pair 1.24
Mean z-score -1.69
Structure conservation index 0.53
SVM decision value 0.45
SVM RNA-class probability 0.739286
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 14635011 107 - 23771897
------AGUUUUUU--CCGCCUACCUAUCAAUUGUGUGACCAUUCCAGCACAUGCCGUCCACAUCGGAACUGGAGGCUAUAUCCUCGUUGCUACAAACCGAGUGCGGCAGAUUGG
------........--.......((.(((...(((((..........)))))(((((..(((.((((.....((((......))))((....))...))))))))))))))).)) ( -27.70)
>DroPse_CAF1 37210 115 - 1
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>DroGri_CAF1 43366 108 - 1
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((((((-----(..--((((((((((((.(((.((((((........))))))...))).)))..)))))).(((((((((....))))))))).)))..)).)))))....... ( -40.60)
>DroMoj_CAF1 6872 108 - 1
GCCUGU-----CAA--AGUCUCACCUGUCUAUGGUGUGCCCAUUCCAGCACAUGCCGUCCACAUCGGAUGAGGUGGCGAUGUCCUCAUUGCUGCACAUCGAGUGCGGCAGGUUCG
((((((-----(..--.....(((((.......((((((........))))))..(((((.....))))))))))((((((....)))))).((((.....)))))))))))... ( -42.40)
>DroAna_CAF1 32151 98 - 1
-----------------AACCCACCUGUCGAUGGUGUGGCCAUUCCAGCACAUGCCGUCCACAUCGGAGCUGGAGGCUAUGUCCUCGUUGCUGCAAACGCUGUGCGGUAGGUUCG
-----------------((((.(((...(((.((..(((((..((((((.....(((.......))).)))))))))))..)).)))..((.((....))...))))).)))).. ( -36.60)
>DroPer_CAF1 37284 115 - 1
UGCUGCUAUCUUCUGGUGUCGUACCUAUCGAUGGUGUGUCCAUUCCAGCACAAAACAUCCACAUCGGAGCUGGCAGCUAUGUCCUCAUUGCUGCAUAUGGAGUGCGGUAGAUUCG
.(((((((.((.(((((((.(.......)((((.(((((........)))))...)))).))))))))).)))))))..........(((((((((.....)))))))))..... ( -37.50)
>consensus
__CUG______UUU__AGUCCCACCUAUCGAUGGUGUGUCCAUUCCAGCACAUGCCAUCCACAUCGGAGCUGGCAGCUAUGUCCUCAUUGCUGCAUAUCGAGUGCGGCAGAUUCG
........................((((((((((.....)))))...((((......(((.....)))....(((((.(((....))).))))).......)))))))))..... (-19.52 = -20.47 +   0.95)

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