Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 14,563,836 – 14,563,976 |
Length | 140 |
Max. P | 0.704734 |
Location | 14,563,836 – 14,563,944 |
---|---|
Length | 108 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 76.62 |
Mean single sequence MFE | -54.97 |
Consensus MFE | -24.58 |
Energy contribution | -24.58 |
Covariance contribution | 0.00 |
Combinations/Pair | 1.37 |
Mean z-score | -1.99 |
Structure conservation index | 0.45 |
SVM decision value | 0.06 |
SVM RNA-class probability | 0.566073 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 14563836 108 + 23771897 UCGCAUGGGCAUGGACAUCCGCGAAGCCAUUGCUCAUGGCCGCCG------------CCAAAUGAUGACGUUGAGCCGCCGACGGGGGACUUCCCUGGGCGGCGGCCGCAAAACUAUGAU ..((((((((((((.(.((...)).)))).)))))))((((((((------------((.........(((((......)))))((((....)))).))))))))))))........... ( -51.50) >DroVir_CAF1 43525 117 + 1 UCGCAUGUGCAUGAACAUCGGCAAAUCCAUUGCUCAGACCUGCGGCAGCCGCUGCGGCCAAAUGAUGGCG---UGCCGCCGACGGCGGACUGCUCUGGGAGGCAGCCGCAAAACUGUGAU (((((..(((..(.....)(((...(((...((........))(((((((((((((((...(((....))---)...)))).)))))).)))))...)))....))))))....))))). ( -44.40) >DroGri_CAF1 44633 120 + 1 UCGCAUGCGCAUGCACAUCAGCGAAACCAUUGCUCAAGCCCGCUGCAGCUGCAGCGGCCAAAUGGUGACGCUGUGCCGCCGACGGCGGACUGCCCUGGGCGGCGGCAGCGAAACUAUGAU ((((.(((..........(((((..((((((((....))(((((((....)))))))...))))))..)))))(((((((.(.(((.....))).).))))))))))))))......... ( -58.20) >DroWil_CAF1 187444 120 + 1 UGGCAUGAGCAUGGACAUCGGCGAAUCCGUUGCUCAGGCCAGCCGCUGCCGCUGCAGCAAGAUGGUGUCUCUGCGCUGCUGACGGCGGACUUCCCUGGGUGGCGGCGGCGAAGGUAUGGU ((((.((((((((((..........)))).)))))).))))(((((((((((((((((.(((.......)))..)))))...(((.((....)))))))))))))))))........... ( -59.30) >DroMoj_CAF1 49654 120 + 1 UCGCAUGUGCAUGAACAUCGGCGAAUCCAUUGCUCAGUCCCGCGGCAGCCGCUGCGGCCAGGUGAUGGCGCUGCGCCGCCGACGGCGGGCUGCUCUGGGAGGCAGCGGCGAAGCUGUGAU ((((((((......)))).(((....((.(((((...(((((.(((((((((.(((.(((.....)))))).))((((....)))).))))))).)))))))))).))....))))))). ( -55.90) >DroAna_CAF1 35889 108 + 1 UCGCAUGGGCGUGGACAUCCGCGAAUCCAUUGCUCAUGGCCGCCG------------CCAAAUGGUGGCGCUGGGCCGCCGACGGGGGCGAUCCCUGGGCGGCCGCCGCGAAGCUGUGAU ..((((((.(((((....)))))...))).)))(((((((.((((------------((....))))))((.((((((((..(((((.....)))))))))))).).))...))))))). ( -60.50) >consensus UCGCAUGGGCAUGGACAUCGGCGAAUCCAUUGCUCAGGCCCGCCGCAGCCGCUGCGGCCAAAUGAUGGCGCUGCGCCGCCGACGGCGGACUGCCCUGGGCGGCGGCCGCGAAACUAUGAU ..((....((.....((((.((((.....))))........((.((.......)).)).....))))......(((((((.(.(((.....))).).))))))))).))........... (-24.58 = -24.58 + 0.00)
Location | 14,563,876 – 14,563,976 |
---|---|
Length | 100 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 74.36 |
Mean single sequence MFE | -48.63 |
Consensus MFE | -25.75 |
Energy contribution | -26.28 |
Covariance contribution | 0.53 |
Combinations/Pair | 1.46 |
Mean z-score | -1.69 |
Structure conservation index | 0.53 |
SVM decision value | 0.36 |
SVM RNA-class probability | 0.704734 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 14563876 100 + 23771897 CGCCG------------CCAAAUGAUGACGUUGAGCCGCCGACGGGGGACUUCCCUGGGCGGCGGCCGCAAAACUAUGAUGGCGCAUAUACGGAUUUAUCAGAUCCAUCUC------G-- .((.(------------(((..(.(((...(((.(((((((.(.((((....)))).).)))))))..)))...))).)))))))......(((((.....))))).....------.-- ( -39.70) >DroVir_CAF1 43565 109 + 1 UGCGGCAGCCGCUGCGGCCAAAUGAUGGCG---UGCCGCCGACGGCGGACUGCUCUGGGAGGCAGCCGCAAAACUGUGAUGGCGCAUAUAGGGAUUGAUGAGAUCCAUGUC------C-- .(((((....))))).((((.....))))(---(((((.((...((((.(((((......))))))))).......)).))))))......(((((.....))))).....------.-- ( -42.60) >DroGri_CAF1 44673 114 + 1 CGCUGCAGCUGCAGCGGCCAAAUGGUGACGCUGUGCCGCCGACGGCGGACUGCCCUGGGCGGCGGCAGCGAAACUAUGAUGCCGCAUAUAGGGAUUGAUGAGAUCCAUCUC------CGU .(((((....)))))(((...(((((..((((((((((((.(.(((.....))).).)))))).))))))..)))))...)))........(((..((((.....))))))------).. ( -55.20) >DroWil_CAF1 187484 112 + 1 AGCCGCUGCCGCUGCAGCAAGAUGGUGUCUCUGCGCUGCUGACGGCGGACUUCCCUGGGUGGCGGCGGCGAAGGUAUGGUGUCUCAUAUACGGAUUUAUCAGAUCCAUUUC------U-- .(((((((((((((((((.(((.......)))..)))))...(((.((....)))))))))))))))))((((((((((....))))))..(((((.....))))).))))------.-- ( -50.10) >DroMoj_CAF1 49694 112 + 1 CGCGGCAGCCGCUGCGGCCAGGUGAUGGCGCUGCGCCGCCGACGGCGGGCUGCUCUGGGAGGCAGCGGCGAAGCUGUGAUGGCGCAUGUAGGGAUUUAUUAGAUCCAUGUC------G-- ((((((.((((((((.((((.....))))((.((.(((((...))))))).))........))))))))...))))))..((((.......(((((.....))))).))))------.-- ( -52.90) >DroAna_CAF1 35929 106 + 1 CGCCG------------CCAAAUGGUGGCGCUGGGCCGCCGACGGGGGCGAUCCCUGGGCGGCCGCCGCGAAGCUGUGAUGCCGCAUAUACGGAUUGAUCAGAUCCAUGUCCACCGGC-- (((((------------((....)))))))...(((((((..(((((.....))))))))))))((((((..((......)))))......(((((.....))))).........)))-- ( -51.30) >consensus CGCCGCAGCCGCUGCGGCCAAAUGAUGGCGCUGCGCCGCCGACGGCGGACUGCCCUGGGCGGCGGCCGCGAAACUAUGAUGGCGCAUAUACGGAUUGAUCAGAUCCAUGUC______C__ .(((((.(((.....)))...............(((((((.(.(((.....))).).)))))))))))).....((((......))))...(((((.....))))).............. (-25.75 = -26.28 + 0.53)
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