Locus 5253

Sequence ID	3L_DroMel_CAF1
Location	14,509,382 – 14,509,515
Length	133
Max. P	0.653681

overview

Window 5

Location	14,509,382 – 14,509,488
Length	106
Sequences	6
Columns	116
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	75.93
Mean single sequence MFE	-38.29
Consensus MFE	-22.09
Energy contribution	-24.37
Covariance contribution	2.28
Combinations/Pair	1.16
Mean z-score	-1.42
Structure conservation index	0.58
SVM decision value	-0.07
SVM RNA-class probability	0.500000
Prediction	OTHER

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 14509382 106 - 23771897
-----UGUCGGUAGUCGGUAGUCGUUACGAUCCGAUUCUGGCCGAGUCGGGUGGUACGAUCUGCCAUCUCAGAUACACCAU---CACCAU--CACCGAUCUCUGGCAAUACGGCUG
-----((((((..((((((((((((.((.(((((((((.....))))))))).)))))).)))))......(((.....))---).....--....)))..))))))......... ( -38.70)
>DroSec_CAF1 5984 105 - 1
------GUCGGUAGUCGGUAGUGGUUACGAUCCGAUUCUGGCUGAGUCGAGUGGUACGAUCUGCGAUCUCCGAUACACCAU---CACCAC--CACCGAUCUCUGGCAAUACGGCCG
------(((((..((((((.(((((...((((((((((.....)))))).(..(......)..)))))...(((.....))---))))))--.))))))..))))).......... ( -37.70)
>DroSim_CAF1 6158 107 - 1
------GUCGGUAGUCGGUAGUCGUUACGAUCCGAUUCUGGCUGAGUCGGGUGGUACGAUCAGCGAUCUCCGAUACACCAU---CACCACAUCACCGAUCUCUGGCAAUACGGCCG
------(((((..((((.(.(((((.((.(((((((((.....))))))))).))))))).).))))..))))).......---...................(((......))). ( -39.80)
>DroEre_CAF1 6299 109 - 1
-----UGUCGGUAGUCGGUAGUCGAUACGAUUCGAUUCUGGCUGAGUCGGGUGGUGCGAUCUGCCAUCUGCGAUCUGCAAUCUACACCAG--CAACGAUCUCUGGCAAUCCGGCCG
-----.(((((..(((((((((((.(((.(((((((((.....))))))))).)))))).)))))......(((((((...........)--))..))))...)))...))))).. ( -40.50)
>DroYak_CAF1 6000 112 - 1
GUCGAUGUCGGUAGUCGGUAGUCGUUACGAUCCGAUUCUGGCUGAGUCGAGUGGUGCGAUCUGCGAUCUGCGAUCUCCUA--UACACCAG--CAGCGAUCUCUGGCAAUACGGCCG
((((.((((((..((((((((((((.((.(..((((((.....))))))..).)))))).))))...((((.........--.......)--)))))))..))))))...)))).. ( -38.69)
>DroAna_CAF1 5871 90 - 1
---------GAUAGUCGUU--UCGAUCCGAUCCGAAUCGGGUCUGGCCGGGUGGGGCGAUCUCCG-UAUAAAAAACCCCAA-----------UACCCAG--CCGGCUGUU-UGCCG
---------(((((((...--..((((((((....)))))))).(((.((((((((.........-.........))))..-----------.)))).)--)))))))))-..... ( -34.37)
>consensus
______GUCGGUAGUCGGUAGUCGUUACGAUCCGAUUCUGGCUGAGUCGGGUGGUACGAUCUGCGAUCUCCGAUACACCAU___CACCAC__CACCGAUCUCUGGCAAUACGGCCG
......(((((..(((((((((((.(((.(((((((((.....))))))))).)))))).)))).(((...))).....................))))..))))).......... (-22.09 = -24.37 +   2.28)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 6

Location	14,509,414 – 14,509,515
Length	101
Sequences	6
Columns	119
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	76.34
Mean single sequence MFE	-37.18
Consensus MFE	-22.03
Energy contribution	-23.78
Covariance contribution	1.75
Combinations/Pair	1.14
Mean z-score	-1.51
Structure conservation index	0.59
SVM decision value	0.25
SVM RNA-class probability	0.653681
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 14509414 101 - 23771897
CAUGCCCUCGAUGCGUGAUGUCGUCGA------------------UGUCGGUAGUCGGUAGUCGUUACGAUCCGAUUCUGGCCGAGUCGGGUGGUACGAUCUGCCAUCUCAGAUACACC
.......(((((((.....).))))))------------------((((.(.((..(((((((((.((.(((((((((.....))))))))).)))))).)))))..))).)))).... ( -36.90)
>DroSec_CAF1 6016 92 - 1
CAUGCCCUCGAUGCGUGAU---------------------------GUCGGUAGUCGGUAGUGGUUACGAUCCGAUUCUGGCUGAGUCGAGUGGUACGAUCUGCGAUCUCCGAUACACC
(((((.......))))).(---------------------------(((((..((((.((((.((.((.(..((((((.....))))))..).)))).).)))))))..)))))).... ( -30.90)
>DroSim_CAF1 6192 92 - 1
CAUGCCCUCGAUGCGUGAU---------------------------GUCGGUAGUCGGUAGUCGUUACGAUCCGAUUCUGGCUGAGUCGGGUGGUACGAUCAGCGAUCUCCGAUACACC
(((((.......))))).(---------------------------(((((..((((.(.(((((.((.(((((((((.....))))))))).))))))).).))))..)))))).... ( -40.80)
>DroEre_CAF1 6334 99 - 1
CAUGCCCUCGAUGCGUGAU--CGUCGU------------------UGUCGGUAGUCGGUAGUCGAUACGAUUCGAUUCUGGCUGAGUCGGGUGGUGCGAUCUGCCAUCUGCGAUCUGCA
...........((((.(((--(..((.------------------...))((((..((((((((.(((.(((((((((.....))))))))).)))))).)))))..)))))))))))) ( -39.30)
>DroYak_CAF1 6033 117 - 1
CAUGCCCUCGAUGCGUGAU--CGUCGAUGUCGAUGUCGAUGUCGAUGUCGGUAGUCGGUAGUCGUUACGAUCCGAUUCUGGCUGAGUCGAGUGGUGCGAUCUGCGAUCUGCGAUCUCCU
...(((((((((...(((.--(((((((((((....)))))))))))))).(((((((.(((((........)))))))))))).)))))).)))..((((.((.....)))))).... ( -45.60)
>DroAna_CAF1 5894 90 - 1
CAUGCCCUCGAUGCGUGAU--CGUC------------------------GAUAGUCGUU--UCGAUCCGAUCCGAAUCGGGUCUGGCCGGGUGGGGCGAUCUCCG-UAUAAAAAACCCC
..........(((((.(((--((((------------------------..((.(((.(--..((((((((....))))))))..).))).)).)))))))..))-))).......... ( -29.60)
>consensus
CAUGCCCUCGAUGCGUGAU__CGUC_____________________GUCGGUAGUCGGUAGUCGUUACGAUCCGAUUCUGGCUGAGUCGGGUGGUACGAUCUGCGAUCUCCGAUACACC
(((((.......))))).............................((((...((((...((((.(((.(((((((((.....))))))))).)))))))...))))...))))..... (-22.03 = -23.78 +   1.75)

alignment

secondary structure

dotplot

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 11:45:34 2006