Locus 5251

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 14,507,963 – 14,508,079
Length 116
Max. P 0.544973
window8303

overview

Window 3

Location 14,507,963 – 14,508,079
Length 116
Sequences 6
Columns 119
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 77.56
Mean single sequence MFE -29.78
Consensus MFE -18.08
Energy contribution -17.83
Covariance contribution -0.25
Combinations/Pair 1.30
Mean z-score -1.40
Structure conservation index 0.61
SVM decision value 0.02
SVM RNA-class probability 0.544973
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 14507963 116 - 23771897
AAAUUACACAGGGCCUGGUCAGCCCACAUCCUCCGGAUCAGUGGACAGUGGACUUCAAGCAGCCAGCCUCAGACUAUCUAUCAUUUAGGUUGGUAC---CCUAUUUACACAACUGUAAA
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>DroVir_CAF1 32668 117 - 1
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>DroPse_CAF1 4490 113 - 1
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>DroGri_CAF1 7171 115 - 1
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>DroWil_CAF1 6290 116 - 1
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>DroPer_CAF1 5013 113 - 1
AGAUAACACAGGGUCUGGUCAGUCCACAUCCGCCAGAUCAAUGGACGGUGGACUUCAAGCAGCCAGCCUCGGAUUAUCUAUCGUUUAGGUAAGUUCU-GCCUAUUC---CA--UGUAAC
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>consensus
AAAUUACACAGGGUCUGGUCAGUCCACAUCCGCCAGAUCAAUGGACGGUGGACUUCAAGCAGCCAGCAUCCGAUUAUCUAACAUUUAGGUAAGUUA___CCUAUUU___CAA_UAUAAA
...........((.(((.(.(((((((.....(((......)))...)))))))...).))))).........(((((((.....)))))))........................... (-18.08 = -17.83 +  -0.25)

alignment

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secondary structure

Postscript

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