Locus 5242

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 14,473,327 – 14,473,424
Length 97
Max. P 0.755003
window8292

overview

Window 2

Location 14,473,327 – 14,473,424
Length 97
Sequences 6
Columns 97
Reading direction forward
Mean pairwise identity 77.81
Mean single sequence MFE -41.05
Consensus MFE -27.66
Energy contribution -27.58
Covariance contribution -0.08
Combinations/Pair 1.39
Mean z-score -1.39
Structure conservation index 0.67
SVM decision value 0.49
SVM RNA-class probability 0.755003
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 14473327 97 + 23771897
GGCUCAUCCCGCUGCUCCACACCGACAAUUAUACGUUCUAGUGGUUUUGGAGGCUGGGCGGUCUCCAGGCUGCCGCGUCUUUGGGUGGGUGUGGGCU
((((((((((((....((((...(((........)))...))))..(..(((((..(((((((....)))))))..)))))..)))))).))))))) ( -41.30)
>DroVir_CAF1 106303 93 + 1
G----UUCUGUCUGUUCCACGCCCACAAUGAUGCGUUCCAACGGCUUGGGCGGACUCUGUAGCUCCAGGCUGCUGCGUCGCUGUGUGGGCGUGGGUU
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>DroSim_CAF1 85441 97 + 1
GGCUCAUCCCGCUGCUCCACACCGACAAUUAUACGUUCUAGCGGUUUCGGAGGUUGGGCGGUCUCCAGGCUGCCGCGUCUUUGGGUGGGUGUGGGCU
(((.......)))((.(((((((.((.......(((....)))....(.((((.(((((((((....))))))).)).)))).))).))))))))). ( -39.00)
>DroEre_CAF1 85603 97 + 1
GGCUCAUCCCGCUGCUCCACGCCGACAAUUAUGCGUUCCAGCGGCUUCGGAGGUUGGGCGGUCUCCAAGCUGCCGCGCCUUUGGGUGGGUGUGGGCU
((((((((((((((((..((((..........))))...))))))(((((((((..((((((......))))))..))))))))).))).))))))) ( -44.40)
>DroYak_CAF1 77101 97 + 1
GGCUCAUCCCGCUGCUCCACGCCGACAAUUAUGCGUUCCAGCGGUUUCGGCGGUUGGGAGGUCUCCAAGCUGCCGCGUCUCUGGGUGGGUGUGGGCU
((((((((((((......((((..........)))).((((.((...((((((((.(((....))).))))))))...))))))))))).))))))) ( -42.40)
>DroMoj_CAF1 31674 87 + 1
G----CUUCGCCUGCUCCACGCCCACAAUGAUGCGCUCUAACGGCUUGGGCGG------CGGCUCGAGGCUGCUGCGUCGCUGUGUCGGCUUUGGCU
(----((..(((.((.....)).((((.((((((((((.........))))((------((((.....)))))))))))).))))..)))...))). ( -34.40)
>consensus
GGCUCAUCCCGCUGCUCCACGCCGACAAUUAUGCGUUCCAGCGGCUUCGGAGGUUGGGCGGUCUCCAGGCUGCCGCGUCUCUGGGUGGGUGUGGGCU
.............((.(((((((.((......((((....(((((((.((.((((....)))).))))))))).))))......)).))))))))). (-27.66 = -27.58 +  -0.08)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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