Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 14,413,128 – 14,413,287 |
Length | 159 |
Max. P | 0.966894 |
Location | 14,413,128 – 14,413,247 |
---|---|
Length | 119 |
Sequences | 5 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 93.05 |
Mean single sequence MFE | -24.40 |
Consensus MFE | -19.34 |
Energy contribution | -19.90 |
Covariance contribution | 0.56 |
Combinations/Pair | 1.09 |
Mean z-score | -1.62 |
Structure conservation index | 0.79 |
SVM decision value | 0.35 |
SVM RNA-class probability | 0.698377 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 14413128 119 - 23771897 AAUCCGAAUAUUAUCUCUCGAUCGAUUAGAUUGGAUCUAGAUAUAUGGAUUUUACGCCGCAAUGAAAUGGAAGUUCCAUUAACAUAAAAACCACACUUUGCCAUGGG-AAUUUAUGAAUA ((((((.(((((...((.(((((.....)))))))....))))).))))))..............(((((.....)))))..((((((..((.((........))))-..)))))).... ( -22.00) >DroSec_CAF1 15418 118 - 1 AAUCCAAAUAUUAUCUCUCGAUCGAUUAGAUUGCAUCUAGAGAUAUGGAU-UUACGCCUCAAUGAAAUGGAAGUUCCAUUAACAUAAAAACCACACUUUGCCAUGUG-AAUUUAUGAAUA ((((((.....(((((((.(((((((...)))).))).))))))))))))-).............(((((.....)))))..((((((...((((........))))-..)))))).... ( -24.60) >DroSim_CAF1 29208 120 - 1 AAUCCGAAUAUUAUCUCUCGAUCGAUUAGAUUGCAUCUAGAGAUAUGGAUUUUACGCCUCAAUGAAAUGGAAGUUCCAUUAACAUAAAAACCACACUUUGCCAUGUGGAAUUUAUGAAUA ((((((.....(((((((.(((((((...)))).))).)))))))))))))..............(((((.....)))))..((((((..(((((........)))))..)))))).... ( -28.10) >DroEre_CAF1 34739 119 - 1 AAUCCGUAUAUUAUCUCUCGAUCGAUUAGAUUGCAUCUAGAGAUAUGGAUUUUACGCCUCUAUAAAAUGGAAGUCGUAUUUACAUAAAAACCACACUUUGCCAUGUG-AAUUUAUGAUUA ((((((((.....(((((.(((((((...)))).))).))))))))))))).(((((.(((((...))))).).))))....((((((...((((........))))-..)))))).... ( -24.90) >DroYak_CAF1 20740 119 - 1 GAUCCGUAUAUUAUCUCUCGAUCGAUUAGAUUGCAUCUAGAGAUAUGGAUUUUACGCCUCUAUAAAAUGGAAGUCACAUUAGCAUAAAAGCCACACUUUGCCAUGUG-AAUUUAUGAAUA ..(((((....(((((((.(((((((...)))).))).))))))).((........))........)))))..((((((..(((...(((.....)))))).)))))-)........... ( -22.40) >consensus AAUCCGAAUAUUAUCUCUCGAUCGAUUAGAUUGCAUCUAGAGAUAUGGAUUUUACGCCUCAAUGAAAUGGAAGUUCCAUUAACAUAAAAACCACACUUUGCCAUGUG_AAUUUAUGAAUA ((((((.....(((((((.(((((((...)))).))).)))))))))))))..............(((((.....)))))..((((((...((((........))))...)))))).... (-19.34 = -19.90 + 0.56)
Location | 14,413,167 – 14,413,287 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 5 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 92.42 |
Mean single sequence MFE | -27.58 |
Consensus MFE | -21.52 |
Energy contribution | -21.48 |
Covariance contribution | -0.04 |
Combinations/Pair | 1.10 |
Mean z-score | -2.48 |
Structure conservation index | 0.78 |
SVM decision value | 1.60 |
SVM RNA-class probability | 0.966894 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 14413167 120 - 23771897 UUGAUUAAUCAUUGCCUGCGUUUUUUAUUAAUCAAAUGUAAAUCCGAAUAUUAUCUCUCGAUCGAUUAGAUUGGAUCUAGAUAUAUGGAUUUUACGCCGCAAUGAAAUGGAAGUUCCAUU ........(((((((..((((..................(((((((.(((((...((.(((((.....)))))))....))))).))))))).)))).)))))))(((((.....))))) ( -29.61) >DroSec_CAF1 15457 119 - 1 UUGAUUAAUCAUUGCCAGCGUUUUAUAUUAAUCAAAUGUAAAUCCAAAUAUUAUCUCUCGAUCGAUUAGAUUGCAUCUAGAGAUAUGGAU-UUACGCCUCAAUGAAAUGGAAGUUCCAUU ........((((((...((((((.((....)).))))(((((((((.....(((((((.(((((((...)))).))).))))))))))))-))))))..))))))(((((.....))))) ( -30.30) >DroSim_CAF1 29248 120 - 1 UUGAUUAAUCAUUGCCAGCAUUUUAUAUUAAUCAAAUGUAAAUCCGAAUAUUAUCUCUCGAUCGAUUAGAUUGCAUCUAGAGAUAUGGAUUUUACGCCUCAAUGAAAUGGAAGUUCCAUU ........((((((...((..((((((((.....))))))))((((.....(((((((.(((((((...)))).))).)))))))))))......))..))))))(((((.....))))) ( -26.60) >DroEre_CAF1 34778 120 - 1 UUGAUUAAUUAUUGCCUACGUUUUUUAUUAAUCAAAUGUAAAUCCGUAUAUUAUCUCUCGAUCGAUUAGAUUGCAUCUAGAGAUAUGGAUUUUACGCCUCUAUAAAAUGGAAGUCGUAUU (((((((((....((....)).....)))))))))....(((((((((.....(((((.(((((((...)))).))).))))))))))))))(((((.(((((...))))).).)))).. ( -26.10) >DroYak_CAF1 20779 120 - 1 UUGAUUAAUUAUUGCCUACGUUUUUUAUUAAUCAAAGGUAGAUCCGUAUAUUAUCUCUCGAUCGAUUAGAUUGCAUCUAGAGAUAUGGAUUUUACGCCUCUAUAAAAUGGAAGUCACAUU (((((((((....((....)).....)))))))))(((((((((((((.....(((((.(((((((...)))).))).))))))))))))))...))))......((((.......)))) ( -25.30) >consensus UUGAUUAAUCAUUGCCUGCGUUUUUUAUUAAUCAAAUGUAAAUCCGAAUAUUAUCUCUCGAUCGAUUAGAUUGCAUCUAGAGAUAUGGAUUUUACGCCUCAAUGAAAUGGAAGUUCCAUU (((((((((...((....))......)))))))))..(((((((((.....(((((((.(((((((...)))).))).)))))))))))).))))..........(((((.....))))) (-21.52 = -21.48 + -0.04)
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