| Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 14,298,324 – 14,298,430 |
| Length | 106 |
| Max. P | 0.982339 |
| Location | 14,298,324 – 14,298,430 |
|---|---|
| Length | 106 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 108 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 88.19 |
| Mean single sequence MFE | -41.70 |
| Consensus MFE | -36.46 |
| Energy contribution | -37.35 |
| Covariance contribution | 0.89 |
| Combinations/Pair | 1.20 |
| Mean z-score | -2.68 |
| Structure conservation index | 0.87 |
| SVM decision value | 1.91 |
| SVM RNA-class probability | 0.982339 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 14298324 106 - 23771897 AGAUGCGCUGUCUAGGGGGCGUGGUC--GCAUGUCCGUGAGAGCGUGUCUGUGUGUAAGUGUGCUGAGGUGCACGCUUGUCAUAAAAUGCCGCUUAUUAUGUUGGCUA (((((((((.((..(.(((((((...--.))))))).))).))))))))).(((((((((((((......))))))))).))))....(((((.......).)))).. ( -44.70) >DroSec_CAF1 123216 106 - 1 AGAGGCGCUGUCUAGGGGGCGUGGUC--GCAUGUCCGUGAGAGCGUGUCUGUGUGUAAGUGUGCUGAGGUGCACGCUUGUCAUAAAAUGCCGCUUAUUAUGUUGGCUA (((.(((((.((..(.(((((((...--.))))))).))).))))).))).(((((((((((((......))))))))).))))....(((((.......).)))).. ( -44.00) >DroSim_CAF1 123488 106 - 1 AGAGGCGCUGUCUAGGGGGCGUGGUC--GCAUGUCCGUGAGAGCGUGUCUGUGUGUAAGUGCGCUGAGGUGCACGCUUGUCAUAAAAUGCCGCUUAUUAUGUUGGCUA (((.(((((.((..(.(((((((...--.))))))).))).))))).))).((((((((((.((......)).)))))).))))....(((((.......).)))).. ( -40.10) >DroEre_CAF1 123396 104 - 1 AGAGGCGCUGUCUAGGGGGCGUGG----CCAUGUCCGUGAGAGCGUGUCUGUGUGUAAGUGUGCUGAGGUGCACGCUUGUCAUAAAAUGCCGCUUAUUAUGUUGGCUA (((.(((((.((..(.((((((..----..)))))).))).))))).))).(((((((((((((......))))))))).))))....(((((.......).)))).. ( -41.70) >DroYak_CAF1 127307 108 - 1 AGAGGCGCUUUCUAGGGGGCGUGGUCCCCCAUGUCCGUGAGAGCGUGUCUGUGUGUAAGUGUGCUGAGGUGCACGCUUGUCAUAAAAUGCCGCUUAUUAUGUUGGCUA (((.((((((((..(.((((((((....)))))))).))))))))).))).(((((((((((((......))))))))).))))....(((((.......).)))).. ( -48.40) >DroAna_CAF1 118107 104 - 1 GGGCGCCUGGCCAAAGGGGCGUGGCC--UCACAGUAUCUACGGUGUGCCUGCAUGU--GUAUGUUAAGGUGCACGCUUGUCAUAAAAUGCCGCUUAUUAUGUUGGCUA .......(((((((..(((((.(((.--.(((.((....)).))).))).((((..--.((((...((((....))))..))))..)))))))))......))))))) ( -31.30) >consensus AGAGGCGCUGUCUAGGGGGCGUGGUC__GCAUGUCCGUGAGAGCGUGUCUGUGUGUAAGUGUGCUGAGGUGCACGCUUGUCAUAAAAUGCCGCUUAUUAUGUUGGCUA (((.(((((.((....(((((((......)))))))..)).))))).))).(((((((((((((......))))))))).))))....(((((.......).)))).. (-36.46 = -37.35 + 0.89)
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