| Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 14,282,438 – 14,282,558 |
| Length | 120 |
| Max. P | 0.500000 |
| Location | 14,282,438 – 14,282,558 |
|---|---|
| Length | 120 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 89.83 |
| Mean single sequence MFE | -48.10 |
| Consensus MFE | -38.40 |
| Energy contribution | -36.77 |
| Covariance contribution | -1.63 |
| Combinations/Pair | 1.24 |
| Mean z-score | -2.07 |
| Structure conservation index | 0.80 |
| SVM decision value | -0.06 |
| SVM RNA-class probability | 0.500000 |
| Prediction | OTHER |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 14282438 120 + 23771897 CGCGUGGUGGUCGUGUCUGGCAUUCGCCUGGUUUUUGGCCGCUGGCCUCAAAUGGGGCCACGAGGCGAUUGAGAACAAGUCGCACUUAUUCCACCUGGUUGCCUGGGCGGUGCCCGCCCU ..(((((((((((...(((((....))).))....))))))))((((((....)))))))))(((((((((.(((.(((.....))).)))))....)))))))((((((...)))))). ( -51.30) >DroVir_CAF1 119286 120 + 1 UGCGUGGUGGUCGUGUUUGGCCUUUGCGUGGUUCCUGGCCGCUGGACUCAAAUGGGGCCACGAGGCAAUUGAAAAUAAAUCUCAUUUAUUCCAUUUGGUUGCCUGGGCGGUGCCCGCACU (((...((((((.(((((((((.....(((((.....))))).)).).)))))).)))))).(((((((..(((((((((...)))))))...))..)))))))((((...))))))).. ( -45.00) >DroPse_CAF1 105090 120 + 1 CGCGUGGUGGUCGUGCCUCGCGUUCGCCUGGUUCCUGGCUGCCGGCCUCAAAUGGGGCCACGAGGCAAUUGAAAAUAAAUCGCAUUUAUUCCAUUUGGUUGCCUGGGCGGUGCCCGCCCU ..(((((..((((.(((..((....))..)))...))))..))((((((....)))))))))(((((((..(((((((((...)))))))...))..)))))))((((((...)))))). ( -54.60) >DroGri_CAF1 130071 120 + 1 UGCGUGGUGGUCAUGUUUGGCUUUUGCCUGGUUCCUGGCCGCCGGACUUAAAUGGGGCCACGAGGCAAUUGAAAAUAAAUCUCAUUUAUUCCAUUUGGUUGCCUGGGCGGUGCCCGCACU (((((((((((((.(...(((....))).....).))))))))).........((.(((.(.(((((((..(((((((((...)))))))...))..))))))).)..))).)))))).. ( -46.90) >DroWil_CAF1 146406 120 + 1 UGCCUGGUGGUCGUGCUUGGCAUUCGCCUGGUUCCUGGCUGCUGGCCUCAAAUGGGGCCACGAGGCAAUUGAAAAUAAAUCACAUUUAUUCCAUUUGGUUGCUUGGGCGGUUCCCGCACU .....((..((((.(((.(((....))).)))...))))..))((((((....)))))).(.(((((((..(((((((((...)))))))...))..))))))).)((((...))))... ( -44.50) >DroMoj_CAF1 145241 120 + 1 UGCCUGGUGGUCAUGUUUGGCUUUUGCGUGGUUCCUGGCCGCCGGACUUAAAUGGGGCCACGAGGCAAUUGAAAAUAAAUCUCAUUUAUUCCAUUUGGUUGCCUGGGCGGUGCCCGCACU (((((((((((((.(..(.((......)).)..).))))))))))........((((((.(.(((((((..(((((((((...)))))))...))..))))))).)..))).)))))).. ( -46.30) >consensus UGCGUGGUGGUCGUGUUUGGCAUUCGCCUGGUUCCUGGCCGCCGGACUCAAAUGGGGCCACGAGGCAAUUGAAAAUAAAUCUCAUUUAUUCCAUUUGGUUGCCUGGGCGGUGCCCGCACU .((..((((((((.(((..((....))..)))...))))))))..........((((((.(.(((((((..(((((((((...)))))))...))..))))))).)..))).)))))... (-38.40 = -36.77 + -1.63)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 11:44:06 2006