Locus 5182

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 14,261,137 – 14,261,241
Length 104
Max. P 0.849154
window8203

overview

Window 3

Location 14,261,137 – 14,261,241
Length 104
Sequences 6
Columns 106
Reading direction forward
Mean pairwise identity 98.09
Mean single sequence MFE -34.87
Consensus MFE -34.12
Energy contribution -33.70
Covariance contribution -0.42
Combinations/Pair 1.09
Mean z-score -0.91
Structure conservation index 0.98
SVM decision value 0.78
SVM RNA-class probability 0.849154
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 14261137 104 + 23771897
GUACGUGCAUGUACUUCAAGAGCGUCCAGCGCACACUUUUCGCCGUUAGCCGCGUGGCUUGUGGCGUAUCUGUAUCUUGAAUGUUGCAUGCCACAGACGCCA--UC
((..((((((((((((((((((((.....)))(((.....(((((..((((....))))..)))))....))).))))))).).)))))).)))..))....--.. ( -38.50)
>DroSec_CAF1 91602 104 + 1
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((..(((((((((((((.((((((.....)))(((.....(((((..((((....))))..)))))....))).))).))).).)))))).)))..))....--.. ( -33.90)
>DroSim_CAF1 91700 104 + 1
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((..(((((((((((((.((((((.....)))(((.....(((((..((((....))))..)))))....))).))).))).).)))))).)))..))....--.. ( -33.90)
>DroEre_CAF1 91008 104 + 1
GUACGUGCAUGUACUUCAAGAGCGUCCAGCGCACACUUUUCGCCGUUAGCCGCGUGGCUUGUGGCGUAUCUGUAUCUCGGAUGUUGCAUGCCACAGACGCCA--UC
((..(((((((((((((.((((((.....)))(((.....(((((..((((....))))..)))))....))).))).))).).)))))).)))..))....--.. ( -33.90)
>DroYak_CAF1 94586 104 + 1
GUACGUGCAUGUACUUCAAGAGCGUCCAGCGCACACUUUUCGCCGUUAGCCGCGUGGCUUGUGGCGUAUCUGUAUCUCGGAUGUUGCAUGCCACAGACGCCA--UC
((..(((((((((((((.((((((.....)))(((.....(((((..((((....))))..)))))....))).))).))).).)))))).)))..))....--.. ( -33.90)
>DroAna_CAF1 87448 106 + 1
GUACGUGCAUGUACUUCAGGAGCGUCCAGCGCACACUUUUUGCCGUUAGCCGCGUGGCUUGUGGCGUAUCUGUAUCUCGGAUGUUGCAUGCCACAGACGCCACAUC
(((((....)))))....(..(((((..((((..((........))..).)))(((((.((..((..(((((.....)))))))..)).))))).)))))..)... ( -35.10)
>consensus
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((..(((((((((((((.((((((.....)))(((.....(((((..((((....))))..)))))....))).))).))).).)))))).)))..))........ (-34.12 = -33.70 +  -0.42)

alignment

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