Locus 5141

Sequence ID	3L_DroMel_CAF1
Location	14,131,858 – 14,131,952
Length	94
Max. P	0.724856

overview

Window 4

Location	14,131,858 – 14,131,952
Length	94
Sequences	6
Columns	117
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	81.63
Mean single sequence MFE	-29.01
Consensus MFE	-22.76
Energy contribution	-22.23
Covariance contribution	-0.53
Combinations/Pair	1.13
Mean z-score	-1.57
Structure conservation index	0.78
SVM decision value	0.41
SVM RNA-class probability	0.724856
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 14131858 94 + 23771897
AGUUGACGCUUCCACAGCCGAUUGGCAGCCAAUCGGGCCU-------GUUGCUC---CUCUGUUUGCCAUCGUUUAGUGGCCAGCAGUCAAAUCAAAUAC---UAUA----------
..(((((((....((((((((((((...))))))))..))-------)).))..---...((((.(((((......))))).))))))))).........---....---------- ( -29.90)
>DroPse_CAF1 146574 97 + 1
AGUUGACACGACCACAGCUGAUUGGCAGCCAAUCGAGCCU-------GUUGCUC---CUCUGUUUGUCAUCGUUUAGUGGCCAGCAGUCAAACCAAACAGAUCUACA----------
.((.((..........(((((((((...)))))).)))((-------(((....---..(((((.(((((......))))).)))))........))))).)).)).---------- ( -24.44)
>DroEre_CAF1 128866 94 + 1
AGUUGACGCUUCCACAGCCGAUUGGCAGCCAAUCGGGCCU-------GUUGCUC---CUCUGUUUGCCAUCGUUUAGUGGCCAGCAGUCAAGUCAAACAC---UAUA----------
..(((((((....((((((((((((...))))))))..))-------)).))..---..(((((.(((((......))))).)))))....)))))....---....---------- ( -32.30)
>DroYak_CAF1 135637 94 + 1
AGUUGACGCUUCCACAGCCGAUUGGCAGCCAAUCGGGCCU-------GUUGCUC---CUCUGUUUGCCAUCGUUUAGUGGCCAGCAGUCAAGUCAAAUAG---UAUA----------
..(((((((....((((((((((((...))))))))..))-------)).))..---..(((((.(((((......))))).)))))....)))))....---....---------- ( -32.30)
>DroMoj_CAF1 143354 117 + 1
AGUUGACGCCGCCACAGCUGAUUAGAAGCCAAUCGAGCCCAGAAGGCGCAACUCGCGCUCUGUUUGCCAUCGUUUAGUGGCAGCCAGUCAAAUCAAACAAAGCCCCAAGAAACUGAA
..(((((((.(((((.(((.......)))....(((...((((.(((((.....)))))...))))...)))....))))).))..))))).......................... ( -30.70)
>DroPer_CAF1 147906 97 + 1
AGUUGACACGACCACAGCUGAUUGGCAGCCAAUCGAGCCU-------GUUGCUC---CUCUGUUUGUCAUCGUUUAGUGGCCAGCAGUCAAACCAAACAGAUCUACA----------
.((.((..........(((((((((...)))))).)))((-------(((....---..(((((.(((((......))))).)))))........))))).)).)).---------- ( -24.44)
>consensus
AGUUGACGCUUCCACAGCCGAUUGGCAGCCAAUCGAGCCU_______GUUGCUC___CUCUGUUUGCCAUCGUUUAGUGGCCAGCAGUCAAAUCAAACAG___UACA__________
..(((((.........(((((((((...)))))).)))......................((((.(((((......))))).))))))))).......................... (-22.76 = -22.23 +  -0.53)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 5

Location	14,131,858 – 14,131,952
Length	94
Sequences	6
Columns	117
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	81.63
Mean single sequence MFE	-32.12
Consensus MFE	-21.68
Energy contribution	-20.98
Covariance contribution	-0.69
Combinations/Pair	1.12
Mean z-score	-1.45
Structure conservation index	0.67
SVM decision value	0.04
SVM RNA-class probability	0.555084
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 14131858 94 - 23771897
----------UAUA---GUAUUUGAUUUGACUGCUGGCCACUAAACGAUGGCAAACAGAG---GAGCAAC-------AGGCCCGAUUGGCUGCCAAUCGGCUGUGGAAGCGUCAACU
----------....---.........(((((.(((..((((....((((((((..(((.(---(.((...-------..))))..)))..)))).))))...)))).)))))))).. ( -33.30)
>DroPse_CAF1 146574 97 - 1
----------UGUAGAUCUGUUUGGUUUGACUGCUGGCCACUAAACGAUGACAAACAGAG---GAGCAAC-------AGGCUCGAUUGGCUGCCAAUCAGCUGUGGUCGUGUCAACU
----------.((.(((.((((((((....(....)...))))))))(((((..((((..---((((...-------..))))((((((...))))))..)))).)))))))).)). ( -26.60)
>DroEre_CAF1 128866 94 - 1
----------UAUA---GUGUUUGACUUGACUGCUGGCCACUAAACGAUGGCAAACAGAG---GAGCAAC-------AGGCCCGAUUGGCUGCCAAUCGGCUGUGGAAGCGUCAACU
----------....---.........(((((.(((..((((....((((((((..(((.(---(.((...-------..))))..)))..)))).))))...)))).)))))))).. ( -33.20)
>DroYak_CAF1 135637 94 - 1
----------UAUA---CUAUUUGACUUGACUGCUGGCCACUAAACGAUGGCAAACAGAG---GAGCAAC-------AGGCCCGAUUGGCUGCCAAUCGGCUGUGGAAGCGUCAACU
----------....---.........(((((.(((..((((....((((((((..(((.(---(.((...-------..))))..)))..)))).))))...)))).)))))))).. ( -33.20)
>DroMoj_CAF1 143354 117 - 1
UUCAGUUUCUUGGGGCUUUGUUUGAUUUGACUGGCUGCCACUAAACGAUGGCAAACAGAGCGCGAGUUGCGCCUUCUGGGCUCGAUUGGCUUCUAAUCAGCUGUGGCGGCGUCAACU
............(.((((((((((..(((..(((......)))..)))...)))))))))).).(((((((((.((..((((.((((((...))))))))))..)).)))).))))) ( -39.80)
>DroPer_CAF1 147906 97 - 1
----------UGUAGAUCUGUUUGGUUUGACUGCUGGCCACUAAACGAUGACAAACAGAG---GAGCAAC-------AGGCUCGAUUGGCUGCCAAUCAGCUGUGGUCGUGUCAACU
----------.((.(((.((((((((....(....)...))))))))(((((..((((..---((((...-------..))))((((((...))))))..)))).)))))))).)). ( -26.60)
>consensus
__________UAUA___CUGUUUGAUUUGACUGCUGGCCACUAAACGAUGGCAAACAGAG___GAGCAAC_______AGGCCCGAUUGGCUGCCAAUCAGCUGUGGAAGCGUCAACU
..........................(((((.((...((((....(..((.....))..)..................((((.((((((...))))))))))))))..))))))).. (-21.68 = -20.98 +  -0.69)

alignment

secondary structure

dotplot

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