Locus 513

Sequence ID	3L_DroMel_CAF1
Location	1,514,543 – 1,514,730
Length	187
Max. P	0.912658

overview

Window 9

Location	1,514,543 – 1,514,652
Length	109
Sequences	6
Columns	109
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	82.08
Mean single sequence MFE	-45.28
Consensus MFE	-31.10
Energy contribution	-32.05
Covariance contribution	0.95
Combinations/Pair	1.36
Mean z-score	-3.07
Structure conservation index	0.69
SVM decision value	1.08
SVM RNA-class probability	0.912658
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 1514543 109 + 23771897
UCCGUGGCCGUCAUCUGCGGCAGCAUGUAGAAGUGAUUGCUGCUGUUGCACAUCAGGCCGCGAUGCAGAUCGUCCAGAUAGCUGGGAUCAACAGAUCCCAGGCUGUUCA
..(((((((...((.((((((((((.((((......)))))))))))))).))..)))))))..(((((((.....)))..((((((((....)))))))).))))... ( -49.60)
>DroPse_CAF1 24288 109 + 1
UCUGUGGCCGUCAUUUGGGGCAGCAGUUGGAAGUGCAUGCUAGCAUUGGCUCUAAGCUGCCGAUGAAGGCCAUCCAGAUAGUCGGGGCUGAUGGAGUCUCUGCUAUUGA
...((((((.(((((...((((((..((((((((((......)))))...)))))))))))))))).))))))...((((((.((((((.....)))))).)))))).. ( -44.70)
>DroSec_CAF1 19581 109 + 1
UCCGUGGCCGUCAUCUGCGGCAGCAAGUAGAAAUGAUUGCUGCUGUUGCACAUCAGCCCGCGAUGCAGGUCGUCCAAAUAGCUGGGAUCAACAGAUCCCACGCUGUUCA
....(((.((..((((((((((((((.((....)).))))))))(((((..........))))))))))))).)))(((((((((((((....))))))).)))))).. ( -46.00)
>DroSim_CAF1 20087 109 + 1
UCCGUGGCCGUCAUCUGCGGCAGCAAGUAAAAGUGAUUGCUGCUGUUGCACAUCAGCCCGCGAUGCAGGUCGUCCAAAUAGCUGGGAUCAACAGAUCCCACGCUGUUCA
..(((((.(...((.((((((((((.((((......)))))))))))))).))..).))))).....((....)).(((((((((((((....))))))).)))))).. ( -43.90)
>DroEre_CAF1 21133 109 + 1
UCGGUGGCCGUCAUCUGUGGCAGCAAGUAGAAGUGAUUGCUGCUGUUGCACAUCAGGCCACAAUGCAGGGCGUCCAGAUAGCUGGGAUCAACAGAUCCUAGACUGUGCA
...((((((...((.((..((((((.((((......))))))))))..)).))..))))))..(((.((....))..((((((((((((....)))))))).))))))) ( -46.70)
>DroYak_CAF1 19316 109 + 1
UCCGUGGCAGUCAUCUGCGGCAGCAAGUAGAAGUGAUUGCUGCUGUUGCAUGUCAGUCCACGAUGCAGGGCGUCCAGAUAGCUGGGUUCAACAGAUCCCAGGCUGCUCA
...(((((.(.((((.((((((((((..........)))))))))).).))).).).))))(((((...)))))..((((((((((.((....)).)))).)))).)). ( -40.80)
>consensus
UCCGUGGCCGUCAUCUGCGGCAGCAAGUAGAAGUGAUUGCUGCUGUUGCACAUCAGCCCGCGAUGCAGGUCGUCCAGAUAGCUGGGAUCAACAGAUCCCAGGCUGUUCA
....(((.((...(((((((((((((..........))))))))(((((..........)))))))))).)).)))(((((((((((((....))))))).)))))).. (-31.10 = -32.05 +   0.95)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 0

Location	1,514,612 – 1,514,730
Length	118
Sequences	6
Columns	118
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	80.96
Mean single sequence MFE	-41.55
Consensus MFE	-24.84
Energy contribution	-25.60
Covariance contribution	0.76
Combinations/Pair	1.28
Mean z-score	-1.94
Structure conservation index	0.60
SVM decision value	0.27
SVM RNA-class probability	0.662398
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 1514612 118 + 23771897
UCGUCCAGAUAGCUGGGAUCAACAGAUCCCAGGCUGUUCACUAUAGUGAUGGCAUGCAAGCGAUGCACGCGGCCGAUCCUGUCCAGAAACAGAGCCAGCUCGAAAGCGCGGUCAAAGU
(((.((..((((((((((((....))))))).)))))((((....))))..((.((((.....)))).)))).)))..((((......)))).(((.((.(....).)))))...... ( -40.80)
>DroVir_CAF1 21747 116 + 1
GCAUCCAGAAAUCCUGCACCAGUGGCGCCGGCGCUGUGCACUAUGCUGAUGGCCUGCAGCUGAUGGACGCGUCCGAUGCGUGCCAAGAACUGCGCCAUAUUC--GUGCCGUUCACAGC
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>DroSec_CAF1 19650 118 + 1
UCGUCCAAAUAGCUGGGAUCAACAGAUCCCACGCUGUUCACUAUAGUAAUGGCAUGCAAGCGAUGCACGCGGCCGAUCCUGUCCAGAAACAGAGCCAGUUCAAAGGCACGGUCAAAGU
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>DroSim_CAF1 20156 118 + 1
UCGUCCAAAUAGCUGGGAUCAACAGAUCCCACGCUGUUCACUAUAGUAAUGGCAUGCAAGCGAUGCACGCGGCCGAUCCUGUCCAAAAACAGAGCCAGUUCAAAGGCACGGUCAAAGU
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>DroEre_CAF1 21202 118 + 1
GCGUCCAGAUAGCUGGGAUCAACAGAUCCUAGACUGUGCACUAUAGUGAUGGCAUGCAAGCGAUGCACGCGGCCAAUCCUGUUCAGAAACAGAGCCAGUUCAUUGGGACGCGCAAAGU
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>DroYak_CAF1 19385 118 + 1
GCGUCCAGAUAGCUGGGUUCAACAGAUCCCAGGCUGCUCACUAUAGUGAUGGCAUUCAAGCGAUGCACGCGGCCGAUCCUGUCCAGAAACAGAGCCAGUUCAUGGGGACGCUCAAAGC
((((((..((((((((........((((...((((((((((....))))..(((((.....)))))..))))))))))((((......))))..)))))).))..))))))....... ( -44.50)
>consensus
GCGUCCAGAUAGCUGGGAUCAACAGAUCCCACGCUGUUCACUAUAGUGAUGGCAUGCAAGCGAUGCACGCGGCCGAUCCUGUCCAGAAACAGAGCCAGUUCAAAGGCACGGUCAAAGU
((((((..((((((((((((....))))))).)))))............((((......(((.....)))........((((......)))).)))).......)).))))....... (-24.84 = -25.60 +   0.76)

alignment

secondary structure

dotplot

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