| Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 14,047,938 – 14,048,058 |
| Length | 120 |
| Max. P | 0.678228 |
| Location | 14,047,938 – 14,048,058 |
|---|---|
| Length | 120 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 83.22 |
| Mean single sequence MFE | -44.83 |
| Consensus MFE | -33.04 |
| Energy contribution | -32.41 |
| Covariance contribution | -0.63 |
| Combinations/Pair | 1.41 |
| Mean z-score | -1.92 |
| Structure conservation index | 0.74 |
| SVM decision value | 0.30 |
| SVM RNA-class probability | 0.678228 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 14047938 120 - 23771897 CGGUGUCGGAGCCAUCAUCCUCAUCCCCCGAUGAGGGCGGCGUCUCCAGCAUCGGCAUCGAAAGGUCCAGAUAGGCAUCGUUUGGAUUGCUACUAGCCUGCUGCAGGAUCCCAUCGAAAC (((((..((((((....((((((((....)))))))).))).(((.(((((..(((..(....)((((((((.......))))))))........)))))))).))).)))))))).... ( -43.50) >DroVir_CAF1 44672 120 - 1 CAGUUUCAGAGCCGUCCUCCUCAUCGCUGGAGGAUGGCGGCGUCUCCAACAUUGGCAUCGAUAGAUCCAAGUACGCAUCGUUCGGAUUGCUGCUAGCCUGCUGCAAUAUGCCAUCAAAAC ........((((((((((((........))))))))))(((((.((((((.((((.(((....)))))))(....)...))).)))((((.((......)).)))).))))).))..... ( -43.50) >DroGri_CAF1 44421 120 - 1 CUGUUUCAGAGCCAUCCUCCUCAUCGCCUGAGGAAGGCGGCGUCUCCAGCAUUGGUAUCGAUAAAUCCAAAUACGCAUCGUUGGGAUUACUGCUAGCCUGUUGCAGUAUCCCAUCGAAAC .((((..((((((..(.((((((.....)))))).)..))).)))..))))((((...........)))).......(((.((((((.(((((.........))))))))))).)))... ( -39.90) >DroWil_CAF1 59187 120 - 1 CCGUAUCGGAGCCAUAAUCUUCAUCGCCCGAUGAUGGCGGCGUUUCCAGCAUGGGCAUGGAGAGAUCCAAGUAAGCAUCAUUGGGAUUACUGCUAGCCUGUUGCAGUAUGCCAUCGAAAC ..((.((((.((((......(((((....)))))))))(((((.....((((((((.(((((.(((((.(((.......))).))))).)).)))))))).)))...))))).)))).)) ( -37.00) >DroMoj_CAF1 49118 120 - 1 CAGUUUCAGAGCCGUCGUCCUCAUCGCCCGAGGACGGCGGCGUCUCCAGCAUUGGCAUGGAUAGAUCCAAAUACGCAUCGUUGGGAUUACUGCUCGCCUGCUGCAGUAUGCCAUCGAAAC ..((((((((((((((((((((.......)))))))))))).))).......((((((.....(((((....(((...)))..)))))(((((.........)))))))))))..))))) ( -49.70) >DroAna_CAF1 48237 120 - 1 CGGUAUCGGAGCCCUCGUCCUCGUCCCCCGACGAGGGCGGUGUCUCCAGCAUGGGCAUGGAGAGGUCCAGAUAGGCGUCGUUCGGAUUGCUACUGGCCUGCUGCAAGAUGCCGUCGAAGC (((((((((((.(.(((((((((((....))))))))))).).)))).((((((((....((..((((.(((....)))....))))..))....))))).)))..)))))))....... ( -55.40) >consensus CAGUUUCAGAGCCAUCAUCCUCAUCGCCCGAGGAGGGCGGCGUCUCCAGCAUUGGCAUCGAUAGAUCCAAAUACGCAUCGUUGGGAUUACUGCUAGCCUGCUGCAGUAUGCCAUCGAAAC ........(((((((((((..........)))))))))(((((((.(((((..(((.......(((((.(((.......))).))))).......)))))))).)).))))).))..... (-33.04 = -32.41 + -0.63)
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