| Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 14,039,382 – 14,039,502 |
| Length | 120 |
| Max. P | 0.575258 |
| Location | 14,039,382 – 14,039,502 |
|---|---|
| Length | 120 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 79.61 |
| Mean single sequence MFE | -43.73 |
| Consensus MFE | -24.39 |
| Energy contribution | -25.28 |
| Covariance contribution | 0.90 |
| Combinations/Pair | 1.59 |
| Mean z-score | -1.81 |
| Structure conservation index | 0.56 |
| SVM decision value | 0.08 |
| SVM RNA-class probability | 0.575258 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 14039382 120 + 23771897 UGUUGUGCUAGAAAACUUGGAUGUACUGGCCCACGCUGCUGGAGAGCAGUCCAGUCAGGAUGGAGAGUACUACAAUCGCAUGGCGGAUACUGUGUAUCAGUUGAUUGUUCAGUAUACCAC .((..(((..((....(((...(((((...(((..((((((((......))))).)))..)))..)))))..))))))))..))((((((((...(((....)))....)))))).)).. ( -37.30) >DroVir_CAF1 35811 120 + 1 UGUGGUGCUGGAGAAUCUGGAUGUGCUGGCGCAUGCUGCCGGCGAGCAGUCCAGCCAGGAUGGCGAGUACUUCAACCGCAUGGCAGACACUGUCCAUCAGCUCAUCAUGCAGUAUACCAG ..(((((((((.....((((((.((((((((.....))))))))....))))))))))(((((((.((......)))))(((((((...))).)))).....))))........))))). ( -42.50) >DroGri_CAF1 35282 120 + 1 UGUUGUGCUGGAGAAUCUAGAUGUGCUCGCGCAUGCGGCCGGUGAGCAAUCUAGCCAGGAUGGCGAGUACUUCAACCGGAUGGCGGACACCGUCCACCAGCUGAUAAUGCAGUACACCAG ((.(((((((.(..(((..((.((((((((.(((.((((..(........)..))).).))))))))))).))....((((((......)))))).......)))..).))))))).)). ( -48.00) >DroWil_CAF1 49756 120 + 1 UGUUGUAAUUGAAAAUCUCGAUGUACUCGCCCAUGCGGCAGGUGAACAAUCUAGCCAGGAUGGUGAAUAUUAUAAUCGUAUGGCCGAUACAGUGCAUCAAUUAAUUAUGCAGUAUACAAC .((((((((((........((((((((((.(((((((((((((.....)))).)))..(((.((((...)))).))))))))).)))....)))))))...........)))).)))))) ( -34.11) >DroMoj_CAF1 40619 120 + 1 UGUAGUGCUGGAGAAUCUGGAUGUGCUCGCCCAUGCGUCGGCAGAGCAGUCCAGCCAGGAUGGCGAGUACUUCAAUCGUAUGGCAGACACGGUGCACCAGCUCAUCAUGCAGUACACCAG ((((.(((((..((..((((..(((((((((..(((.((....)))))((((.....))))))))))))).......((((.(......).)))).)))).))..)).))).)))).... ( -43.50) >DroAna_CAF1 40684 120 + 1 CGUCGUCCUGGAGAACCUGGACGUCCUGGCCCAUUCGGCCGGGGAGCAGUCCAGCCAGGAUGGCGAGUACUACAACCGCAUGGCGGACACCGUCCACCAACUGAUCGUCCAGUACACCAG (((((((((((.....((((((.((((((((.....))))))))....))))))))))))))))).(((((.......(((((.((((...)))).)))..)).......)))))..... ( -56.94) >consensus UGUUGUGCUGGAGAAUCUGGAUGUGCUCGCCCAUGCGGCCGGAGAGCAGUCCAGCCAGGAUGGCGAGUACUACAACCGCAUGGCGGACACCGUCCACCAGCUGAUCAUGCAGUACACCAG ((((((.((((.....((((((.((((((((.....))))))))....)))))))))).)))))).(((((......((((((......))))))....((.......)))))))..... (-24.39 = -25.28 + 0.90)
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