Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 14,013,382 – 14,013,502 |
Length | 120 |
Max. P | 0.643107 |
Location | 14,013,382 – 14,013,502 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 79.50 |
Mean single sequence MFE | -45.46 |
Consensus MFE | -33.62 |
Energy contribution | -33.10 |
Covariance contribution | -0.52 |
Combinations/Pair | 1.51 |
Mean z-score | -1.18 |
Structure conservation index | 0.74 |
SVM decision value | 0.23 |
SVM RNA-class probability | 0.643107 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 14013382 120 + 23771897 GUGGCGUGAGUACCACAAAUGUGGUGGAAGGUUAGCCGGUCAUCGUUCCUGGCUAUGGCUCGCGUGCUGGAAAUGGUCUCACUUAGGCCGCCGGCAGCGCCAGCGGCAUUCAUCUCGCUC ((((.(((((((((((....))))).........((((((((.......)))))...(((.(((((((((....(((((.....))))).)))))).))).)))))))))))).)))).. ( -48.40) >DroVir_CAF1 10912 120 + 1 GUGGCAUGACUGCCGCAAAUGGGAUGAAAUGUGAGGCGAUCAUCGUUGCGUGCUAUGGCCCGUGUGCUGGAUAUAGUUUCGCUUAGCCCGCCAGCUGCGCCGGCCACGUUCAUUUCGCUC ((((((....))))))....(..(((((.(((...(((((....))))).......((((.(((((((((.....(((......)))...))))).)))).))))))))))))..).... ( -44.10) >DroGri_CAF1 11012 120 + 1 GUGGCAUGGCUGCCGCAGAUGUGAUGAAAUGUGAGCCGAUCAUCGUUGCGUGCGAUGGCCCGUGUGCUGGAUAUGGUCUCGCUCAAUCCACCAGCUGCACCGGCUACAUUCAUUUCGCUC ((((((....))))))....((((((((.(((.(((((.(((((((.....)))))))...(((((((((...(((...........)))))))).))))))))))))))))..)))).. ( -45.80) >DroWil_CAF1 12552 120 + 1 UUGGCAUGAGUGCCGCAUAUAUGAUGAAAUGUUAAACGAUCAUCGUUACGGGCAAUGGCUCGUGUACUGGAUAUGGUUUCACUUAGACCACUUACGGCACCAGCCACUUGCAUUUCACUC .((((.((.((((((.......(((((..((.....)).)))))(((((((((....))))))).))......((((((.....))))))....)))))))))))).............. ( -35.50) >DroMoj_CAF1 11101 120 + 1 GUGGCAUGGCUGCCGCAAAUGUGAUGGAACGUGAGGCGAUCAUCGUUGCGUGCAAUGGCGCGCGUGCUGGAGAUGGUUUCGCUCAGGCCGCCAGCCGCGCCGGCCACGUUCAUCUCGCUC ((((((....))))))....((((..(((((((.(.((....((((((....)))))).(((((.(((((....(((((.....))))).)))))))))))).))))))))...)))).. ( -54.40) >DroAna_CAF1 16676 120 + 1 GUGGCAUGAGUGCCGCAUAUGUGAUGGAAAGUCAAGCGAUCAUCAUUCCUAGCUGUGGCCCGAGUACUGGAUAUGGUCUCGCUCAGGCCGCCCGUUGCUCCGGCGACAUUCAUCUCGCUC ((((.(((((((.(((....(..((((.......(((..............)))((((((.((((...((((...)))).)))).))))))))))..)....))).))))))).)))).. ( -44.54) >consensus GUGGCAUGACUGCCGCAAAUGUGAUGAAAUGUGAGGCGAUCAUCGUUGCGUGCUAUGGCCCGUGUGCUGGAUAUGGUCUCGCUCAGGCCGCCAGCUGCGCCGGCCACAUUCAUCUCGCUC ((((((....))))))...((.((((((..(((.((((.....))))...)))..(((((.(((((((((...((((((.....))))))))))).)))).)))))..)))))).))... (-33.62 = -33.10 + -0.52)
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