Locus 5100

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 13,985,976 – 13,986,077
Length 101
Max. P 0.972750
window8080

overview

Window 0

Location 13,985,976 – 13,986,077
Length 101
Sequences 5
Columns 106
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 81.17
Mean single sequence MFE -22.22
Consensus MFE -17.20
Energy contribution -20.28
Covariance contribution 3.08
Combinations/Pair 1.16
Mean z-score -2.33
Structure conservation index 0.77
SVM decision value 1.70
SVM RNA-class probability 0.972750
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 13985976 101 - 23771897
-----UAGAAUCUAUAAUUAUAUAUAGAGCGAUCCAUAUUUUUGAUGUGUUAAUGCUGAUUGGUAUUAAUGCGGAUCGCUUAAAUCAUUAGGUUUAUAUAAAUGUA
-----.......((((.((((((...(((((((((.((....))..(((((((((((....))))))))))))))))))))(((((....))))))))))).)))) ( -27.70)
>DroSec_CAF1 23188 101 - 1
-----UAGAAUCUAUAAUUAUAUUUAGAGCGAUCCAUAUUUUUGAUAUGUUAAUGCUGAAUGGUAUUAAUGCGGAUCGCUUCAAUCAUUAGGUUUAUAUAAUUGUA
-----.......(((((((((((...((((((((((((((...)))))(((((((((....)))))))))..))))))))).((((....)))).))))))))))) ( -27.30)
>DroSim_CAF1 21667 101 - 1
-----UAGAAUCUAUAAUUAUAUCUAGAGCGAUCCAUAUUUUUGAUAUGUUAAUGCUGAUUGGUAUUAAUGAGGAUCGCUUCAAUCAUUAGGUUUAUAUAAUUGUA
-----.......(((((((((((...((((((((((((((...)))))(((((((((....)))))))))..))))))))).((((....)))).))))))))))) ( -27.20)
>DroEre_CAF1 23649 92 - 1
-----UAGAGUCUAUUUUUAAAUAUUGA---AUCUAUAUAUUGCAUGUGUUG------AUGACUACGAAUGCGGAUCACUCAAAUCAUUAGGUUUAUAUAAUUGUA
-----....................(((---(((((.....(((((.(((..------......))).)))))(((.......)))..)))))))).......... ( -10.60)
>DroYak_CAF1 23721 106 - 1
AUACCCAGAAUCUAUAAUUAAAUAUUAAGCGAUCCAUAUAUUGCAUGUGUUGAUGCUGAUGACUACUAAUGCGGAUCGCUAAAAUCAUUAGACUUAUAUAAUUGUA
............((((((((.(((...((((((((...((((((((......)))).))))....(....).))))))))....((....))..))).)))))))) ( -18.30)
>consensus
_____UAGAAUCUAUAAUUAUAUAUAGAGCGAUCCAUAUUUUUGAUGUGUUAAUGCUGAUUGGUAUUAAUGCGGAUCGCUUAAAUCAUUAGGUUUAUAUAAUUGUA
............(((((((((((...(((((((((((((.....))))(((((((((....)))))))))..)))))))))(((((....)))))))))))))))) (-17.20 = -20.28 +   3.08)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

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