Locus 5098

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 13,980,585 – 13,980,742
Length 157
Max. P 0.993754
window8075 window8076 window8077 window8078

overview

Window 5

Location 13,980,585 – 13,980,705
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 73.29
Mean single sequence MFE -42.92
Consensus MFE -22.30
Energy contribution -24.47
Covariance contribution 2.17
Combinations/Pair 1.26
Mean z-score -2.14
Structure conservation index 0.52
SVM decision value 1.58
SVM RNA-class probability 0.965377
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 13980585 120 + 23771897
AAAAGGAGCCAACAAAGGUGGAACCCAAGCCCGGCGAGUCUCUGCUGCGCUCGACAGCGACUGUAACUGCAACACCUACUGCGGCAACAAUCGCUGCGACAACUCUGCUCGAUGUGAGCA
.......((..(((..((..((......((.(((((......))))).))(((.((((((.(((..(((((........)))))..))).)))))))))....))..).)..)))..)). ( -39.00)
>DroPse_CAF1 19401 106 + 1
AGGUGGUGCAGCCGAAAGUGGAGCCCAAGCCAGGGGAAUCUCUGCUGCGCAGCACAGCUACAGCUGCAGCCACAUCCACAGCCACAGCGGUAGCACCAGCAC-----CAGG---------
.(.((((((.(((....(((((((...(((.((((....)))))))))(((((.........))))).......))))).((....))))).)))))).)..-----....--------- ( -41.50)
>DroSec_CAF1 17813 120 + 1
AAAAGGAGCCAACAAAGGUGGAACCCAAGCCGGGCGAGUCUCUGCUGCGCACGACAGCGACUGUAACUGCAACAACUACUGCAGCAGCAAUCGCUGCGACAACUCUGCUCGACGUGAGCA
.......((..((...((......))..(.(((((((((...(((...)))((.((((((.(((..(((((........)))))..))).))))))))...)))).))))).)))..)). ( -37.80)
>DroEre_CAF1 18326 120 + 1
AAAAGGAGCCCACGAAGGUGGAGCCCAAACCGGGCGAGUCUCUGCUACGCACUACAGCAACUGCAACUGCAUCAACAACUGCAGCAGCAGUCGCUGCGACAACUCUGCUCGAUGUGAGCA
....(((((((((....)))).((((.....))))..).))))(((.((((...((((.(((((..(((((........)))))..))))).))))(((((....)).))).))))))). ( -47.90)
>DroYak_CAF1 18284 120 + 1
AAAAGGAGCCCACGAAGGUGGAGCCCAAGCCGGGCGAGUCUUUGCUGCGCACGACAGCAACUGUAACUGCAACACCAACUGCAGCAGCAGUCGCUGCGGCCACGCUGCUCGAUGUUAGCA
....((.((((((....)))).))))..((..(.(((((....((((.((.((.((((.(((((..(((((........)))))..))))).)))))))))).)).)))))...)..)). ( -50.00)
>DroPer_CAF1 26081 106 + 1
AGGUGGUGCAGCCGAAAGUGGAGCCCAAGCCAGGAGAGUCUCUGCUGCGCAGCACAGCUACAGCUGCAGCCACAUCCACAGCCACAGCGGUAGCACCAGCAC-----CAGG---------
.(.((((((.(((....(((((......(((((.((.....)).))).)).((.((((....))))..))....))))).((....))))).)))))).)..-----....--------- ( -41.30)
>consensus
AAAAGGAGCCAACGAAGGUGGAGCCCAAGCCGGGCGAGUCUCUGCUGCGCACGACAGCAACUGCAACUGCAACAACAACUGCAGCAGCAGUCGCUGCGACAACUCUGCUCGAUGUGAGCA
.....((((.......((..((((((......)).)...)))..))........((((((((((..(((((........)))))..))))))))))..........)))).......... (-22.30 = -24.47 +   2.17)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

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Window 6

Location 13,980,585 – 13,980,705
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 73.29
Mean single sequence MFE -49.05
Consensus MFE -31.01
Energy contribution -29.85
Covariance contribution -1.16
Combinations/Pair 1.42
Mean z-score -2.09
Structure conservation index 0.63
SVM decision value 1.98
SVM RNA-class probability 0.984535
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 13980585 120 - 23771897
UGCUCACAUCGAGCAGAGUUGUCGCAGCGAUUGUUGCCGCAGUAGGUGUUGCAGUUACAGUCGCUGUCGAGCGCAGCAGAGACUCGCCGGGCUUGGGUUCCACCUUUGUUGGCUCCUUUU
(((((.....)))))(((((.(((((((((((((.((.((((......)))).)).)))))))))).)))((...))...)))))(((((.(..(((.....)))..))))))....... ( -46.90)
>DroPse_CAF1 19401 106 - 1
---------CCUG-----GUGCUGGUGCUACCGCUGUGGCUGUGGAUGUGGCUGCAGCUGUAGCUGUGCUGCGCAGCAGAGAUUCCCCUGGCUUGGGCUCCACUUUCGGCUGCACCACCU
---------..((-----((((.((((((((.((((..((..(....)..))..)))).))))).(((..((.((((..((......)).)).)).))..))).....)))))))))... ( -45.50)
>DroSec_CAF1 17813 120 - 1
UGCUCACGUCGAGCAGAGUUGUCGCAGCGAUUGCUGCUGCAGUAGUUGUUGCAGUUACAGUCGCUGUCGUGCGCAGCAGAGACUCGCCCGGCUUGGGUUCCACCUUUGUUGGCUCCUUUU
(((((.....)))))((((.(((((((((((((..(((((((......)))))))..))))))))).)).)).((((((((....((((.....)))).....))))))))))))..... ( -50.60)
>DroEre_CAF1 18326 120 - 1
UGCUCACAUCGAGCAGAGUUGUCGCAGCGACUGCUGCUGCAGUUGUUGAUGCAGUUGCAGUUGCUGUAGUGCGUAGCAGAGACUCGCCCGGUUUGGGCUCCACCUUCGUGGGCUCCUUUU
.(((((.((((.((.(((((.(((((((((((((.((((((........)))))).)))))))))))..(((...)))))))))))).)))).)))))(((((....)))))........ ( -54.60)
>DroYak_CAF1 18284 120 - 1
UGCUAACAUCGAGCAGCGUGGCCGCAGCGACUGCUGCUGCAGUUGGUGUUGCAGUUACAGUUGCUGUCGUGCGCAGCAAAGACUCGCCCGGCUUGGGCUCCACCUUCGUGGGCUCCUUUU
..........((((.((.(((((((((((((((..(((((((......)))))))..))))))))).)).)).))))........((((.....)))).((((....))))))))..... ( -50.60)
>DroPer_CAF1 26081 106 - 1
---------CCUG-----GUGCUGGUGCUACCGCUGUGGCUGUGGAUGUGGCUGCAGCUGUAGCUGUGCUGCGCAGCAGAGACUCUCCUGGCUUGGGCUCCACUUUCGGCUGCACCACCU
---------..((-----((((.((((((((.((((..((..(....)..))..)))).))))).(((..((.((((.(((...)))...)).)).))..))).....)))))))))... ( -46.10)
>consensus
UGCUCACAUCGAGCAGAGUUGCCGCAGCGACUGCUGCUGCAGUAGAUGUUGCAGUUACAGUAGCUGUCGUGCGCAGCAGAGACUCGCCCGGCUUGGGCUCCACCUUCGUCGGCUCCUUUU
..........((((......((.(((((((((((.(((((((......))))))).)))))))))))...))(.(((.(((.((.....)))))..))).)..........))))..... (-31.01 = -29.85 +  -1.16)

alignment

Postscript

secondary structure

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Window 7

Location 13,980,625 – 13,980,742
Length 117
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 69.04
Mean single sequence MFE -35.19
Consensus MFE -18.96
Energy contribution -22.27
Covariance contribution 3.31
Combinations/Pair 1.24
Mean z-score -2.02
Structure conservation index 0.54
SVM decision value 1.75
SVM RNA-class probability 0.975471
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 13980625 117 + 23771897
UCUGCUGCGCUCGACAGCGACUGUAACUGCAACACCUACUGCGGCAACAAUCGCUGCGACAACUCUGCUCGAUGUGAGCAAAGUGGCAUUCAAGACUCG---ACCACCUCUCAAACUGGA
..(((..((.(((.((((((.(((..(((((........)))))..))).)))))))))).....(((((.....)))))..)..)))...........---.(((..........))). ( -35.80)
>DroPse_CAF1 19441 105 + 1
UCUGCUGCGCAGCACAGCUACAGCUGCAGCCACAUCCACAGCCACAGCGGUAGCACCAGCAC-----CAGG----------AGGUGCAAUCAAUUCCCGUCCGCUAACCCUCAAGAUGAA
..((((....))))..(((((.((((..((..........))..)))).)))))....((((-----(...----------.)))))..........((((.............)))).. ( -27.92)
>DroSec_CAF1 17853 117 + 1
UCUGCUGCGCACGACAGCGACUGUAACUGCAACAACUACUGCAGCAGCAAUCGCUGCGACAACUCUGCUCGACGUGAGCAAAGUGGCAGUCAAGACUCG---ACCACCACUCAAGCUGGA
((((((((.((((.((((((.(((..(((((........)))))..))).))))))(((((....)).))).)))).))..(((((..(((.......)---))..)))))..))).))) ( -41.10)
>DroEre_CAF1 18366 117 + 1
UCUGCUACGCACUACAGCAACUGCAACUGCAUCAACAACUGCAGCAGCAGUCGCUGCGACAACUCUGCUCGAUGUGAGCAAAGUGGCAGUCAAGACUAA---ACCCCCUCUUAAGCUGGA
.(((((((......((((.(((((..(((((........)))))..))))).)))).........(((((.....)))))..)))))))..........---.((..((....))..)). ( -37.70)
>DroYak_CAF1 18324 117 + 1
UUUGCUGCGCACGACAGCAACUGUAACUGCAACACCAACUGCAGCAGCAGUCGCUGCGGCCACGCUGCUCGAUGUUAGCAAAGCGGCAGUGAAGACUAA---ACCACCUGUUAAACUGGA
((..((((((.((.((((.(((((..(((((........)))))..))))).))))))))..(((((((.......)))..))))))))..))......---....((.(.....).)). ( -40.70)
>DroPer_CAF1 26121 105 + 1
UCUGCUGCGCAGCACAGCUACAGCUGCAGCCACAUCCACAGCCACAGCGGUAGCACCAGCAC-----CAGG----------AGGUGCAAUCAAUUCCCGUCCGCUAACCCUCAAGAUGAA
..((((....))))..(((((.((((..((..........))..)))).)))))....((((-----(...----------.)))))..........((((.............)))).. ( -27.92)
>consensus
UCUGCUGCGCACGACAGCAACUGCAACUGCAACAACAACUGCAGCAGCAGUCGCUGCGACAACUCUGCUCGAUGUGAGCAAAGUGGCAGUCAAGACUCG___ACCACCUCUCAAGCUGGA
..((((((......((((((((((..(((((........)))))..)))))))))).........((((.......))))..))))))................................ (-18.96 = -22.27 +   3.31)

alignment

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Window 8

Location 13,980,625 – 13,980,742
Length 117
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 69.04
Mean single sequence MFE -46.10
Consensus MFE -28.87
Energy contribution -28.73
Covariance contribution -0.13
Combinations/Pair 1.41
Mean z-score -2.37
Structure conservation index 0.63
SVM decision value 2.42
SVM RNA-class probability 0.993754
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 13980625 117 - 23771897
UCCAGUUUGAGAGGUGGU---CGAGUCUUGAAUGCCACUUUGCUCACAUCGAGCAGAGUUGUCGCAGCGAUUGUUGCCGCAGUAGGUGUUGCAGUUACAGUCGCUGUCGAGCGCAGCAGA
.....((((....(((.(---(((.........((.(((((((((.....))))))))).))..((((((((((.((.((((......)))).)).)))))))))))))).)))..)))) ( -45.20)
>DroPse_CAF1 19441 105 - 1
UUCAUCUUGAGGGUUAGCGGACGGGAAUUGAUUGCACCU----------CCUG-----GUGCUGGUGCUACCGCUGUGGCUGUGGAUGUGGCUGCAGCUGUAGCUGUGCUGCGCAGCAGA
............(((.(((((((..........(((((.----------...)-----))))....(((((.((((..((..(....)..))..)))).)))))))).))))..)))... ( -40.30)
>DroSec_CAF1 17853 117 - 1
UCCAGCUUGAGUGGUGGU---CGAGUCUUGACUGCCACUUUGCUCACGUCGAGCAGAGUUGUCGCAGCGAUUGCUGCUGCAGUAGUUGUUGCAGUUACAGUCGCUGUCGUGCGCAGCAGA
..((((((((((((..((---(((...)))))..))))))(((((.....))))))))))).(((((((((((..(((((((......)))))))..))))))))).))(((...))).. ( -54.40)
>DroEre_CAF1 18366 117 - 1
UCCAGCUUAAGAGGGGGU---UUAGUCUUGACUGCCACUUUGCUCACAUCGAGCAGAGUUGUCGCAGCGACUGCUGCUGCAGUUGUUGAUGCAGUUGCAGUUGCUGUAGUGCGUAGCAGA
....(((...((((.(((---(.......)))).))(((((((((.....)))))))))..))(((((((((((.((((((........)))))).))))))))))).......)))... ( -51.20)
>DroYak_CAF1 18324 117 - 1
UCCAGUUUAACAGGUGGU---UUAGUCUUCACUGCCGCUUUGCUAACAUCGAGCAGCGUGGCCGCAGCGACUGCUGCUGCAGUUGGUGUUGCAGUUACAGUUGCUGUCGUGCGCAGCAAA
....(((....(((((((---..(((....))))))))))....))).....((.(((((.(.((((((((((..(((((((......)))))))..)))))))))).)))))).))... ( -45.20)
>DroPer_CAF1 26121 105 - 1
UUCAUCUUGAGGGUUAGCGGACGGGAAUUGAUUGCACCU----------CCUG-----GUGCUGGUGCUACCGCUGUGGCUGUGGAUGUGGCUGCAGCUGUAGCUGUGCUGCGCAGCAGA
............(((.(((((((..........(((((.----------...)-----))))....(((((.((((..((..(....)..))..)))).)))))))).))))..)))... ( -40.30)
>consensus
UCCAGCUUGAGAGGUGGU___CGAGUCUUGACUGCCACUUUGCUCACAUCGAGCAGAGUUGCCGCAGCGACUGCUGCUGCAGUAGAUGUUGCAGUUACAGUAGCUGUCGUGCGCAGCAGA
...........................(((.((((.((.(((((.......))))).)).((.(((((((((((.(((((((......))))))).)))))))))))...))))))))). (-28.87 = -28.73 +  -0.13)

alignment

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