| Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 13,948,441 – 13,948,546 |
| Length | 105 |
| Max. P | 0.850227 |
| Location | 13,948,441 – 13,948,546 |
|---|---|
| Length | 105 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 78.88 |
| Mean single sequence MFE | -38.42 |
| Consensus MFE | -28.57 |
| Energy contribution | -29.13 |
| Covariance contribution | 0.56 |
| Combinations/Pair | 1.33 |
| Mean z-score | -1.52 |
| Structure conservation index | 0.74 |
| SVM decision value | 0.79 |
| SVM RNA-class probability | 0.850227 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 13948441 105 - 23771897 U---C----------UA--UAGAUCUCAGCGAACUGAGCUCGGAUCUGCCCACCUUGUUGGGCGUCUCCACGGGCAUCGCAGUUCUGGCCGGGCUCAUCUGCAUGGUGCUGCAUCUGUUC .---.----------.(--(((((..((((((((((.(((((((..((((((......))))))..)))..))))....))))))..((((.((......)).)))))))).)))))).. ( -41.20) >DroVir_CAF1 3701 106 - 1 UC--U----------UG--CAGAUCUCAGCGAACUGGGCUCGGAUUUGCCCACUCUGCUGGGCGUUUCUACGGGCAUUGCGGUGCUGGCGGGUCUCAUCUGCAUGGUGCUGCAUCUGUUC ..--.----------.(--((((..((((....))))(((((((..((((((......))))))..))..)))))..(((((..(((((((((...)))))).)))..)))))))))).. ( -42.20) >DroGri_CAF1 3377 108 - 1 UCGAU----------UG--CAGAUCUCAGCGAGCUGAGCUCCGAUCUGCCCACAUUGUUGGGCGUCUCAUCUGGCAUUGCGGUGCUGGCGGGUCUCAUUUGCAUGGUGCUGCAUCUGUUU ..(((----------.(--(((...((((((((.((((..((((..((((((......))))))..))..(..((((....))))..).))..))))))))).)))..)))))))..... ( -40.10) >DroWil_CAF1 4690 115 - 1 U---CUACAUUCGGUUU--UAGAUCUCAGCGAGUUGAGCUCAGAUUUGCCUACCCUGUUGGGUGUGUCCACGGGCAUUGCUGUGCUGGCUGGUCUUAUCUGUAUGGUCUUGCAUUUGUUU .---..(((....((..--.(((((.((((.((((.(((.(((...(((((((((....))))((....)))))))...))).))))))).)......)))...))))).))...))).. ( -32.50) >DroMoj_CAF1 3853 108 - 1 UC--U----------UGGACAGACCUGAGCGAGCUGAGCUCGGAUUUACCCACGUUGCUGGGCGUAUCCUCGGGCAUUGCGGUGCUGGCGGGUCUCAUUUGCAUGGUACUGCAUCUGUUU ..--.----------.((((((((((((((((((...)))))(((...((((......))))...)))))))))...((((((((((((((((...)))))).))))))))))))))))) ( -42.30) >DroAna_CAF1 4411 105 - 1 U---U----------UA--CAGACCUCAGUGAAUUGAGCUCGGAUUUGCCCACUCUGCUGGGUGUAUCCACGGGAAUUGCUGUCCUGGCAGGACUAAUCUGCAUGGUGUUGCAUCUGUUU .---.----------.(--((((.(((((....)))))...((((.((((((......)))))).)))).(((((.......)))))((((.((((.......)))).)))).))))).. ( -32.20) >consensus U___U__________UG__CAGAUCUCAGCGAACUGAGCUCGGAUUUGCCCACCCUGCUGGGCGUAUCCACGGGCAUUGCGGUGCUGGCGGGUCUCAUCUGCAUGGUGCUGCAUCUGUUU .....................((.(((((....))))).))(((..((((((......))))))..)))..(((((.(((((((((((((((.....))))).))))))))))..))))) (-28.57 = -29.13 + 0.56)
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