Locus 5069

Sequence ID	3L_DroMel_CAF1
Location	13,897,257 – 13,897,417
Length	160
Max. P	0.817899

overview

Window 2

Location	13,897,257 – 13,897,377
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	79.50
Mean single sequence MFE	-45.78
Consensus MFE	-26.05
Energy contribution	-25.87
Covariance contribution	-0.18
Combinations/Pair	1.42
Mean z-score	-2.13
Structure conservation index	0.57
SVM decision value	0.67
SVM RNA-class probability	0.817899
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 13897257 120 - 23771897
UCAAACUGGGAUCCUGCAACGACUCCUUUUCGUUGCUAGAAUUGCGAUCCCUUAACUCAGUUAGUUGGUCGUUUAGCUUCUGUACCAGUUCCCUAAACUUAACGAUAGUUUGGUCGCGAU
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>DroVir_CAF1 13355 120 - 1
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>DroGri_CAF1 6072 120 - 1
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>DroMoj_CAF1 7069 120 - 1
UGAGGCUGGGAUCCUGCAGUGACUUUUGAUCAUUGUUAGAGCUGCGUUCGCGCAGUUCGAUCAGCUGUUCGUUCAGCUUCUGGACGAGCUCACGGAACUUGGUGAUGGUCUGGUCGCGAU
....((.((...)).)).((((((...((((((..(((((((((((....))))))))..((....((((((((((...)))))))))).....))...)))..)))))).))))))... ( -48.50)
>DroAna_CAF1 5770 120 - 1
UGAGGCUCGGGUCCUGCAGCGACUCCUUGUCGUUGCUGGAGCUGCGCUCCCUCAGUUCGGUCAACUGGUCGUUCAGCUUCUGCACCAGUUCCCUGAACUUGGUGAUGGUCUGGUCGCGAU
((((((.(((.(((.((((((((.....)))))))).))).))).))...))))((((((..(((((((.((.........)))))))))..))))))...(((((......)))))... ( -50.70)
>DroPer_CAF1 5922 120 - 1
UGAGGCUAGGGUCCUGCAGGGACUUGUCCUCAUUGCUGGACGUCCUCUCGCGCAGCUCCGUCAGCUGUUCGUUCAGCUUCUGGACCAGCUCCCGGAACUUGGUGAUGGUCUGAUCGCGAU
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>consensus
UGAGGCUGGGAUCCUGCAGCGACUUCUGGUCAUUGCUGGAGCUGCGCUCGCGCAGCUCGAUCAGCUGUUCGUUCAGCUUCUGGACCAGCUCCCGGAACUUGGUGAUGGUCUGGUCGCGAU
...((((((......(((((((.......)))))))..((((((((....))))))))..))))))..((((((((((........))))....))))...(((((......))))))). (-26.05 = -25.87 +  -0.18)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 3

Location	13,897,297 – 13,897,417
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	80.94
Mean single sequence MFE	-41.25
Consensus MFE	-27.01
Energy contribution	-24.85
Covariance contribution	-2.16
Combinations/Pair	1.53
Mean z-score	-1.57
Structure conservation index	0.65
SVM decision value	0.18
SVM RNA-class probability	0.621336
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 13897297 120 - 23771897
GCGAACAUUUGUUUGUAGUCGAUGGUUUCGGUGACCAUUUUCAAACUGGGAUCCUGCAACGACUCCUUUUCGUUGCUAGAAUUGCGAUCCCUUAACUCAGUUAGUUGGUCGUUUAGCUUC
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>DroVir_CAF1 13395 120 - 1
GCAAACAUUUGCUUGUAGUCGAUGGUCUCCGUGGCCAGUUUAAGGCUGGGAUCCUGCAAUGACUUUUGGUCGCUGCUCGAGCUGCGCUCGCGCAGUUCAAUUAGCUGCUCGUUCAGCUUC
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>DroGri_CAF1 6112 120 - 1
GCGAACAUUUGCUUGUAGUCGAUCGUCUCGGUGGCCAGCUUGAGGCUGGGAUCCUGUAGAGAUUUCAGGUCAUUAUUGGAGCUGCGCUCGCGCAGCUCGAUUAGCUGUUCGUUCAGCUUU
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>DroEre_CAF1 6081 120 - 1
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>DroMoj_CAF1 7109 120 - 1
GCGAACAUCUGCUUGUAGUCGAUGGUCUCGGUGGCCAGCUUGAGGCUGGGAUCCUGCAGUGACUUUUGAUCAUUGUUAGAGCUGCGUUCGCGCAGUUCGAUCAGCUGUUCGUUCAGCUUC
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>DroAna_CAF1 5810 120 - 1
GCAAACAUCUGCUUGUAGUCGAUGGUCUCUGUGGCCAGCUUGAGGCUCGGGUCCUGCAGCGACUCCUUGUCGUUGCUGGAGCUGCGCUCCCUCAGUUCGGUCAACUGGUCGUUCAGCUUC
(((......)))....(((.((((..(....(((((((((.(((((.(((.(((.((((((((.....)))))))).))).))).))...))))))).)))))...)..))))..))).. ( -46.80)
>consensus
GCGAACAUCUGCUUGUAGUCGAUGGUCUCGGUGGCCAGCUUGAGGCUGGGAUCCUGCAGCGACUCCUGGUCGUUGCUGGAGCUGCGCUCCCGCAGUUCAAUUAGCUGGUCGUUCAGCUUC
((((((.......((((((...(((((.....)))))..............((..(((((((.......)))))))..)))))))).....((((((.....))))))..)))).))... (-27.01 = -24.85 +  -2.16)

alignment

secondary structure

dotplot

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