Locus 5051

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 13,833,844 – 13,833,954
Length 110
Max. P 0.682443
window8011

overview

Window 1

Location 13,833,844 – 13,833,954
Length 110
Sequences 4
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 93.04
Mean single sequence MFE -30.27
Consensus MFE -22.25
Energy contribution -23.00
Covariance contribution 0.75
Combinations/Pair 1.00
Mean z-score -2.87
Structure conservation index 0.73
SVM decision value 0.31
SVM RNA-class probability 0.682443
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 13833844 110 + 23771897
CUAUCCAUAUUG-ACUAUAACUAACAGCUAU------UGCUAUUUACGAUACGAUAGUUCCGUGGUACAUGGUUGU---GGAUCUAUAUGGUAUGGUACAUAUACGUUUCUAUAUGGUAU
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>DroSec_CAF1 8775 111 + 1
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>DroSim_CAF1 8052 110 + 1
CUAUCCAUAUUG-ACUAUAACUAACUGCUAU------UGCUAUUUACGAUACGAUAGUUACGUGGUACAUGGUUGU---GGAUCUAUAUGGUAUGGUACAUAUACGGUUCUAUAUGGUAU
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>DroYak_CAF1 8447 119 + 1
CUAUCCAUAUUG-ACUAUAACUAACUGCUAUUGCUAUUGCUAUUUACGAUACGAUAUUUACGUGGUACAUGGUUGUGGUGGAUCUAUAUGGUAUGAUACAUAUACGGUUCUAUAUGGUAU
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>consensus
CUAUCCAUAUUG_ACUAUAACUAACUGCUAU______UGCUAUUUACGAUACGAUAGUUACGUGGUACAUGGUUGU___GGAUCUAUAUGGUAUGGUACAUAUACGGUUCUAUAUGGUAU
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alignment

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secondary structure

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