Locus 4978

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 13,739,801 – 13,739,920
Length 119
Max. P 0.889466
window7858

overview

Window 8

Location 13,739,801 – 13,739,920
Length 119
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 92.86
Mean single sequence MFE -46.93
Consensus MFE -38.17
Energy contribution -38.73
Covariance contribution 0.56
Combinations/Pair 1.10
Mean z-score -2.73
Structure conservation index 0.81
SVM decision value 0.96
SVM RNA-class probability 0.889466
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 13739801 119 - 23771897
UUGAACUGCGAGGGGGCACUCACAUAAAUAGCAAUUUGUGUAGUGCGUUUUUGUGGGCGCAGGUAGGCGUGUGCUU-ACCGUUUUAGCCAAAUUGCCGCCGUCCGGGGCAGUUUUCUCAC
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>DroPse_CAF1 145634 119 - 1
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>DroSim_CAF1 157377 119 - 1
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>DroEre_CAF1 153211 119 - 1
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>DroYak_CAF1 157429 119 - 1
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>DroPer_CAF1 147185 119 - 1
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>consensus
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alignment

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secondary structure

Postscript

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