Locus 488

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 1,369,951 – 1,370,071
Length 120
Max. P 0.767643
window724

overview

Window 4

Location 1,369,951 – 1,370,071
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 75.89
Mean single sequence MFE -51.50
Consensus MFE -32.93
Energy contribution -31.93
Covariance contribution -0.99
Combinations/Pair 1.58
Mean z-score -1.42
Structure conservation index 0.64
SVM decision value 0.52
SVM RNA-class probability 0.767643
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 1369951 120 + 23771897
AUAUGGCCGGAGUUUUGGCUGGCUCUUUGGGAACUUCGGUGGUGGACUCGGAAGUUUUUCUGGUGGGAGCCAGUGGAGGAGUUUACGCCUUGCUGGCCGCCCAACUGGCGAGUCUUUUGC
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>DroVir_CAF1 209 120 + 1
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>DroGri_CAF1 209 120 + 1
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>DroWil_CAF1 212 120 + 1
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....(((((.((((...((..(....((((((((((.((..(((((((....))))))).)).)))..((((((((.((((....))))))))))))))))))))..)).))))))))). ( -47.60)
>DroMoj_CAF1 209 120 + 1
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(((((((..(....)..)))))))..........((((...((((...))))((((..((.(.(((((((.(((((((.(.....).))))))).)).))))).).))..)))).)))). ( -50.80)
>DroAna_CAF1 26758 120 + 1
AUAUGGCCGGGGUUCUGGCUGGAUCUCUGGGCACUUCGGUGGUGGAUUCAGAGGUGUACUUGGUGGGGGCCAGUGGUGGGGUCUACGCUCUCCUUGCUGCCCAGUUGGCUAGUGUACUCC
........(((((.(((((..(((((((((((((....))).....)))))))))...........((((.((..(.((((........)))))..))))))..)..)))))...))))) ( -45.70)
>consensus
AUAUGGCUGGCGUGCUGGCCGGAUCGCUGGGCACCAGCGUGGUGGACUCCAAGGUGUAUCUGGUGGGCGCCAGUGGCGGGGUCUACGCUCUGCUGGCUGCCCAGUUGGCCAAUGUGCUGC
....((((((....))))))((....((((((.........(((((((((.....((..(((((....)))))..)))))))))))(((.....))).))))))....)).......... (-32.93 = -31.93 +  -0.99)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

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