Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 13,609,864 – 13,609,984 |
Length | 120 |
Max. P | 0.878894 |
Location | 13,609,864 – 13,609,984 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 96.17 |
Mean single sequence MFE | -30.62 |
Consensus MFE | -28.38 |
Energy contribution | -29.22 |
Covariance contribution | 0.83 |
Combinations/Pair | 1.00 |
Mean z-score | -1.24 |
Structure conservation index | 0.93 |
SVM decision value | 0.91 |
SVM RNA-class probability | 0.878894 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 13609864 120 + 23771897 GUCGUAUGAGUGAUAUUAAUUUGACUUUAAGUCGCUCGUCCUGCAGCCGAGGAAUAUCAAACGUAACACGUCAACGUAGAACGCAAGCGAACGUAUGCAAUUUACGUGACAUCAUUACGU ..(((((((.(((((((.....(((.....))).((((.(.....).)))).)))))))..........((((.((((((..(((.((....)).)))..)))))))))).))).)))). ( -30.80) >DroSec_CAF1 17022 120 + 1 GUCGUAUGAGUGAUAUUAAUUUGACUUUAAGUCGCUCGUCCUGCAGCCGAGGAAUAUCAAACGUAACACGUCAACGUAGAACGCAAGCGAACGUAUGCAAUUUACGUGACAUCAUUACGU ..(((((((.(((((((.....(((.....))).((((.(.....).)))).)))))))..........((((.((((((..(((.((....)).)))..)))))))))).))).)))). ( -30.80) >DroSim_CAF1 26015 120 + 1 GUCGUAUGAGUGAUAUUAAUUUGACUUUAAGUCGCUCGUCCUGCAGCCCAGGAAUAUCAAACGUAACACGUCAACGUAGAACGCAAGCGAACGUAUGCAAUUUACGUGACAUCAUUACGU ......((((((((.((((.......))))))))))))(((((.....))))).......((((((...((((.((((((..(((.((....)).)))..))))))))))....)))))) ( -33.20) >DroEre_CAF1 19656 120 + 1 GUCGUAUGAGUGAUAUUAAUUUGACUUUAAGUCGCUCGUCCUGCAGCCGAGGAAUAUCAAACGUAACACGUCAACGUAGAACGCAAGCGAACGUAUGCAAUUUACGUGACAUCAUUACGU ..(((((((.(((((((.....(((.....))).((((.(.....).)))).)))))))..........((((.((((((..(((.((....)).)))..)))))))))).))).)))). ( -30.80) >DroYak_CAF1 23842 120 + 1 GUCGUAUGAGUGAUAUUAAUUUGACUUUAAGUCGCUCGUCCUGCAGCCGAGGAAUAUCAAACGUAACACGUCAACGUAGAGCGCAAGCGAACGUAUGCAAUUUACGUGACAUCAUUACGU ..(((((((.(((((((.....(((.....))).((((.(.....).)))).)))))))..........((((.((((((..(((.((....)).)))..)))))))))).))).)))). ( -32.10) >DroAna_CAF1 52931 112 + 1 GUCGUAUGAGUGAUAUUAAUUUGACUUUAAGUCGCUCGU-CUGCAGCCGAGGAAUGUCUAACGUAACACGUCAACGU-------AAGCAAGCGUAUGCAAUUUACGUGACAUCAUUACGU ((.(.(((((((((.((((.......)))))))))))))-).))...((((..(((((..((((((.(((....)))-------..(((......)))...)))))))))))..)).)). ( -26.00) >consensus GUCGUAUGAGUGAUAUUAAUUUGACUUUAAGUCGCUCGUCCUGCAGCCGAGGAAUAUCAAACGUAACACGUCAACGUAGAACGCAAGCGAACGUAUGCAAUUUACGUGACAUCAUUACGU ((.(.(((((((((.((((.......))))))))))))).).))................((((((...((((.((((((..(((.((....)).)))..))))))))))....)))))) (-28.38 = -29.22 + 0.83)
Location | 13,609,864 – 13,609,984 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 96.17 |
Mean single sequence MFE | -30.72 |
Consensus MFE | -26.82 |
Energy contribution | -27.82 |
Covariance contribution | 1.00 |
Combinations/Pair | 1.00 |
Mean z-score | -1.33 |
Structure conservation index | 0.87 |
SVM decision value | 0.06 |
SVM RNA-class probability | 0.562047 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 13609864 120 - 23771897 ACGUAAUGAUGUCACGUAAAUUGCAUACGUUCGCUUGCGUUCUACGUUGACGUGUUACGUUUGAUAUUCCUCGGCUGCAGGACGAGCGACUUAAAGUCAAAUUAAUAUCACUCAUACGAC (((((((.((((((((((...((((..(....)..))))...)))).))))))))))))).(((((((.((((.........)))).(((.....))).....))))))).......... ( -31.40) >DroSec_CAF1 17022 120 - 1 ACGUAAUGAUGUCACGUAAAUUGCAUACGUUCGCUUGCGUUCUACGUUGACGUGUUACGUUUGAUAUUCCUCGGCUGCAGGACGAGCGACUUAAAGUCAAAUUAAUAUCACUCAUACGAC (((((((.((((((((((...((((..(....)..))))...)))).))))))))))))).(((((((.((((.........)))).(((.....))).....))))))).......... ( -31.40) >DroSim_CAF1 26015 120 - 1 ACGUAAUGAUGUCACGUAAAUUGCAUACGUUCGCUUGCGUUCUACGUUGACGUGUUACGUUUGAUAUUCCUGGGCUGCAGGACGAGCGACUUAAAGUCAAAUUAAUAUCACUCAUACGAC (((((((.((((((((((...((((..(....)..))))...)))).))))))))))))).(((((((((((.....))))).....(((.....)))......)))))).......... ( -32.90) >DroEre_CAF1 19656 120 - 1 ACGUAAUGAUGUCACGUAAAUUGCAUACGUUCGCUUGCGUUCUACGUUGACGUGUUACGUUUGAUAUUCCUCGGCUGCAGGACGAGCGACUUAAAGUCAAAUUAAUAUCACUCAUACGAC (((((((.((((((((((...((((..(....)..))))...)))).))))))))))))).(((((((.((((.........)))).(((.....))).....))))))).......... ( -31.40) >DroYak_CAF1 23842 120 - 1 ACGUAAUGAUGUCACGUAAAUUGCAUACGUUCGCUUGCGCUCUACGUUGACGUGUUACGUUUGAUAUUCCUCGGCUGCAGGACGAGCGACUUAAAGUCAAAUUAAUAUCACUCAUACGAC (((((((.((((((((((.(.((((..(....)..)))).).)))).))))))))))))).(((((((.((((.........)))).(((.....))).....))))))).......... ( -30.70) >DroAna_CAF1 52931 112 - 1 ACGUAAUGAUGUCACGUAAAUUGCAUACGCUUGCUU-------ACGUUGACGUGUUACGUUAGACAUUCCUCGGCUGCAG-ACGAGCGACUUAAAGUCAAAUUAAUAUCACUCAUACGAC (((((((.(((((((((((...(((......)))))-------))).))))))))))))).........((((.......-.)))).(((.....)))...................... ( -26.50) >consensus ACGUAAUGAUGUCACGUAAAUUGCAUACGUUCGCUUGCGUUCUACGUUGACGUGUUACGUUUGAUAUUCCUCGGCUGCAGGACGAGCGACUUAAAGUCAAAUUAAUAUCACUCAUACGAC (((((((.((((((((((...((((..(....)..))))...)))).)))))))))))))..((((((.((((.........)))).(((.....))).....))))))........... (-26.82 = -27.82 + 1.00)
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