Locus 4822

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Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 13529028 100 + 23771897
----ACUGGA--UGACUGG-----AUGUGGAGCUUUAAUGCC-UUGU--CUGC-AUUUGUUUUCAACUGUCCGUGCGUGCGCCAUUUUAAUUAACAUGCAAAUCCAGUUGAAAAU
----......--.....((-----(((..((((......)).-...)--)..)-))))(((((((((((....((((((...............))))))....))))))))))) ( -26.36)
>DroVir_CAF1 30315 111 + 1
--GUGCUGCAUACCACUAGGCGUUAUUGGGUGCUUUAAUGCCCUUGUCUCUGC-AUUUGUUUUCAGCUGUCCGUGCGUGCAGCAUUUUAAUUAACAUGCAAAUCCAGUUGA-AAU
--....((((....((..(((((((..(....)..)))))))...))...)))-).....(((((((((....((((((...............))))))....)))))))-)). ( -28.26)
>DroWil_CAF1 22650 85 + 1
---------------------------GGGGGCUUUAAUGCC-UUGU--CUGCCAUUUGUUUUCAACUGUCCGUGCGUGCGCCAUUUUAAUUAACAUGCAAAUCCAGUUGAAAAU
---------------------------.(((((......)))-))..--.........(((((((((((....((((((...............))))))....))))))))))) ( -24.76)
>DroMoj_CAF1 19901 103 + 1
GCAUGCUGCAUACCACUAU----------AUGCUUUAAUGCUCUUGUCUCUGC-AUUUGUUUUCAGCUGUCCGUGCGUGCAGCAUUUUAAUUAACAUGCAAAUCCAGUUGA-AAU
((((...(((((......)----------))))....))))............-......(((((((((....((((((...............))))))....)))))))-)). ( -25.36)
>DroAna_CAF1 17826 86 + 1
-----------------G--------GGCCGGCUUUAAUGCC-UUGU--CUGC-AUUUGUUUUCAACUGUCCGUGCGUGCGCCAUUUUAAUUAACAUGCAAAUCCAGUUGAAAAU
-----------------(--------(((.(((......)))-..))--))..-....(((((((((((....((((((...............))))))....))))))))))) ( -25.66)
>DroPer_CAF1 18509 97 + 1
----G---GC--GGAGAGA-----GAGACGAGCUUUAAUGCC-GUGU--CUGA-AUUUGCUUUCCACUGUCCGUGCGUGCGCCAUUUUAAUUAACAUGCAAAUCCAGUUGAAAAU
----.---((--(((...(-----((.(((.((......)))-)).)--))..-.)))))((((.((((....((((((...............))))))....)))).)))).. ( -27.06)
>consensus
____G____A____ACUG________GGGGAGCUUUAAUGCC_UUGU__CUGC_AUUUGUUUUCAACUGUCCGUGCGUGCGCCAUUUUAAUUAACAUGCAAAUCCAGUUGAAAAU
...............................((......)).................(((((((((((....((((((...............))))))....))))))))))) (-17.26 = -17.71 +   0.45) 

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Window 5

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>3L_DroMel_CAF1 13529028 100 - 23771897
AUUUUCAACUGGAUUUGCAUGUUAAUUAAAAUGGCGCACGCACGGACAGUUGAAAACAAAU-GCAG--ACAA-GGCAUUAAAGCUCCACAU-----CCAGUCA--UCCAGU----
.((((((((((..(.(((.(((.............))).))).)..))))))))))..(((-((..--....-.)))))............-----.......--......---- ( -20.02)
>DroVir_CAF1 30315 111 - 1
AUU-UCAACUGGAUUUGCAUGUUAAUUAAAAUGCUGCACGCACGGACAGCUGAAAACAAAU-GCAGAGACAAGGGCAUUAAAGCACCCAAUAACGCCUAGUGGUAUGCAGCAC--
.((-(((.(((..(.(((.(((.............))).))).)..))).))))).....(-(((.......((((......)).)).......(((....))).))))....-- ( -22.62)
>DroWil_CAF1 22650 85 - 1
AUUUUCAACUGGAUUUGCAUGUUAAUUAAAAUGGCGCACGCACGGACAGUUGAAAACAAAUGGCAG--ACAA-GGCAUUAAAGCCCCC---------------------------
.((((((((((..(.(((.(((.............))).))).)..))))))))))..........--....-(((......)))...--------------------------- ( -20.32)
>DroMoj_CAF1 19901 103 - 1
AUU-UCAACUGGAUUUGCAUGUUAAUUAAAAUGCUGCACGCACGGACAGCUGAAAACAAAU-GCAGAGACAAGAGCAUUAAAGCAU----------AUAGUGGUAUGCAGCAUGC
...-.....((..(((((((............((((..(....)..)))).........))-)))))..))...((((....((((----------((....))))))...)))) ( -23.00)
>DroAna_CAF1 17826 86 - 1
AUUUUCAACUGGAUUUGCAUGUUAAUUAAAAUGGCGCACGCACGGACAGUUGAAAACAAAU-GCAG--ACAA-GGCAUUAAAGCCGGCC--------C-----------------
.((((((((((..(.(((.(((.............))).))).)..)))))))))).....-....--....-(((......)))....--------.----------------- ( -21.22)
>DroPer_CAF1 18509 97 - 1
AUUUUCAACUGGAUUUGCAUGUUAAUUAAAAUGGCGCACGCACGGACAGUGGAAAGCAAAU-UCAG--ACAC-GGCAUUAAAGCUCGUCUC-----UCUCUCC--GC---C----
........((((((((((..((((.......)))).....(((.....)))....))))))-))))--..((-(((......)).)))...-----.......--..---.---- ( -20.30)
>consensus
AUUUUCAACUGGAUUUGCAUGUUAAUUAAAAUGGCGCACGCACGGACAGUUGAAAACAAAU_GCAG__ACAA_GGCAUUAAAGCACCCC________CAGU____U____C____
.((((((((((..(.(((.(((.............))).))).)..)))))))))).................(((......))).............................. (-15.07 = -15.99 +   0.92) 

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