Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 13,489,208 – 13,489,316 |
Length | 108 |
Max. P | 0.500000 |
Location | 13,489,208 – 13,489,316 |
---|---|
Length | 108 |
Sequences | 6 |
Columns | 108 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 80.62 |
Mean single sequence MFE | -37.40 |
Consensus MFE | -21.73 |
Energy contribution | -20.98 |
Covariance contribution | -0.74 |
Combinations/Pair | 1.26 |
Mean z-score | -1.70 |
Structure conservation index | 0.58 |
SVM decision value | -0.06 |
SVM RNA-class probability | 0.500000 |
Prediction | OTHER |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 13489208 108 + 23771897 UGUCAGUGAAGAUGAAGCCGCAGCCACUCCCGACAGAGACAAUGUGGAGCUGUGGACAGCGCAUCGCAUUAUGGGAUGGCUGCAGACCAUCGACCUGUCUGAAUACAC .(.(((.(..((((...(.(((((((.(((((.......)(((((((.((((....))))...)))))))..))))))))))).)..))))..)))).)......... ( -38.40) >DroPse_CAF1 1402 108 + 1 AGCUAAUGAUGAUGAAUCCAGCAGUAGUCCGGACAGGGACAGCGUGGAACUGUGGACAGCGCAUCGUAUAAUGGGAUGGCUACAGACCAUCGACCUGUCGGAGUAUAC .(((...(((.....))).))).(((.((((.(((((.....(((((..((((((.((.(.(((......))).).)).)))))).))).)).))))))))).))).. ( -35.10) >DroEre_CAF1 1662 108 + 1 GGUCAGCGAUGAUGAGGCCGCAGCCACUCCUGACAGGGACAAUGUGGAGCUGUGGACAGCGCAUCGCAUAAUGGGAUGGCUGCAGACCAUCGACCUGUCUGAGUACAC ((((.((((((.((..(((((((((((((((....))))....)))..))))))).)..)))))))).......((((((....).)))))))))............. ( -41.70) >DroYak_CAF1 1923 108 + 1 GGUCAGUGAUGAUGAGGCCGCAGCUAUUCCUGACAGGGACAAUGUAGAGCUGUGGACAGCGCAUCGCAUAAUGGGAUGGCUGCAGACUAUCGACCUGUCUGAGUACAC ((((.((((((.((..(((((((((..((((....))))........)))))))).)..)))))))).......((((((....).)))))))))............. ( -36.40) >DroAna_CAF1 1644 108 + 1 GAGCAGUGAAGACGAGGAUCCAGGCAGUCCACAAAAGGACAGAGUGGAUUUGUGGACGGCUCACCGCAUUAUGGGUUGGCUGCAAACCAUAGACUUGUCUGAAUACAC .....(((.(((((((((((((..(.((((......)))).)..))))))(((((.(((((.(((........))).)))))....)))))..)))))))...))).. ( -37.70) >DroPer_CAF1 1402 108 + 1 AGCUAAUGAUGAUGAAUCCAGCAGUAGUCCGGACAGGGACAGCGUGGAACUGUGGACAGCGCAUCGUAUAAUGGGAUGGCUACAGACCAUCGACCUGUCGGAGUAUAC .(((...(((.....))).))).(((.((((.(((((.....(((((..((((((.((.(.(((......))).).)).)))))).))).)).))))))))).))).. ( -35.10) >consensus GGUCAGUGAUGAUGAAGCCGCAGCCAGUCCGGACAGGGACAAUGUGGAGCUGUGGACAGCGCAUCGCAUAAUGGGAUGGCUGCAGACCAUCGACCUGUCUGAGUACAC .............................(.((((((......((((..((((....(((.((((.(.....).))))))))))).))))...)))))).)....... (-21.73 = -20.98 + -0.74)
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