Locus 4796

Sequence ID	3L_DroMel_CAF1
Location	13,428,419 – 13,428,579
Length	160
Max. P	0.888145

overview

Window 1

Location	13,428,419 – 13,428,539
Length	120
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	93.50
Mean single sequence MFE	-45.64
Consensus MFE	-40.74
Energy contribution	-40.58
Covariance contribution	-0.16
Combinations/Pair	1.15
Mean z-score	-1.31
Structure conservation index	0.89
SVM decision value	0.59
SVM RNA-class probability	0.792195
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 13428419 120 + 23771897
CACCCAGUAAAAAAGCAAUGGACAUUUAGCUGGGUUUGUGGUGUGCUGAGGUUGGUCACAUGACGGCCCACCUCCAGACCCAUUAUUGGAUCCUGCCGAGCUGUGUGGUUGCUGGGGCGG
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>DroSec_CAF1 25551 120 + 1
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>DroSim_CAF1 27420 120 + 1
CACCCAGUGAAAAAGCAAUGGACAUUUAGCAGGGUUUGUGGUGUGCUGAGGUUGGUCACAUGACGGCCCACCUCCAGACCCAUUAUUGGAUCCUGCCGAGCUGUGCGGUUGCUGGGGCGG
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>DroEre_CAF1 26563 120 + 1
AACACAGUAAAAACGCAAUGGGCAUUUAGCAGGGUUUGUGGUGUGCUGAGGCUGGUCACAUGGCGACCCACCUCCAGACCCAUUAUUGGAUCCUGUGGGGCUGUGUGGUUGCUGGGGCGG
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>DroYak_CAF1 25768 120 + 1
CACCCAGUGAAAAAGCAAUGGGCAUUUAGCAGGGCUUGUGGUAUGCUGAGUUUGGUCACAUGGCGACCCACCUCCAGACCCAUUAUUGGAUCCUGUGGAGCUGUGUGGUUGCUGGGGCGG
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>consensus
CACCCAGUGAAAAAGCAAUGGACAUUUAGCAGGGUUUGUGGUGUGCUGAGGUUGGUCACAUGACGGCCCACCUCCAGACCCAUUAUUGGAUCCUGCCGAGCUGUGUGGUUGCUGGGGCGG
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alignment

secondary structure

dotplot

Window 2

Location	13,428,459 – 13,428,579
Length	120
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	95.83
Mean single sequence MFE	-37.66
Consensus MFE	-32.90
Energy contribution	-33.10
Covariance contribution	0.20
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-1.55
Structure conservation index	0.87
SVM decision value	0.95
SVM RNA-class probability	0.888145
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 13428459 120 - 23771897
CUGGCUGAGCAUUAAAUGUCAGGCCAUAAAAUAGAAGCACCCGCCCCAGCAACCACACAGCUCGGCAGGAUCCAAUAAUGGGUCUGGAGGUGGGCCGUCAUGUGACCAACCUCAGCACAC
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>DroSec_CAF1 25591 120 - 1
CUGGCUGAGCAUUAAAUGUCAGGCCAUAAAAUAGAAGCACCCGCCCCAGCAACCGCACAGCUCGGCAGGAUCCAAUAAUGGGUCUGGAGGUGGGCCGUCAUGUGACCAACCUCAGCACAC
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>DroSim_CAF1 27460 120 - 1
CUGGCUGAGCAUUAAAUGUCAGGCCAUAAAAUAGAAGCACCCGCCCCAGCAACCGCACAGCUCGGCAGGAUCCAAUAAUGGGUCUGGAGGUGGGCCGUCAUGUGACCAACCUCAGCACAC
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>DroEre_CAF1 26603 120 - 1
CUGGCUGAGCAUUAAAUGUCAGCCCAUAAAAUAGAAGCACCCGCCCCAGCAACCACACAGCCCCACAGGAUCCAAUAAUGGGUCUGGAGGUGGGUCGCCAUGUGACCAGCCUCAGCACAC
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>DroYak_CAF1 25808 120 - 1
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>consensus
CUGGCUGAGCAUUAAAUGUCAGGCCAUAAAAUAGAAGCACCCGCCCCAGCAACCACACAGCUCGGCAGGAUCCAAUAAUGGGUCUGGAGGUGGGCCGUCAUGUGACCAACCUCAGCACAC
.(((((..((((...))))..)))))..........((.((((((((.((.........))......(((((((....))))))))).))))))........(((......))))).... (-32.90 = -33.10 +   0.20)

alignment

secondary structure

dotplot

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