Locus 4788

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 13,422,647 – 13,422,752
Length 105
Max. P 0.569985
window7540

overview

Window 0

Location 13,422,647 – 13,422,752
Length 105
Sequences 6
Columns 111
Reading direction forward
Mean pairwise identity 80.46
Mean single sequence MFE -39.62
Consensus MFE -21.21
Energy contribution -21.88
Covariance contribution 0.67
Combinations/Pair 1.27
Mean z-score -2.03
Structure conservation index 0.54
SVM decision value 0.07
SVM RNA-class probability 0.569985
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 13422647 105 + 23771897
AUACCACGACAGCGGGACGAGUUCCUGCUUUGGUACCGUUCUUAUUUGGAGCAGCUGUUUGUGGUGGAACAGCCGCAGGAUAGCUGCAAG---ACCAA-GUCGAAGGUG--
.((((.(((((((((((.....)))))))(((((.(((........))).(((((((((((((((......)))))).)))))))))...---)))))-))))..))))-- ( -47.00)
>DroVir_CAF1 21678 108 + 1
AUGCCGCGACAGCGCGAUGAGUUUUUGCUCUGGUAUCGCUCAUAUCUGGAGCAGCUUUUUGUGGUCGAGCAGCCGAGCACUGGCAGCACG---CCCAAAGUCAAGAGUAAG
((((((((....)))...((((....)))).))))).((((.......)))).((((((..(((.((.((.((((.....)))).)).))---.))).....))))))... ( -33.10)
>DroGri_CAF1 21022 111 + 1
AUGCCGCGACAGCGUGAUGAGUUCUUACUUUGGUAUCGCGCAUAUCUGGAACAGCUCUUUGUGGUUGAGCAGCCGCACAACGGUUGCCCACAACCCAAGGUCAAAAGUAAG
...(((.((..(((((((((((....))))....)))))))...))))).......(((((.(((((.(((((((.....)))))))...))))))))))........... ( -34.60)
>DroSec_CAF1 19525 105 + 1
AUACCACGACAGCGGGACGAGUUCCUGCUUUGGUAUCGUUCUUAUUUGGAGCAGCUUUUUGUGGUGGAACAGCCGCAGGAUAGCUGCAAG---CCCAA-GACGAAGUUG--
.(((((....(((((((.....))))))).)))))(((((.....((((.(((((((((((((((......))))))))).))))))...---.))))-))))).....-- ( -40.60)
>DroEre_CAF1 20780 105 + 1
AUGCCACGACAGCGGGACGAGUUUCUGCUUUGGUACCGUUCCUAUUUGGAGCAGCUGUUUGUAGUCGAACAGCCGCAGGACUGCUGCAAG---GCCAA-GUCGAAGGUG--
..(((.(((((((((((.....)))))))(((((...(((((.....))))).((((((((....)))))))).((((.....))))...---)))))-))))..))).-- ( -42.30)
>DroYak_CAF1 19735 105 + 1
AUGCCACGACAGCGUGACGAGUUUCUGCUUUGGUACCGUUCCUAUUUGGAGCAGCUGUUUGUAGUGGAACAGCCGCAGGACAGCUGCAAG---GCCAA-GUCGAAGGUG--
..(((.((((((((.((......))))))(((((.....(((.....)))((((((((((...((((.....)))).))))))))))...---)))))-))))..))).-- ( -40.10)
>consensus
AUGCCACGACAGCGGGACGAGUUCCUGCUUUGGUACCGUUCAUAUUUGGAGCAGCUGUUUGUGGUGGAACAGCCGCAGGACAGCUGCAAG___CCCAA_GUCGAAGGUG__
......((((.(((..((((((....))))..))..)))...........((((((..(((((((......)))))))...))))))............))))........ (-21.21 = -21.88 +   0.67)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 11:33:19 2006