Locus 4786

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 13,418,360 – 13,418,520
Length 160
Max. P 0.822390
window7537 window7538

overview

Window 7

Location 13,418,360 – 13,418,480
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 80.72
Mean single sequence MFE -43.70
Consensus MFE -27.33
Energy contribution -26.67
Covariance contribution -0.66
Combinations/Pair 1.44
Mean z-score -2.16
Structure conservation index 0.63
SVM decision value 0.69
SVM RNA-class probability 0.822390
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 13418360 120 - 23771897
UUUGGAUUUGUAACAGCUUCGCCUGUUCGUCGUGCAGGUGCUGCAUGUUCCUAUUGGAGGCUUCCAAGCGCUGCUGCAACUCAUCGAAGCUGGGCGUGGUAUCGGGCGUGGGCGUUUCCA
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>DroVir_CAF1 17042 120 - 1
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>DroGri_CAF1 16327 120 - 1
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>DroWil_CAF1 17983 120 - 1
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>DroMoj_CAF1 17282 120 - 1
UUUGUAUUUGUAGCAGCUUCUGCUGCUCAUCCUGCAAGUGUUGCAUAUUGCGAUUGGAGGCAUCUAGCCGCUGUUGUAGCUCAUCAAAACUGGGCGUUGUAUCUGGUGUUGGUGUCUCCA
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>DroAna_CAF1 19234 120 - 1
UCUGGAUUUGCAAUAGUUUGGCCUGCUCAUCUUGCAGAUGCUGCAUGUUGCGGUUGGAGGCCUCCAGCCUCUGCUGCAGCUCAUCAAAGGUGGGUGCAGUGUCGGGCGUAGGAGUUUCCA
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>consensus
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alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 8

Location 13,418,400 – 13,418,520
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 80.33
Mean single sequence MFE -39.38
Consensus MFE -26.20
Energy contribution -25.07
Covariance contribution -1.13
Combinations/Pair 1.48
Mean z-score -1.86
Structure conservation index 0.67
SVM decision value 0.65
SVM RNA-class probability 0.812303
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 13418400 120 - 23771897
CGCAGCCGCUCCAUCUCGUUAAGGUGAGUCUUGGCCAAAUUUUGGAUUUGUAACAGCUUCGCCUGUUCGUCGUGCAGGUGCUGCAUGUUCCUAUUGGAGGCUUCCAAGCGCUGCUGCAAC
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>DroVir_CAF1 17082 120 - 1
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>DroGri_CAF1 16367 120 - 1
CGUAGUUGCUCCAUUUCGUUGAGAUGUGUUUUGGCCAUGUUUUGGAUUUGCAGCAACUUUUGCUGCUCAUCAUGUAAAUGCUGCAUGUUUCGAUUGGAGGCAUCCAAGCGCUGCUGCAGC
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>DroWil_CAF1 18023 120 - 1
CGCAAAUGUUCCAUUUCAUUUAGAUGCGAUUUAGCCAUAUUCUGUAUUUGUAGCAGCUUCUGUUGCUCAUCCUGCAAAUGUUGCAUAUUCCGGUUGGAGGCCUCCAAACGCUGUUGCAGC
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>DroMoj_CAF1 17322 120 - 1
CGCAACUGCUCCAUUUCGUUGAGAUGCGUUUUGGCCAUGUUUUGUAUUUGUAGCAGCUUCUGCUGCUCAUCCUGCAAGUGUUGCAUAUUGCGAUUGGAGGCAUCUAGCCGCUGUUGUAGC
.(((((.((((((..((((....((((((....)).....((((((..((.((((((....))))))))...))))))....))))...)))).))))(((.....))))).)))))... ( -40.00)
>DroAna_CAF1 19274 120 - 1
CGCAGCUGUUCCAUCUCGCUGAGAUGCGACUUGGCCAGGUUCUGGAUUUGCAAUAGUUUGGCCUGCUCAUCUUGCAGAUGCUGCAUGUUGCGGUUGGAGGCCUCCAGCCUCUGCUGCAGC
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>consensus
CGCAGCUGCUCCAUUUCGUUGAGAUGCGUCUUGGCCAUGUUUUGGAUUUGCAGCAGCUUCUGCUGCUCAUCCUGCAAAUGCUGCAUAUUGCGAUUGGAGGCAUCCAAGCGCUGCUGCAGC
.(((((.((..((((((...)))))).......(((.....(((((..(((((((........(((.......)))..)))))))...))))).....)))........)).)))))... (-26.20 = -25.07 +  -1.13)

alignment

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