Locus 4776

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 13,391,954 – 13,392,109
Length 155
Max. P 0.636139
window7518 window7519 window7520

overview

Window 8

Location 13,391,954 – 13,392,074
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 81.72
Mean single sequence MFE -54.13
Consensus MFE -33.83
Energy contribution -35.70
Covariance contribution 1.87
Combinations/Pair 1.21
Mean z-score -1.67
Structure conservation index 0.63
SVM decision value -0.01
SVM RNA-class probability 0.530401
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 13391954 120 + 23771897
CAUAGAGCUUCGAGUUGGACGGCGGCUUGAUGGGAGCGGUGGCCAGCGACUUGUCGCGGUCGGCGCUCAGCGAGAGCAGAUUGGGCUCCGACUUGGCGCUGACCAGCGCCAUUCCGCCGG
...................((((((((..((..(((((.(((((.((((....))))))))).))))).((....))..))..)))...((..(((((((....))))))).))))))). ( -58.30)
>DroPse_CAF1 9456 120 + 1
CAUAGAGCUUUGAGUUGGACGGCGGCUUGAUGGGGGUAGAGGCCAGCUGCUUCUCGCGGUCGGCGCUUAGGGAGAGCAGAUUUGGCUCCGAUUUGGCGCUGACCAGAGCCAUGCCUCCGG
.........(..(((((.....)))))..)((((((((..((((.((........))((((((((((.((...((((.......))))...)).)))))))))).).))).)))))))). ( -49.40)
>DroSec_CAF1 7774 120 + 1
CAUAAAGCUUGGAGUUGGACGGCGGCUUGAUGGGUGCGGUGGCCAGCGAUUUGUCGCGGUCGGCGCUCAGCGAGAGCAGAUUGGGCUCCGACUUGGCGCUGACCAGCGCCAUUCCGCCGG
(((.(((((....(((....)))))))).)))((((..((((((.((((....))))((((((((((.((((.((((.......)))))).)).)))))))))).).)))))..)))).. ( -56.70)
>DroMoj_CAF1 4731 101 + 1
CAUAGAGCUUGGAGUUGGAUGGCGGCUUGCUGGGCGU------CACCAUCUUC------UCGGCGCUCAGCGACAGCAGAUUCGGCUCCGACUUGGUGCUGAUCAAUU------GGCCG-
....(((.((((((((((((.((...(((((((((((------(.........------..))))))))))))..))..))))))))))))))).(.((..(....).------.))).- ( -42.40)
>DroAna_CAF1 13864 120 + 1
CAUAGAGCUUCGAGUUGGAGGGCGGCUUGAUGGCGGCGGGCGGUAGCGGCUUGUCGCGGUCGGCGCUCAGUGAGAGCAGGUUCGGCUCUGACUUGGCGCUGACCAACGCCAUUCCGCCAG
.........((((((((.....))))))))((((((..((((...((((....))))((((((((((.(((.(((((.......))))).))).))))))))))..))))...)))))). ( -66.20)
>DroPer_CAF1 9597 120 + 1
CAUAGAGCUUGGAGUUGGACGGCGGCUUGAUGGGGGUGGAGGCCAGCUGCUUCUCGCGGUCGGCGCUUAGGGAGAGCAGAUUUGGCUCCGAUUUGGCGCUGACCAGAGCCAUGCCUCCGG
....((((.(((..((((.(((((.(..(((.(((((.((((((.(((((.....))))).)))((((.....))))...))).))))).))).).))))).))))..))).).)))... ( -51.80)
>consensus
CAUAGAGCUUGGAGUUGGACGGCGGCUUGAUGGGGGCGGAGGCCAGCGGCUUCUCGCGGUCGGCGCUCAGCGAGAGCAGAUUCGGCUCCGACUUGGCGCUGACCAGCGCCAUUCCGCCGG
(((.(((((....(((....)))))))).)))....(((((((..((........))((((((((((.((((.((((.......)))))).)).))))))))))........))))))). (-33.83 = -35.70 +   1.87)

alignment

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secondary structure

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Window 9

Location 13,391,994 – 13,392,109
Length 115
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 82.86
Mean single sequence MFE -57.47
Consensus MFE -44.35
Energy contribution -46.10
Covariance contribution 1.75
Combinations/Pair 1.14
Mean z-score -1.52
Structure conservation index 0.77
SVM decision value 0.13
SVM RNA-class probability 0.598017
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 13391994 115 + 23771897
GGCCAGCGACUUGUCGCGGUCGGCGCUCAGCGAGAGCAGAUUGGGCUCCGACUUGGCGCUGACCAGCGCCAUUCCGCCGGCGGCCGCUGCCGCUGCU---GCUGCCGCCUCCCGCUGA--
...(((((.......((((((((.(((((((....))....))))).))))).(((((((....)))))))...))).((((((.((.((....)).---)).))))))...))))).-- ( -61.70)
>DroSec_CAF1 7814 115 + 1
GGCCAGCGAUUUGUCGCGGUCGGCGCUCAGCGAGAGCAGAUUGGGCUCCGACUUGGCGCUGACCAGCGCCAUUCCGCCGGCGGCCGCUGCCGCUGCU---GCUGCCGCUUCCCGCUGA--
...(((((.......((((((((.(((((((....))....))))).))))).(((((((....)))))))...)))(((((((.((.......)).---))))))).....))))).-- ( -59.00)
>DroSim_CAF1 4733 115 + 1
GGCCAGCGACUUGUCGCGGUCGGCGCUCAGCGAGAGCAGAUUGGGCUCCGACUUGGCGCUGACCAGCGCCAUUCCGCCGGCGGCCGCUGCCGCUGCU---GCUGCCGCUUCCCGCUGA--
...(((((.......((((((((.(((((((....))....))))).))))).(((((((....)))))))...)))(((((((.((.......)).---))))))).....))))).-- ( -59.00)
>DroEre_CAF1 5115 115 + 1
GGCCAGCGACUUGUCGCGGUCGGCGCUCAGCGAGAGCAGAUUGGGCUCCGACUUGGCGCUGACCAGCGCCAUUCCGCCGGCGGCCGCUGCCGCUGCU---GCUGCCGCUUCCCGCUGA--
...(((((.......((((((((.(((((((....))....))))).))))).(((((((....)))))))...)))(((((((.((.......)).---))))))).....))))).-- ( -59.00)
>DroMoj_CAF1 4768 96 + 1
---CACCAUCUUC------UCGGCGCUCAGCGACAGCAGAUUCGGCUCCGACUUGGUGCUGAUCAAUU------GGCCG------GCCGCAGCAGCA---GCCGCCGCCUCGCGCUGGCA
---..((......------..)).((.(((((...((.(((.((((.((.....)).)))))))....------(((.(------((.((....)).---))))))))....))))))). ( -36.80)
>DroAna_CAF1 13904 118 + 1
CGGUAGCGGCUUGUCGCGGUCGGCGCUCAGUGAGAGCAGGUUCGGCUCUGACUUGGCGCUGACCAACGCCAUUCCGCCAGCGGCCGCCGCUGCUGCCGCGGCAGCCGCCUCCCGCUGG--
.((..((((((.(((((((((((((((.(((.(((((.......))))).))).))))))))))...........(.(((((((....))))))).))))))))))))..))......-- ( -69.30)
>consensus
GGCCAGCGACUUGUCGCGGUCGGCGCUCAGCGAGAGCAGAUUGGGCUCCGACUUGGCGCUGACCAGCGCCAUUCCGCCGGCGGCCGCUGCCGCUGCU___GCUGCCGCCUCCCGCUGA__
(((..((((....))))((((((((((.((((.((((.......)))))).)).))))))))))...))).......((((((..((.((.((.......)).)).))...))))))... (-44.35 = -46.10 +   1.75)

alignment

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secondary structure

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Window 0

Location 13,391,994 – 13,392,109
Length 115
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 82.86
Mean single sequence MFE -58.07
Consensus MFE -44.07
Energy contribution -45.88
Covariance contribution 1.81
Combinations/Pair 1.14
Mean z-score -1.64
Structure conservation index 0.76
SVM decision value 0.21
SVM RNA-class probability 0.636139
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 13391994 115 - 23771897
--UCAGCGGGAGGCGGCAGC---AGCAGCGGCAGCGGCCGCCGGCGGAAUGGCGCUGGUCAGCGCCAAGUCGGAGCCCAAUCUGCUCUCGCUGAGCGCCGACCGCGACAAGUCGCUGGCC
--(((((((((((((((.((---.((....)).)).)))))).(((((.(((((((....)))))))....((...))..))))))))))))))..((((...((((....)))))))). ( -61.90)
>DroSec_CAF1 7814 115 - 1
--UCAGCGGGAAGCGGCAGC---AGCAGCGGCAGCGGCCGCCGGCGGAAUGGCGCUGGUCAGCGCCAAGUCGGAGCCCAAUCUGCUCUCGCUGAGCGCCGACCGCGACAAAUCGCUGGCC
--...((.....))(((.((---.((....)).)).)))((((((((..((.(((.((((.((((..(((.(((((.......))))).)))..)))).))))))).))..)))))))). ( -57.20)
>DroSim_CAF1 4733 115 - 1
--UCAGCGGGAAGCGGCAGC---AGCAGCGGCAGCGGCCGCCGGCGGAAUGGCGCUGGUCAGCGCCAAGUCGGAGCCCAAUCUGCUCUCGCUGAGCGCCGACCGCGACAAGUCGCUGGCC
--...((.....))(((.((---.((....)).)).)))((((((((..((.(((.((((.((((..(((.(((((.......))))).)))..)))).))))))).))..)))))))). ( -58.50)
>DroEre_CAF1 5115 115 - 1
--UCAGCGGGAAGCGGCAGC---AGCAGCGGCAGCGGCCGCCGGCGGAAUGGCGCUGGUCAGCGCCAAGUCGGAGCCCAAUCUGCUCUCGCUGAGCGCCGACCGCGACAAGUCGCUGGCC
--...((.....))(((.((---.((....)).)).)))((((((((..((.(((.((((.((((..(((.(((((.......))))).)))..)))).))))))).))..)))))))). ( -58.50)
>DroMoj_CAF1 4768 96 - 1
UGCCAGCGCGAGGCGGCGGC---UGCUGCUGCGGC------CGGCC------AAUUGAUCAGCACCAAGUCGGAGCCGAAUCUGCUGUCGCUGAGCGCCGA------GAAGAUGGUG---
.((((((((..(((((((((---(((....)))))------).)))------....((.(((((.....(((....)))...))))))))))..))))(..------...).)))).--- ( -43.40)
>DroAna_CAF1 13904 118 - 1
--CCAGCGGGAGGCGGCUGCCGCGGCAGCAGCGGCGGCCGCUGGCGGAAUGGCGUUGGUCAGCGCCAAGUCAGAGCCGAACCUGCUCUCACUGAGCGCCGACCGCGACAAGCCGCUACCG
--....(((..((((((((((((.......))))))))))))(((((..((.(((.((((.((((..(((.(((((.......))))).)))..)))).))))))).))..))))).))) ( -68.90)
>consensus
__UCAGCGGGAAGCGGCAGC___AGCAGCGGCAGCGGCCGCCGGCGGAAUGGCGCUGGUCAGCGCCAAGUCGGAGCCCAAUCUGCUCUCGCUGAGCGCCGACCGCGACAAGUCGCUGGCC
........((..((.((.((.......)).)).))..))((((((((..((.(((.((((.((((..(((.(((((.......))))).)))..)))).))))))).))..)))))))). (-44.07 = -45.88 +   1.81)

alignment

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